DNA'nın Genetik Materyal Olduğuna Dair Kanıtlar sayfasının kaynağını görüntüle

<span id="nükleik-asitler-ve-genetik-bilginin-moleküler-temeli-dnanın-kalıtım-maddesi-olduğuna-dair-deliller"></span>
= '''Nükleik Asitler ve Genetik Bilginin Moleküler Temeli: DNA’nın Kalıtım Maddesi Olduğuna Dair Deliller''' =

<span id="giriş"></span>
== '''Giriş''' ==

Canlı sistemlerin en temel ve ayırt edici vasıflarından biri, yapı ve fonksiyonlarının hassas bir şekilde belirlenmesini sağlayan içkin bir bilgiye sahip olmalarıdır. Hücrenin en küçük biriminden organizmanın bütününe kadar her seviyede gözlemlenen bu nizam ve işleyiş, kökenini moleküler düzeyde kodlanmış bir talimatlar bütününden alır.1 Bilim tarihinin en mühim dönüm noktalarından biri, bu biyolojik bilginin fiziki mahiyetinin ve taşıyıcısının ne olduğu sorusuna cevap arayışıdır. Bu arayış, yalnızca bir kimyasal bileşiğin tespiti değil, aynı zamanda hayatın en temel mantığının, yani bilginin nesilden nesile nasıl aktarıldığının ve muhafaza edildiğinin de aydınlatılması anlamına gelmekteydi.3

Bu raporun amacı, bilimsel delilleri sistematik bir şekilde sunarak, Deoksiribonükleik Asit’in (DNA) bu merkezi rolü üstlenen molekül, yani genetik materyal olduğunu ortaya koyan kanıtları teferruatlı bir şekilde incelemektir. Rapor, nükleik asitlerin temel kimyasal mimarisinden başlayarak, yirminci yüzyılın ortalarında gerçekleştirilen ve bilim paradigmasını değiştiren dönüm noktası niteliğindeki deneyleri detaylandıracaktır. Akabinde, genomik bilginin muhafazasındaki hayret verici hassasiyeti ve düzenliliği sağlayan güncel moleküler mekanizmalar, DNA kopyalama (replikasyon) sadakati, çok katmanlı onarım sistemleri ve bilginin ifadesini düzenleyen epigenetik kontrol mekanizmaları gibi konular ele alınacaktır. Son olarak, sunulan bu bilimsel veriler, belirli bir kavramsal çerçeve içerisinde analiz edilerek, gözlemlenen olguların daha derinlikli bir tefekkürüne zemin hazırlanacaktır. Bu yapı, okuyucuyu moleküllerin kimyasal özelliklerinden, bu özelliklerin hayatın bilgi temelini nasıl oluşturduğuna dair daha bütüncül bir anlayışa taşımayı hedeflemektedir.

<span id="bilimsel-açıklama-ve-güncel-bulgular"></span>
== '''Bilimsel Açıklama ve Güncel Bulgular''' ==

<span id="temel-kavramlar-nükleik-asitlerin-yapısal-esasları"></span>
=== '''Temel Kavramlar: Nükleik Asitlerin Yapısal Esasları''' ===

Canlılığın bilgi temelini teşkil eden nükleik asitlerin yapısı, onların fonksiyonlarını mümkün kılan bir dizi hassas kimyasal ve fiziksel ilke üzerine kurulmuştur. Bu moleküler mimarinin anlaşılması, genetik bilginin nasıl depolandığı, kopyalandığı ve korunduğunun kavranması için elzemdir.

<span id="nükleotidlerin-mimarisi-şeker-fosfat-ve-bazların-tertibi"></span>
==== '''Nükleotidlerin Mimarisi: Şeker, Fosfat ve Bazların Tertibi''' ====

Nükleik asitler, nükleotid adı verilen monomerik birimlerin bir araya gelmesiyle oluşturulmuş polimerlerdir.2 Her bir nükleotid, birbiriyle hassas bir geometride birleşen üç temel bileşenden meydana gelir: bir adet beş karbonlu (pentoz) şeker, bir fosfat grubu ve bir azotlu organik baz.2

Azotlu bazlar, kimyasal yapılarına göre iki ana aileye ayrılır. Çift halkalı bir yapıya sahip olan pürinler, adenin (A) ve guanini (G) içerir. Tek halkalı bir yapıya sahip olan pirimidinler ise sitozin (C), timin (T) ve urasili (U) kapsar.2 Bu bazların dizilimi, genetik bilginin alfabesini oluşturur. Nükleik asitlerin isimlendirilmesi ise yapılarındaki şeker molekülüne göre yapılır. Deoksiribonükleik asit (DNA) yapısında deoksiriboz şekerini bulundururken, Ribonükleik asit (RNA) riboz şekerini içerir. İki şeker arasındaki tek fark, deoksiribozun ikinci karbon atomunda bir oksijen atomunun eksik olmasıdır.4 Bu küçük kimyasal fark, molekülün stabilitesi ve fonksiyonu üzerinde derin etkilere sahiptir. DNA’da timin bazı bulunurken, RNA’da bunun yerini urasil bazı alır; bu da iki nükleik asit türü arasındaki bir diğer önemli kimyasal ayrımdır.6

Nükleotidlerin bir araya gelerek uzun polinükleotid zincirlerini oluşturması, fosfodiester bağları aracılığıyla gerçekleşir. Bu bağ, bir nükleotidin şekerinin 5’ (beş üssü) karbonuna bağlı olan fosfat grubu ile bir sonraki nükleotidin şekerinin 3’ (üç üssü) karbonu arasında kurulur.2 Bu bağlanma şekli, zincire kimyasal bir yönelme kazandırır ve zincir, bir 5’ ucu ve bir 3’ ucu olacak şekilde tanımlanır. Bu 5’→3’ yönelimi, DNA’nın kopyalanması ve okunması gibi temel süreçlerde kritik bir rol oynar.1

<span id="çift-sarmalın-inşası-komplementerlik-antiparalel-düzen-ve-fizikokimyasal-stabilite"></span>
==== '''Çift Sarmalın İnşası: Komplementerlik, Antiparalel Düzen ve Fizikokimyasal Stabilite''' ====

DNA molekülünün en bilinen özelliği, iki polinükleotid zincirinin bir araya gelerek oluşturduğu çift sarmal yapısıdır. Bu yapı, tesadüfi bir düzenlemeden ziyade, molekülün bileşenlerinin kimyasal ve sterik (uzamsal) özelliklerinin zorunlu bir neticesidir. Zincirler, birbirine zıt yönlerde uzanacak şekilde tertip edilmiştir; yani bir zincir 5’→3’ yönünde ilerlerken, ona komşu olan diğer zincir 3’→5’ yönünde ilerler. Bu düzenleme, antiparalel olarak isimlendirilir.4

Sarmalın merkezinde, iki zinciri bir arada tutan temel ilke, bazlar arasındaki komplementerlik (tamamlayıcılık) kuralıdır. Bu kurala göre, bir pürin bazı daima bir pirimidin bazı ile eşleşir: Adenin (A) her zaman Timin (T) ile, Guanin (G) ise her zaman Sitozin (C) ile eşleşir. Bu eşleşme, bazlar arasında kurulan hidrojen bağları vasıtasıyla sağlanır. A ve T arasında iki adet hidrojen bağı kurulurken, G ve C arasında üç adet hidrojen bağı meydana gelir.6 G-C eşleşmesinin üç hidrojen bağı içermesi, bu çifti A-T çiftine göre termodinamik olarak daha kararlı kılar.8

DNA çift sarmalının olağanüstü stabilitesi, yalnızca hidrojen bağlarının toplam etkisinden kaynaklanmaz. Sarmal yapının kararlılığına en az hidrojen bağları kadar, hatta daha fazla katkıda bulunan bir diğer önemli etken, üst üste dizilmiş aromatik bazlar arasındaki “baz istiflenmesi” (base-stacking) etkileşimleridir.10 Bu etkileşimler, hidrofobik ve van der Waals kuvvetlerinden kaynaklanır ve sarmalın ekseni boyunca bazların birbirine yakın ve paralel bir şekilde paketlenmesini sağlar. Hücrenin sulu ortamında, su sevmeyen (hidrofobik) bazların sarmalın içine doğru yönelerek sudan korunması, termodinamik olarak oldukça elverişli bir durumdur ve sarmal yapının kendiliğinden bu formu almasını teşvik eder.12

Bu özellikler bütünü, DNA’nın neden genetik bilgi depolama için bu kadar uygun bir molekül olduğunu aydınlatır. Deoksiriboz şekerinin kimyasal yapısı, RNA’daki riboza kıyasla DNA’yı hidrolize (su ile parçalanma) karşı çok daha dirençli kılar.14 Bu kimyasal dayanıklılık, genetik bilginin uzun zaman dilimleri boyunca bozulmadan saklanabilmesi için temel bir gerekliliktir. Çift sarmal yapısı ise bilginin kimyasal olarak korunaklı bir ortamda tutulmasını sağlamakla kalmaz, aynı zamanda komplementerlik ilkesi sayesinde bilginin yedekli bir kopyasını da barındırır. Bir zincirdeki bilgi, diğer zincirdeki bilgiyi içerdiğinden, bir zincir hasar görse bile diğer zincir bir kalıp olarak kullanılarak onarım yapılabilir. Dolayısıyla, DNA’nın fiziksel ve kimyasal yapısı, onun bilgi taşıma ve muhafaza etme fonksiyonu için hassas bir şekilde ayarlanmış özellikler sergilemektedir.

<span id="chargaff-kuralları-ve-yapısal-simetriye-işaretleri"></span>
==== '''Chargaff Kuralları ve Yapısal Simetriye İşaretleri''' ====

DNA’nın çift sarmal yapısının aydınlatılmasından birkaç yıl önce, biyokimyager Erwin Chargaff’ın 1940’ların sonlarında yaptığı çalışmalar, bu yapının temel mantığına dair çok önemli ipuçları sunmuştur. Chargaff ve ekibi, farklı türlerden elde ettikleri DNA örneklerinin baz bileşimlerini analiz ederek, evrensel geçerliliği olan iki temel kural tespit etmiştir.5

Birinci kural, herhangi bir türün DNA’sında adenin (A) miktarının timin (T) miktarına, guanin (G) miktarının ise sitozin (C) miktarına yaklaşık olarak eşit olduğunu belirtir. Bunun bir sonucu olarak, toplam pürin (A+G) miktarının toplam pirimidin (T+C) miktarına eşit olduğu da görülmüştür.16

İkinci kural ise, farklı türlerin DNA’larındaki baz bileşimlerinin değişkenlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Yani, (A+T)/(G+C) oranı her tür için karakteristik bir değerdir.5

Bu bulgular, o dönemde geçerli olan ve DNA’nın dört bazı tekrar eden basit bir tetranükleotid birimi olduğunu öne süren hipotezi çürütmüştür.18 Eğer DNA basit ve tekrar eden bir yapı olsaydı, tüm türlerde baz oranlarının aynı olması beklenirdi. Chargaff’ın ikinci kuralı, DNA’nın türden türe değişen bir karmaşıklığa sahip olduğunu ve bu nedenle genetik bilgiyi taşıyabilecek bir molekül adayı olduğunu göstermiştir.5

Ancak bu kuralların asıl derinliği, yapısal bir bağlamda anlaşıldığında ortaya çıkmıştır. Birinci kuraldaki 1:1 oranları, aslında tesadüfi kimyasal oranlar değil, DNA çift sarmalının “basamaklarını” oluşturan komplementer baz eşleşmesinin (A’nın T ile, G’nin C ile eşleşmesi) doğrudan bir yansımasıydı.5 Bu eşleşme mantığı, Watson ve Crick’in doğru DNA modelini inşa etmesinde kilit bir rol oynamıştır. Chargaff’ın oranları, bir anlamda, molekülün kendini nasıl kopyalayabileceğinin de şifresini barındırıyordu. Komplementerlik ilkesi, bir zincirin diğer zincir için bir kalıp görevi görebileceği anlamına geliyordu. Bu sayede, hücre bölünmesi sırasında genetik bilginin her iki yavru hücreye de hatasız bir şekilde aktarılmasını sağlayan mekanizmanın temel prensibi de ortaya konulmuş oluyordu. Dolayısıyla, Chargaff’ın ampirik kimyasal gözlemleri, DNA’yı yalnızca bir “yapısal” molekül adayı olmaktan çıkarıp, kendine özgü kopyalanma mantığına sahip bir “bilgisel” molekül olarak konumlandıran devrim niteliğinde bir delil sunmuştur.

<span id="kalıtım-maddesinin-keşfi-tarihsel-deneyler"></span>
=== '''Kalıtım Maddesinin Keşfi: Tarihsel Deneyler''' ===

Yirminci yüzyılın başlarında, kalıtsal özelliklerin kromozomlar aracılığıyla aktarıldığı bilinmekle birlikte, bu özelliklerin kimyasal taşıyıcısının kromozomları oluşturan proteinler mi yoksa nükleik asitler mi olduğu konusunda yoğun bir bilimsel tartışma mevcuttu.20 Proteinlerin 20 farklı amino asitten oluşan karmaşık yapıları, onları genetik bilginin taşıyıcısı olarak daha olası bir aday gibi gösteriyordu. Bu bilimsel muammanın çözümü, birbirini takip eden üç dönüm noktası niteliğindeki deney serisi ile mümkün olmuştur.

<span id="griffith-deneyi-1928-bir-dönüşüm-ilkesinin-tespiti"></span>
==== '''Griffith Deneyi (1928): Bir “Dönüşüm İlkesi”nin Tespiti''' ====

Genetik materyalin doğasına ilişkin ilk önemli ipucu, İngiliz bakteriyolog Frederick Griffith’in 1928 yılında yaptığı deneylerden gelmiştir.22 Griffith, zatürreye neden olan

''Streptococcus pneumoniae'' bakterisinin iki farklı suşu (tipi) ile çalışmıştır. Bu suşlardan biri, etrafında bir polisakkarit kapsül bulunan ve farelerde hastalığa yol açan “S” (smooth/düzgün) suşuydu. Diğeri ise kapsülsüz olan ve hastalığa neden olmayan “R” (rough/pürüzlü) suşuydu.24

Griffith’in deneyi dört aşamadan oluşuyordu:

# Canlı S suşu bakterileri farelere enjekte edildiğinde, fareler zatürreden ölmüştür.<br />
# Canlı R suşu bakterileri farelere enjekte edildiğinde, fareler hayatta kalmıştır.<br />
# Isıtılarak öldürülmüş S suşu bakterileri farelere enjekte edildiğinde, fareler yine hayatta kalmıştır. Bu, hastalığa neden olan etkenin canlı bakteri olduğunu göstermiştir.<br />
# Deneyin en kritik aşamasında ise, ısıtılarak öldürülmüş S suşu bakterileri ile canlı R suşu bakterileri karıştırılarak farelere enjekte edilmiştir. Beklenmedik bir şekilde, bu fareler ölmüş ve kanlarından canlı S suşu bakterileri izole edilmiştir.23

Bu sonuç, zararsız R suşu bakterilerinin, ölü S suşu bakterilerinden bir madde alarak kalıcı bir şekilde zararlı S suşu bakterilerine “dönüştüğünü” göstermiştir. Griffith, bu gizemli maddeye “dönüşüm ilkesi” (transforming principle) adını verdi.26 Bu deney, genetik bilginin bir hücreden diğerine cansız bir molekül aracılığıyla aktarılabileceğini kanıtlamış, ancak bu ilkenin kimyasal kimliğini aydınlatamamıştır.23

<span id="avery-macleod-ve-mccarty-deneyi-1944-genetik-molekülün-kimyasal-teşhisi"></span>
==== '''Avery, MacLeod ve McCarty Deneyi (1944): Genetik Molekülün Kimyasal Teşhisi''' ====

Griffith’in deneyinden on altı yıl sonra, Oswald Avery, Colin MacLeod ve Maclyn McCarty, dönüşüm ilkesinin kimyasal doğasını kesin olarak belirlemek amacıyla titiz bir çalışma yürüttüler.26 Bu deney, modern moleküler biyolojinin başlangıcı olarak kabul edilen en önemli çalışmalardan biridir.18

Araştırmacılar, işe ısıtılarak öldürülmüş S suşu bakterilerinden bir özüt hazırlayarak başladılar. Bu özüt, dönüşüm yeteneğine sahip tüm hücresel bileşenleri içeriyordu. Daha sonra, bu özütü sistematik olarak farklı makromolekül sınıflarını hedef alarak parçalayan enzimlerle muamele ettiler 20:

* Özüt, proteinleri parçalayan enzimler (proteazlar) ile işleme tabi tutulduğunda, R suşu bakterilerini dönüştürme yeteneğini kaybetmedi. Bu, dönüşüm ilkesinin protein olmadığını gösteriyordu.<br />
* Özüt, RNA’yı parçalayan enzimler (ribonükleazlar veya RNazlar) ile işleme tabi tutulduğunda da dönüşüm yeteneği devam etti. Bu da dönüşüm ilkesinin RNA olmadığını kanıtlıyordu.<br />
* Ancak özüt, DNA’yı parçalayan enzimler (deoksiribonükleazlar veya DNazlar) ile muamele edildiğinde, dönüşüm aktivitesi tamamen ortadan kalktı.20

Bu net sonuç, hiçbir şüpheye yer bırakmayacak şekilde, Griffith’in “dönüşüm ilkesi” olarak adlandırdığı kalıtsal bilgi taşıyıcısının DNA olduğunu ortaya koydu.28 Ayrıca, saflaştırılmış dönüşüm ilkesinin kimyasal analizi, nitrojen ve fosfor oranlarının DNA’nın bileşimiyle tutarlı olduğunu göstermiştir.24 Avery ve ekibinin bu bulgusu, genetik materyalin DNA olduğuna dair ilk doğrudan ve güçlü kanıt olmasına rağmen, o dönemde proteinlerin genetik rolü olduğuna dair yaygın kanı nedeniyle bilim camiasında tam olarak kabul görmesi zaman almıştır.20

<span id="hershey-ve-chase-deneyi-1952-bakteriyofajlar-aracılığıyla-sağlanan-kesin-kanıt"></span>
==== '''Hershey ve Chase Deneyi (1952): Bakteriyofajlar Aracılığıyla Sağlanan Kesin Kanıt''' ====

DNA’nın genetik materyal olduğu yönündeki tartışmalara son noktayı koyan deney, 1952 yılında Alfred Hershey ve Martha Chase tarafından gerçekleştirilmiştir.24 Bu deney, Avery ve arkadaşlarının bulgularını farklı bir model sistem ve zarif bir metodoloji ile teyit etmiştir.

Hershey ve Chase, deneylerinde T2 bakteriyofajını kullandılar. Bakteriyofajlar, yalnızca bir protein kılıf ve içinde bulunan bir DNA çekirdeğinden oluşan, bakteri hücrelerini enfekte eden virüslerdir.21 Enfeksiyon sırasında, fajın bir kısmının bakteri hücresine girdiği ve yeni virüslerin üretimini yönettiği biliniyordu. Amaç, hücreye giren ve genetik talimatları taşıyan bu kısmın protein mi yoksa DNA mı olduğunu belirlemekti.

Bu ayrımı yapabilmek için radyoaktif izotop işaretleme tekniği kullanılmıştır 21:

# '''Proteinlerin İşaretlenmesi:''' Proteinlerin yapısında bulunan ancak DNA’da bulunmayan kükürt (S) elementi, radyoaktif izotopu olan Kükürt-35 ile işaretlendi. Böylece bir grup fajın sadece protein kılıfları radyoaktif hale getirildi.<br />
# '''DNA’nın İşaretlenmesi:''' DNA’nın yapısında bulunan ancak proteinlerde bulunmayan fosfor (P) elementi, radyoaktif izotopu olan Fosfor-32 ile işaretlendi. Böylece ikinci bir grup fajın sadece DNA’sı radyoaktif hale getirildi.34

İşaretlenmiş bu iki grup faj, ayrı ayrı ''E. coli'' bakteri kültürlerini enfekte etmek için kullanıldı. Enfeksiyondan kısa bir süre sonra, karışımlar bir blender (karıştırıcı) içinde çalkalanarak, bakteri yüzeyine tutunmuş olan faj kılıflarının ayrılması sağlandı. Ardından, karışım santrifüj edildi. Daha ağır olan bakteri hücreleri dibe çökerken (pellet), daha hafif olan faj kılıfları ve diğer parçacıklar üstteki sıvıda (süpernatant) kaldı.21

Sonuçlar son derece netti:

* Proteinlerin Kükürt-35 ile işaretlendiği deneyde, radyoaktivitenin büyük çoğunluğu süpernatantta, yani bakteri dışında kalan faj kılıflarında ölçüldü.<br />
* DNA’nınFosfor-32] ile işaretlendiği deneyde ise, radyoaktivitenin büyük çoğunluğu bakteri pelletinde, yani hücrelerin içinde tespit edildi. Dahası, bu bakterilerin parçalanmasıyla ortaya çıkan yeni nesil fajların da Kükürt-35 içerdiği görüldü.31

Bu bulgular, bakteriye giren ve yeni virüslerin üretimi için genetik talimatları taşıyan molekülün protein değil, DNA olduğunu kesin olarak kanıtladı.33 Hershey-Chase deneyi, Avery ve arkadaşlarının çalışmasıyla birlikte, DNA’nın kalıtımın evrensel molekülü olduğu fikrini bilim dünyasında sağlam bir zemine oturtmuştur.

'''Tablo 2.1: Kalıtım Maddesinin Kimliğine Dair Tarihsel Deliller'''

{| class="wikitable"
|-
! style="text-align: left;"| Deney
! style="text-align: left;"| Yıl
! style="text-align: left;"| Model Sistem
! style="text-align: left;"| Temel Metodoloji
! style="text-align: left;"| Merkezi Soru
! style="text-align: left;"| Sonuç ve Katkı
|-
| style="text-align: left;"| '''Griffith Deneyi'''
| style="text-align: left;"| 1928
| style="text-align: left;"| ''Streptococcus pneumoniae'' (bakteri)
| style="text-align: left;"| Canlı ve ısıtılarak öldürülmüş bakteri suşlarının farelere enjeksiyonu
| style="text-align: left;"| Cansız bir maddeden kalıtsal özellik aktarılabilir mi?
| style="text-align: left;"| Bir “dönüşüm ilkesi”nin varlığı tespit edildi.23
|-
| style="text-align: left;"| '''Avery, MacLeod &amp; McCarty Deneyi'''
| style="text-align: left;"| 1944
| style="text-align: left;"| ''Streptococcus pneumoniae'' (bakteri özütü)
| style="text-align: left;"| Virülent bakteri özütünün proteaz, RNaz ve DNaz enzimleri ile muamelesi
| style="text-align: left;"| Kalıtsal özelliği aktaran “dönüşüm ilkesi”nin kimyasal doğası nedir?
| style="text-align: left;"| Dönüşüm ilkesinin DNA olduğu kimyasal olarak gösterildi.29
|-
| style="text-align: left;"| '''Hershey &amp; Chase Deneyi'''
| style="text-align: left;"| 1952
| style="text-align: left;"| T2 Bakteriyofajı ve ''E. coli''
| style="text-align: left;"| Faj protein ve DNA’sının radyoaktif izotoplarla işaretlenmesi ve enfeksiyon takibi
| style="text-align: left;"| Virüsler bakterileri enfekte ettiğinde genetik talimatları taşıyan molekül protein midir, DNA mıdır?
| style="text-align: left;"| Genetik materyalin DNA olduğu kesin olarak doğrulandı.33
|}

<span id="güncel-araştırmalardan-bulgular-bilginin-muhafazası-ve-düzenlenmesi"></span>
=== '''Güncel Araştırmalardan Bulgular: Bilginin Muhafazası ve Düzenlenmesi''' ===

DNA’nın genetik materyal olduğunun anlaşılması, moleküler biyolojide yeni bir çağ açmıştır. Sonraki yetmiş yılı aşkın sürede yapılan araştırmalar, bu bilginin sadece statik bir şekilde depolanmadığını, aynı zamanda olağanüstü bir hassasiyetle kopyalandığını, sürekli olarak onarıldığını ve ifadesinin karmaşık mekanizmalarla düzenlendiğini ortaya koymuştur. Bu süreçler, genomik bütünlüğün nesiller boyu muhafaza edilmesinin temelini oluşturur.

<span id="replikasyon-sadakati-yüksek-doğruluklu-kopyalama-ve-sağlama-okuması-proofreading-mekanizmaları"></span>
==== '''Replikasyon Sadakati: Yüksek Doğruluklu Kopyalama ve Sağlama Okuması (Proofreading) Mekanizmaları''' ====

Hücre bölünmesi öncesinde, bir hücrenin tüm genetik bilgisinin yavru hücrelere aktarılması için DNA’sının eksiksiz bir şekilde kopyalanması gerekir. Replikasyon olarak adlandırılan bu süreç, sadece bir kopyalama işlemi değil, yüksek sadakatli bir bilgi aktarımıdır.37 Bu sürecin merkezinde, DNA polimeraz adı verilen enzimler yer alır. Bu enzimler, mevcut DNA zincirini bir kalıp olarak kullanarak yeni bir komplementer zincir sentezler.39

DNA polimerazların kendiliğinden sahip olduğu hata oranı oldukça düşüktür; ancak genomun devasa boyutu düşünüldüğünde, bu oran bile kabul edilemez sayıda mutasyona yol açabilirdi. Bu nedenle, replikasyonun doğruluğunu artırmak için ek bir kontrol mekanizması mevcuttur: “sağlama okuması” (proofreading). Bu mekanizma, DNA polimerazın yapısında bulunan ikincil bir enzimatik aktivite olan 3’→5’ ekzonükleaz aktivitesine dayanır.38

Süreç şu şekilde işler: DNA polimeraz, yeni zincire bir nükleotid ekledikten sonra, bu nükleotidin kalıp zincirdeki baza doğru bir şekilde eşleşip eşleşmediğini kontrol eder. Eğer yanlış bir nükleotid eklenmişse (örneğin, A karşısına G gelmişse), bu uyumsuzluk polimerazın yapısında bir değişikliğe neden olur. Bu değişiklik, yeni sentezlenen zincirin 3’ ucunun, enzimin polimerizasyon (ekleme) aktif bölgesinden, ekzonükleaz (kesme) aktif bölgesine kaymasına yol açar.41 Ekzonükleaz bölgesi, yanlış eklenmiş nükleotidi zincirden keserek çıkarır. Ardından, zincirin ucu tekrar polimerizasyon bölgesine döner ve doğru nükleotidin eklenmesiyle sentez devam eder.43

Bu anlık düzeltme mekanizması, replikasyonun doğruluğunu yaklaşık 100 ila 1000 kat artırır.38 Bu, DNA polimerazın hem bir “inşaat ustası” hem de bir “kalite kontrol denetçisi” olarak çift fonksiyonlu bir moleküler makine gibi çalıştığını gösterir. Bu mekanizma, genetik bilginin kopyalanması sırasında ortaya çıkabilecek hataların büyük çoğunluğunun anında düzeltilmesini sağlayarak genomik istikrarın korunmasında ilk ve en önemli savunma hattını oluşturur.

<span id="dna-onarım-yolları-genomik-bütünlüğün-sürekli-muhafazası"></span>
==== '''DNA Onarım Yolları: Genomik Bütünlüğün Sürekli Muhafazası''' ====

DNA molekülü, hücre içindeki normal metabolik faaliyetler (örneğin, reaktif oksijen türlerinin üretimi) ve dış etkenler (örneğin, UV ışınları, kimyasal mutajenler) nedeniyle sürekli olarak hasara maruz kalır. Yapılan tahminlere göre, tek bir insan hücresinde her gün on binlerce, hatta bir milyona varan sayıda moleküler lezyon meydana gelmektedir.45 Bu hasarlar onarılmadığı takdirde, mutasyonlara, hücre fonksiyonlarının bozulmasına ve nihayetinde kanser gibi hastalıklara yol açabilir.48

Bu sürekli tehdide karşı, hücrelerde genomik bütünlüğü korumak üzere görev yapan karmaşık ve çok katmanlı bir DNA onarım sistemleri ağı bulunmaktadır.49 Bu sistem, tek bir mekanizmadan ziyade, farklı hasar türlerine özelleşmiş çok sayıda farklı yoldan oluşur. Bu, sistemin hem verimli hem de çok yönlü olmasını sağlar. Başlıca onarım yolları şunlardır:

* '''Baz Eksizyon Onarımı (BER):''' Oksidasyon, deaminasyon veya alkilasyon gibi nedenlerle meydana gelen tek bir bazdaki küçük, sarmal yapısını bozmayan hasarları onarır. Hasarlı baz, özel bir glikozilaz enzimi tarafından tanınır ve çıkarılır, ardından boşluk diğer enzimler tarafından doldurulur.50<br />
* '''Nükleotid Eksizyon Onarımı (NER):''' UV ışığının neden olduğu timin dimerleri gibi, DNA sarmalının yapısını bozan daha büyük, “hacimli” lezyonları onarır. Bu yolda, hasarlı bölgeyi içeren daha uzun bir DNA parçası kesilip çıkarılır ve DNA polimeraz tarafından yeniden sentezlenir.50<br />
* '''Uyuşmazlık Onarımı (MMR):''' DNA replikasyonu sırasında sağlama okuması mekanizmasından kaçan yanlış eşleşmiş bazları düzeltir. Bu sistem, yeni sentezlenen zinciri eski kalıp zincirden ayırt ederek, hatanın doğru zincirde düzeltilmesini sağlar.39<br />
* '''Çift Zincir Kırığı Onarımı:''' DNA’nın her iki zincirinin de aynı anda kırılması, en tehlikeli hasar türlerinden biridir. Bu tür kırıkları onarmak için iki ana yol mevcuttur:
** '''Homolog Rekombinasyon (HR):''' Hasarsız olan kardeş kromatidi bir kalıp olarak kullanarak kırığı hatasız bir şekilde onarır. Bu yol, genellikle hücre döngüsünün S ve G2 fazlarında aktiftir.49<br />
** '''Homolog Olmayan Uç Birleştirme (NHEJ):''' Kırık uçları doğrudan birleştirir. Bu yol daha hızlıdır ancak bazen küçük ekleme veya silmelere neden olabileceği için hataya açıktır. Hücre döngüsünün tüm fazlarında aktiftir.54

Bu onarım yollarının faaliyeti, ATM ve ATR gibi “sensör” kinaz proteinleri tarafından koordine edilir. Bu proteinler, DNA hasarını tespit ettiklerinde bir sinyal zincirini başlatır. Bu sinyaller, bir yandan hücre döngüsünü geçici olarak durdurarak (kontrol noktaları) onarım için zaman kazandırır, diğer yandan da hasarın türüne uygun olan onarım mekanizmasını aktive eder.56

Genomik bütünlüğün pasif bir durum olmadığı, aksine dinamik, proaktif ve sürekli bir bakım süreciyle sağlandığı açıktır. Hasar oranının çok yüksek olmasına rağmen kalıcı mutasyon oranının son derece düşük olması 48, bu onarım sistemlerinin olağanüstü verimliliğinin ve öneminin nicel bir göstergesidir. Bu çok katmanlı ve yedekli yapı, genetik bilginin gürültülü ve hasar verici bir hücresel ortamda dahi nesiller boyu istikrarını koruyabilmesini sağlayan bir mimari olarak görülebilir.

<span id="epigenetik-düzenlemeler-bilginin-ifadesi-üzerindeki-kontrol-katmanları"></span>
==== '''Epigenetik Düzenlemeler: Bilginin İfadesi Üzerindeki Kontrol Katmanları''' ====

DNA’da kodlanmış olan genetik bilgi, bir organizmanın tüm hücrelerinde aynı olmasına rağmen, farklı hücre tiplerinin (örneğin, bir sinir hücresi ile bir kas hücresi) çok farklı yapılara ve fonksiyonlara sahip olması, bilginin “ifadesinin” veya “kullanımının” da hassas bir şekilde düzenlendiğini gösterir. Epigenetik, DNA dizisini değiştirmeksizin gen ifadesinde meydana gelen ve hücre bölünmesiyle kalıtılabilen bu tür düzenlemeleri inceleyen bilim dalıdır.59 Bu, genetik bilginin üzerine eklenmiş ikinci bir kontrol ve düzenleme katmanı olarak düşünülebilir.

En iyi bilinen iki temel epigenetik mekanizma şunlardır:

# '''DNA Metilasyonu:''' Bu mekanizma, genellikle sitozin bazlarına, özellikle de bir guanin bazının yanında yer aldıkları “CpG adacıkları” adı verilen bölgelerde, bir metil grubunun kimyasal olarak eklenmesini içerir. DNA metilasyonu, genellikle gen susturulması ile ilişkilidir. Bir genin promotör (başlatıcı) bölgesindeki metilasyon, transkripsiyon faktörlerinin DNA’ya bağlanmasını engelleyerek o genin okunmasını ve dolayısıyla protein üretilmesini baskılar.59<br />
# '''Histon Modifikasyonları:''' Ökaryotik hücrelerde DNA, histon adı verilen proteinlerin etrafına sarılarak kromatin adı verilen yoğun bir yapı oluşturur. Histon proteinlerinin kuyrukları, çeşitli kimyasal modifikasyonlara (asetilasyon, metilasyon, fosforilasyon vb.) uğrayabilir. Bu modifikasyonlar, kromatinin yapısını değiştirir. Örneğin, histon asetilasyonu genellikle kromatin yapısını gevşeterek DNA’yı transkripsiyon makineleri için daha erişilebilir hale getirir ve gen ifadesini aktive eder. Tersine, bazı metilasyon türleri kromatinin sıkılaşmasına ve genlerin susturulmasına yol açar.59

Bu epigenetik mekanizmaların çevre koşullarından nasıl etkilenebileceğine dair en çarpıcı örneklerden biri, ''Agouti viable yellow'' fare modelidir. Bu fareler genetik olarak tamamen aynı olmalarına rağmen, kürk renkleri sarı, kahverengi veya bu ikisinin karışımı olan benekli gibi geniş bir yelpazede değişiklik gösterebilir.64 Bu fenotipik çeşitliliğin sebebi, agouti geninin yakınında bulunan bir transpozon elementinin metilasyon seviyesindeki farklılıklardır. Bu bölge yüksek oranda metillenmişse, gen susturulur ve fare kahverengi olur. Metilasyon düşükse, gen sürekli aktif kalır ve fare sarı renkli ve obeziteye yatkın olur.65

Daha da önemlisi, anne farenin hamilelik sırasındaki beslenmesinin, yavruların epigenetik durumunu ve dolayısıyla kürk rengini etkileyebildiği gösterilmiştir. Folik asit, B12 vitamini gibi metil donörü besinlerle zenginleştirilmiş bir diyetle beslenen annelerin yavrularının, daha yüksek DNA metilasyon seviyelerine sahip olma ve kahverengi kürke sahip olma olasılığı artmaktadır.67 Benzer şekilde, çevresel bir toksin olan Bisfenol A’ya (BPA) maruz kalmanın DNA metilasyonunu azalttığı ve sarı fenotipin ortaya çıkma olasılığını artırdığı, ancak bu etkinin metil donörü takviyeleriyle geri çevrilebildiği de tespit edilmiştir.65

Bu bulgular, genetik bilginin sadece sabit bir kod olmadığını, aynı zamanda çevresel sinyallere (beslenme, toksinler vb.) yanıt olarak ifadesi dinamik bir şekilde düzenlenebilen bir sistem olduğunu göstermektedir. Epigenetik, genetik planın nasıl ve ne zaman okunacağını belirleyen bir “yazılım” katmanı gibi işlev görerek, bir organizmanın değişen koşullara uyum sağlamasına olanak tanır.60

<span id="kavramsal-analiz"></span>
== '''Kavramsal Analiz''' ==

Bilimsel verilerin ortaya koyduğu moleküler tablo, sadece kimyasal reaksiyonların bir dökümü değil, aynı zamanda derin bir nizam, gaye ve sanatın tezahür ettiği bir sistemin portresidir. DNA’nın genetik materyal olarak rolü, bu perspektiften incelendiğinde, indirgemeci yaklaşımların yetersizliğini ve “hammadde” ile ondan inşa edilen “sanat” arasındaki derin farkı gözler önüne serer.

<span id="nizam-gaye-ve-sanat-analizi"></span>
=== '''Nizam, Gaye ve Sanat Analizi''' ===

Canlı sistemlerdeki bilgi akışının merkezinde yer alan DNA ve ilgili mekanizmalar, rastlantısallıktan uzak, belirli bir amaca yönelik işleyen, hassas ayarlar ve sanatlı yapılarla donatılmış bir nizam sergiler.

'''Bilginin Muhafazası ve Yüksek Sadakat:''' Genomik bilginin muhafazası, tesadüflere bırakılmamış, aksine çok katmanlı ve proaktif bir sistemle güvence altına alınmıştır. DNA polimeraz enzimlerinin sahip olduğu “sağlama okuması” (proofreading) mekanizması, kopyalama sırasında yapılan hataların anında tespit edilip düzeltilmesini sağlar ve tek başına replikasyon sadakatini 1000 kata kadar artırır.38 Bu mekanizmanın ötesinde, her gün on binlerce hasara maruz kalan DNA’yı korumak için devreye giren BER, NER, MMR gibi çok sayıda özelleşmiş onarım yolu mevcuttur.45 Bu yolların varlığı ve koordineli çalışması, sistemin açık bir gayeye, yani genetik bilginin bütünlüğünü korumaya yönelik olduğunu gösterir. Böylesine karmaşık ve birbiriyle entegre bir hata tespit ve düzeltme ağının kurulmuş olması, sistemin temelinde bir nizam ve gaye fikrini düşündürmektedir.

'''Bilginin Tercümesi ve Moleküler Makineler:''' DNA’da dört harfli bir alfabe ile kodlanmış olan bilginin, hücrenin işlevsel birimleri olan proteinlere dönüştürülmesi süreci, ribozom adı verilen moleküler bir makine tarafından gerçekleştirilir. Ribozom, onlarca farklı protein ve birkaç RNA molekülünden oluşan, son derece karmaşık bir yapıdır.70 Bu makinenin görevi, mRNA üzerindeki nükleotid dizisini (kodonları) okuyarak, bu koda karşılık gelen amino asitleri doğru sırada birbirine ekleyerek bir polipeptit zinciri sentezlemektir.72 Bu süreç, bir dijital bilginin (nükleotid dizisi) analog bir yapıya (protein) çevrildiği, yüksek hassasiyet gerektiren bir bilgi işlem sürecidir. Ribozomun yapısındaki ve işleyişindeki bu sanatlı karmaşıklık, basit bir kimyasal reaksiyonun ötesinde, belirli bir fonksiyonu yerine getirmek üzere tertip edilmiş bir moleküler fabrikayı andırmaktadır.74

'''Fizikokimyasal Hassas Ayarlar:''' DNA’nın çift sarmal yapısının kendisi, bir dizi hassas fizikokimyasal ayarın bir sonucudur. Watson-Crick baz eşleşmesini mümkün kılan hidrojen bağlarının geometrisi, bazların aromatik yapılarından kaynaklanan ve sarmalı stabilize eden istiflenme etkileşimleri, ve deoksiriboz şekerinin hidrolize karşı dayanıklılığı gibi özellikler, DNA’yı bilgi depolama için ideal bir molekül haline getirir.11 Örneğin, deoksiriboz şekerinin ribozdan tek bir oksijen atomu eksik olması gibi küçük bir kimyasal değişiklik, molekülün kararlılığını katbekat artırarak bilginin binlerce yıl bozulmadan kalmasına olanak tanır.15 Bu özelliklerin bir araya gelerek, hem stabil hem de gerektiğinde okunup kopyalanabilen bir bilgi depolama ortamı oluşturacak şekilde ayarlanmış olması, yapının belirli bir işlevi yerine getirecek şekilde tertip edildiği izlenimini uyandırmaktadır.

<span id="indirgemeci-yaklaşımların-eleştirisi"></span>
=== '''İndirgemeci Yaklaşımların Eleştirisi''' ===

Bilimsel literatür ve popüler anlatılarda, karmaşık biyolojik süreçleri açıklarken sıklıkla indirgemeci ve faili yanlış atfeden bir dil kullanılır. “Doğal seçilim daha uygun olanı seçti,” “genler bencilce davrandı” veya “moleküller birleşmeye karar verdi” gibi ifadeler, cansız süreçlere veya moleküllere bilinç, irade ve kasıt atfeden metaforik kısayollardır. Bu dil, anlama kolaylığı sağlasa da, belirtilen felsefi çerçeveden bakıldığında, nedenselliği eksik ve hatalı bir şekilde tasvir eder.

Bu tür ifadeler, bir olguyu sadece isimlendirerek açıkladığını zannetme yanılgısına düşer. Örneğin, kuşların göç etme davranışına “içgüdü” demek, bu karmaşık navigasyon, zamanlama ve fizyoloji bütününün nasıl ortaya çıktığını ve işlediğini açıklamaz; sadece onu etiketler. Benzer şekilde, “doğa kanunları yaptı” ifadesi de bir kategori hatasıdır. Doğa kanunları (örneğin, baz eşleşmesi kuralları veya termodinamik yasaları), olayların nasıl meydana geldiğini betimleyen, gözlemlenen düzenliliklerin ifadesidir; olayları meydana getiren failler değildir. Yerçekimi kanunu, bir cismin neden düştüğünü değil, nasıl düştüğünü (hangi ivmeyle, hangi yörüngede) tarif eder. Kanunun kendisi, düşme eyleminin faili değildir.

Bu raporda benimsenen edilgen (passive) ve süreci betimleyici dil, bu tür indirgemeci safsatalardan kaçınmayı hedefler. “DNA polimeraz hata düzeltir” demek yerine, “Hatalı eklenen nükleotid, DNA polimerazın ekzonükleaz aktivitesi aracılığıyla çıkarılır” demek, süreci daha doğru ve nedensel olarak daha hassas bir şekilde tanımlar. Çünkü DNA polimeraz, bilinçli bir karar vererek “düzeltme” eylemini seçmez. O, kendisine verilen fizikokimyasal özellikler ve içinde bulunduğu sistemin koşulları dahilinde belirli bir sürecin işlemesine vasıta olur. Fiilin nihai failini, fiilin işlendiği araca veya sürece atfetmek, fail ile mefulü (etken ile edilgeni) karıştırmaktır.

Bu dilsel hassasiyet, bilimsel olguları daha objektif bir zeminde analiz etmeye olanak tanır. Süreçleri ve yasaları fail olarak görmekten vazgeçildiğinde, asıl soru daha net bir şekilde ortaya çıkar: Bu yasaları koyan ve bu süreçleri bu kadar hassas ve amaçlı bir şekilde işleten nedir? Bu yaklaşım, bilimin sınırlarını daha doğru bir şekilde çizer ve bilimsel betimlemenin ötesindeki varoluşsal sorulara kapı aralar.

<span id="hammadde-ve-sanat-ayrımı-analizi"></span>
=== '''Hammadde ve Sanat Ayrımı Analizi''' ===

DNA molekülünün ve genetik sistemin yapısını “hammadde” ve “sanat” ayrımı üzerinden analiz etmek, olgunun derinliğini kavramak için güçlü bir zihinsel araç sunar. Bu analizde “hammadde”, sistemi oluşturan temel, cansız bileşenlerdir: karbon, hidrojen, oksijen, azot ve fosfor atomları ve bu atomlardan oluşan nükleotidler.1 “Sanat” ise, bu hammaddenin belirli bir düzen ve plan dahilinde bir araya getirilmesiyle ortaya çıkan, hammaddede bulunmayan yeni ve işlevsel özelliklerdir.

'''Elementlerden Bilgiye Geçiş:''' Hammadde olan nükleotidlerin (A, T, C, G) kendileri tek başlarına bir bilgi taşımazlar. Onlar, bir alfabenin harfleri gibidir. Sanat, bu harflerin rastgele bir araya dizilmesiyle değil, belirli bir anlam ve işlev (örneğin, bir proteinin veya bir RNA molekülünün yapım talimatı) ifade edecek şekilde, aperiodik (tekrarsız) ve spesifik bir sırada dizilmesiyle ortaya çıkar.75 Bu dizilim, yani “sekans-spesifik bilgi”, hammaddenin kendisinde içkin değildir; ona dışarıdan yüklenmiş bir düzendir. Temel soru şudur: Cansız kimyasal bileşenler, kendilerinde bulunmayan bir planı takip ederek, nasıl olup da hayatın en karmaşık talimatlarını içeren bir bilgi deposunu inşa etmiştir?.3

'''DNA’nın Veri Depolama Kapasitesi Olarak Sanat:''' Bu sanatın büyüklüğünü anlamak için, DNA’nın bilgi depolama kapasitesini insan yapımı teknolojilerle karşılaştırmak aydınlatıcıdır. Güncel araştırmalar, teorik olarak bir gram DNA’nın 215 petabayta (215 milyon gigabayt) kadar veri depolayabildiğini göstermektedir.78 Bu, en gelişmiş katı hal sürücülerinden (SSD) veya manyetik bantlardan milyonlarca kat daha yoğun bir depolama kapasitesidir.79 Dünyadaki tüm dijital verinin teorik olarak bir avuç DNA’ya sığdırılabileceği tahmin edilmektedir.78 Bu olağanüstü minyatürleştirme ve veri sıkıştırma seviyesi, nükleotidlerin basit bir kimyasal birikimden ibaret olmadığını, aksine bilginin en verimli şekilde kodlandığı bir sanat eseri olduğunu göstermektedir.

'''Belirlenmiş Karmaşıklık:''' DNA’daki bilgi, sadece karmaşık (yani, rastgele meydana gelme olasılığı çok düşük) değil, aynı zamanda “belirlenmiş”tir (specified). Yani, bu karmaşık dizi, rastgele bir karakter dizisi gibi anlamsız değildir; aksine, hücrenin hayatta kalması ve işlev görmesi için gerekli olan spesifik bir fonksiyonu yerine getirir.82 Bir kristalin yapısı belirlenmiştir ama basit ve tekrarlıdır. Rastgele bir polimer zinciri karmaşıktır ama belirlenmiş bir işlevi yoktur. DNA ise hem karmaşık hem de belirlenmiştir.82 Bu “belirlenmiş karmaşıklık” veya “fonksiyonel bilgi” kavramı, Shannon’ın matematiksel bilgi teorisindeki “bilgi”den (sadece bir dizinin olasılıksızlığını ölçer) farklıdır, çünkü işlev ve anlam içerir.84 Analiz, bu işlevsel ve belirlenmiş bilginin kökeninin, sadece hammaddenin kimyasal özelliklerine veya şansa indirgenemeyeceği sonucuna işaret eder. Zira ne kimyasal zorunluluk ne de rastgelelik, belirli bir amaca yönelik, dilbilgisi kurallarına benzer bir kodlama sistemini tek başına açıklayamaz.87

Sonuç olarak, DNA’yı incelerken sadece nükleotidlerin kimyasını değil, aynı zamanda bu nükleotidlerin nasıl bir “metin” oluşturduğunu, bu metnin nasıl bir “anlam” taşıdığını ve bu anlamın nasıl hayati fonksiyonları yönettiğini görmek, hammadde ile sanat arasındaki aşılmaz gibi görünen farkı tefekkür etmeye kapı açar.

<span id="sonuç"></span>
== '''Sonuç''' ==

Bu rapor, Deoksiribonükleik Asit’in (DNA) canlılığın genetik materyali olduğunu ortaya koyan bilimsel deliller bütününü sistematik bir şekilde sunmuştur. İnceleme, nükleik asitlerin temel yapı taşlarından başlayarak, Griffith’in “dönüşüm ilkesi”ni keşfi, Avery ve arkadaşlarının bu ilkenin kimyasal kimliğini DNA olarak teşhis etmesi ve Hershey ile Chase’in bu bulguyu kesin olarak doğrulamasıyla sonuçlanan tarihsel süreci detaylandırmıştır. Bu temel üzerine, genetik bilginin sadece statik bir depo olmadığı; aksine, yüksek sadakatli kopyalama (replikasyon) ve sağlama okuması (proofreading) mekanizmalarıyla çoğaltılan, sürekli olarak çok katmanlı onarım yolları tarafından aktif bir şekilde korunan ve epigenetik mekanizmalarla ifadesi hassas bir şekilde düzenlenen dinamik bir sistem olduğu gösterilmiştir.

Analiz, bu moleküler sistemin derin bir nizam, belirgin bir gaye ve hayranlık uyandıran bir sanat sergilediğini ortaya koymuştur. Bilginin muhafazasındaki olağanüstü verimlilik, bilginin protein diline tercüme edilmesindeki karmaşıklık ve DNA molekülünün fizikokimyasal yapısındaki hassas ayarlar, bu sistemin rastlantısal bir düzenlemeden çok daha fazlası olduğuna işaret etmektedir. Hammadde (atomlar ve nükleotidler) ile sanat (bu hammaddeden inşa edilen sekans-spesifik, fonksiyonel ve belirlenmiş karmaşıklığa sahip bilgi) arasındaki ayrım, bu bilginin kökeninin sadece bileşenlerin kimyasal özelliklerine indirgenemeyeceğini düşündürmektedir.

Sunulan bu deliller, moleküler düzeyde işleyen bir bilgi işlem ve yönetim mimarisinin varlığını gözler önüne sermektedir. Bu mimarinin her bir detayı, bilginin korunması, aktarılması ve işlevsel kılınması amacına hizmet edecek şekilde tertip edilmiştir. Bu noktada rapor, yolun işaretlerini gösterme görevini tamamlamaktadır. Bu işaretler ışığında, böylesine girift, amaçlı ve bilgi-temelli bir sistemin varlığından hareketle nihai bir sonuca varmak, her bir bireyin kendi aklının ve vicdanının muhakemesine bırakılmıştır.

<span id="kaynakça"></span>
== '''Kaynakça''' ==

Avery, O. T., MacLeod, C. M., &amp; McCarty, M. (1944). Studies on the Chemical Nature of the Substance Inducing Transformation of Pneumococcal Types: Induction of Transformation by a Desoxyribonucleic Acid Fraction Isolated from Pneumococcus Type III. ''Journal of Experimental Medicine, 79''(2), 137–158.

Griffith, F. (1928). The Significance of Pneumococcal Types. ''Journal of Hygiene, 27''(2), 113–159.

Hershey, A. D., &amp; Chase, M. (1952). INDEPENDENT FUNCTIONS OF VIRAL PROTEIN AND NUCLEIC ACID IN GROWTH OF BACTERIOPHAGE. ''The Journal of General Physiology, 36''(1), 39–56.

Aşağıda, raporda atıfta bulunulan diğer tüm kaynakların 2 APA 7 formatında listelendiği varsayılacaktır. Raporun bütünlüğü açısından, bu kaynakların tam künyeleriyle birlikte bu bölümde yer alması gerekmektedir.

<span id="alıntılanan-çalışmalar"></span>
==== '''Alıntılanan çalışmalar''' ====

# Nükleik Asitler ve ATP, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://yova15temmuzal.meb.k12.tr/meb_iys_dosyalar/30/06/767281/dosyalar/2020_12/15102954_Nukleik_Asitler_ve_ATP_Ozet_RAUNT.pdf?CHK=070157496afd8dd625b24b244ae40587<br />
# V. NÜKLEİK ASİTLER - Ankara Üniversitesi Açık Ders Malzemeleri, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/pluginfile.php/1004/mod_resource/content/1/8.%20N%C3%BCkleik%20asitler.pdf<br />
# (PDF) The problems of biological information - ResearchGate, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.researchgate.net/publication/293799806_The_problems_of_biological_information<br />
# 3 nükleik asitler: yapı ve fonksiyon, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/haydar.karakaya/61078/3%20N%C3%BCkleik%20Asitler.pdf<br />
# Chargaff’s Base-Pairing Rules - Advanced | CK-12 Foundation, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://flexbooks.ck12.org/cbook/ck-12-advanced-biology/section/8.3/primary/lesson/chargaffs-base-pairing-rules-advanced-bio-adv/<br />
# NÜKLEİK ASİTLERİN YAPI VE FONKSİYONLARI, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://uyg.mehmetakif.edu.tr/vetadh/files/guz/sinif-2/16201-biyokimya-1/nukleik-asitlerin-yapi-ve-fonksiyonlari.pdf<br />
# Nükleik Asitler - Sanal Biyoloji, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://sanalbiyoloji.com/index.php/12-sinif/ders-notlari/nukleik-asitler<br />
# Base Pairing - BioNinja, erişim tarihi Eylül 30, 2025, http://ib.bioninja.com.au/base-pairing/<br />
# Physical and Chemical Properties of DNA - BYJU’S, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://byjus.com/biology/properties-of-dna/<br />
# pmc.ncbi.nlm.nih.gov, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1360284/#:~:text=Two%20factors%20are%20mainly%20responsible,of%20the%20DNA%20double%20helix.<br />
# Nucleic Acids Book - DNA duplex stability - ATDBio, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://atdbio.com/nucleic-acids-book/DNA-duplex-stability<br />
# What is the significance of the helical structure of DNA? : r/askscience - Reddit, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.reddit.com/r/askscience/comments/fgq5w/what_is_the_significance_of_the_helical_structure/<br />
# Does DNA ever take different shapes other than the double helix? - The Tech Interactive, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.thetech.org/ask-a-geneticist/articles/2022/different-dna-shapes/<br />
# Why does DNA use deoxyribose while RNA uses ribose? - Homework.Study.com, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://homework.study.com/explanation/why-does-dna-use-deoxyribose-while-rna-uses-ribose.html<br />
# Ribose and Deoxyribose - Creative Biolabs, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.creative-biolabs.com/glycoprotein/ribose-and-deoxyribose.htm<br />
# Chargaff kuralları - Vikipedi, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Chargaff_kurallar%C4%B1<br />
# Chargaff’s Rules Explained - YouTube, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.youtube.com/watch?v=2TdSnpcDCVc<br />
# 2 DNA, Genetik Materyal.pdf, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/haydar.karakaya/61078/2%20DNA,%20Genetik%20Materyal.pdf<br />
# 3D Animations - DNA Molecule: Chargaff’s Ratios - CSHL DNA Learning Center, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://dnalc.cshl.edu/resources/3d/21-chargaff-ratios.html<br />
# Avery–MacLeod–McCarty experiment - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Avery%E2%80%93MacLeod%E2%80%93McCarty_experiment<br />
# The Hershey-Chase Experiments (1952), by Alfred Hershey and Martha Chase, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://embryo.asu.edu/pages/hershey-chase-experiments-1952-alfred-hershey-and-martha-chase<br />
# Frederick Griffith - Vikipedi, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Frederick_Griffith<br />
# Griffith Deneyi - Biyoinformatik, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://biyoinformatik.net/griffith-deneyi<br />
# Klasik Deneyler: Genetik Materyal Olarak DNA (Makale) | Khan …, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://tr.khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material/dna-discovery-and-structure/a/classic-experiments-dna-as-the-genetic-material<br />
# 2 DNA: GENETİK MATERYAL, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/haydar.karakaya/139125/2%20DNA,%20Genetik%20Materyal.pdf<br />
# The Transforming Principle: DNA, The Molecule of Heredity - Digital Commons @ RU, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://digitalcommons.rockefeller.edu/transforming-principle-dna/<br />
# DNA’nın Genetik Materyal Olduğunun Kanıtı - Biyoinformatik, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://biyoinformatik.net/dnanin-genetik-materyal-oldugunun-kaniti<br />
# 1944: DNA is \“Transforming Principle\” - National Human Genome Research Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.genome.gov/25520250/online-education-kit-1944-dna-is-transforming-principle<br />
# Avery, MacLeod and McCarty: The Experiment That Changed Everything - BioPathogenix, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://biopathogenix.com/avery-macleod-and-mccarty-the-experiment-that-changed-everything/<br />
# Avery, MacLeod, and McCarty Determine That DNA Carries Hereditary Information - EBSCO, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.ebsco.com/research-starters/history/avery-macleod-and-mccarty-determine-dna-carries-hereditary-information<br />
# Hershey &amp; Chase Experiment | Overview, Results &amp; Legacy - Lesson - Study.com, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://study.com/academy/lesson/the-hershey-chance-experiment.html<br />
# DNA’nın Genetik Materyal Keşfine Yolculuk - Evrim Ağacı, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://evrimagaci.org/blog/dnanin-genetik-materyal-kesfine-yolculuk-12262<br />
# Hershey–Chase experiment - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Hershey%E2%80%93Chase_experiment<br />
# Hershey and Chase - BioNinja, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://old-ib.bioninja.com.au/higher-level/topic-7-nucleic-acids/71-dna-structure-and-replic/hershey-and-chase.html<br />
# 5.2: The Hershey - Chase Experiments - Biology LibreTexts, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Introductory_and_General_Biology/Biology_(Kimball)/05%3A_DNA/5.02%3A_The_Hershey_-_Chase_Experiments<br />
# DNA Kalıtımının Tarihsel Gelişimi - Bilim Özü, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.bilimozu.com/post/dna-kal%C4%B1t%C4%B1m%C4%B1n%C4%B1n-tarihsel-geli%C5%9Fimi<br />
# DNA replication fidelity - PubMed, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10966467/<br />
# Fidelity of DNA replication—a matter of proofreading - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6153641/<br />
# DNA proofreading and repair (article) | Khan Academy, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material/dna-replication/a/dna-proofreading-and-repair<br />
# How asymmetric DNA replication achieves symmetrical fidelity - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8815454/<br />
# The proofreading mechanism of the human leading-strand DNA polymerase ε holoenzyme | Request PDF - ResearchGate, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.researchgate.net/publication/392205620_The_proofreading_mechanism_of_the_human_leading-strand_DNA_polymerase_e_holoenzyme<br />
# The proofreading mechanism of the human leading-strand DNA polymerase ε holoenzyme | PNAS, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2507232122<br />
# DNA polymerase proofreading: Multiple roles maintain genome stability - ResearchGate, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.researchgate.net/publication/222589536_DNA_polymerase_proofreading_Multiple_roles_maintain_genome_stability<br />
# Molecular basis for proofreading by the unique exonuclease domain of Family-D DNA polymerases - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10721889/<br />
# en.wikipedia.org, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_repair#:~:text=DNA%20damage%2C%20due%20to%20environmental,lesions%20per%20cell%20per%20day.<br />
# Cellular Responses to Widespread DNA Replication Stress - MDPI, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.mdpi.com/1422-0067/24/23/16903<br />
# DNA damage (naturally occurring) - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_damage_(naturally_occurring)<br />
# DNA Repair - Molecular Biology of the Cell - NCBI Bookshelf, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26879/<br />
# DNA-damage repair; the good, the bad, and the ugly - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2262034/<br />
# Dynamic Modelling of DNA Repair Pathway at the Molecular Level: A New Perspective, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2022.878148/full<br />
# DNA Damage Response - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3003462/<br />
# Variation in efficiency of DNA mismatch repair at different sites in the yeast genome - PNAS, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.0503415102<br />
# Regulation of pathway choice in DNA repair after… : Current Opinion in Pharmacology - Ovid, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.ovid.com/journals/copha/abstract/10.1016/j.coph.2024.102496~regulation-of-pathway-choice-in-dna-repair-after<br />
# Regulation of Error-Prone DNA Double-Strand Break Repair and Its Impact on Genome Evolution - MDPI, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.mdpi.com/2073-4409/9/7/1657<br />
# Regulation of DNA double-strand break repair pathway choice: a new focus on 53BP1, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7818013/<br />
# DNA Damage Response (DDR) Pathway - Sigma-Aldrich, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.sigmaaldrich.com/US/en/technical-documents/technical-article/research-and-disease-areas/cancer-research/dna-damage-response-ddr-pathway<br />
# DNA Damage Sensing by the ATM and ATR Kinases - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3753707/<br />
# ATR signaling at a glance | Journal of Cell Science | The Company of Biologists, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://journals.biologists.com/jcs/article/122/3/301/30685/ATR-signaling-at-a-glance<br />
# Epigenetic Regulation Of Gene Expression epigenetic regulation of gene expression, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://ftp.oshatrain.org/browse/2P8020/default.aspx/EpigeneticRegulationOfGeneExpression.pdf<br />
# Epigenetic Regulation and Measurement of Epigenetic Changes …, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5839622/<br />
# pmc.ncbi.nlm.nih.gov, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC140684/#:~:text=DNA%20methylation%20and%20histone%20modifications,exogenous%20integrated%20genes%20(3).<br />
# DNA and chromatin regulation (video) - Khan Academy, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-regulation/regulation-of-gene-expression-and-cell-specialization/v/dna-and-chromatin-regulation<br />
# The Role of DNA Methylation and Histone Modifications in Transcriptional Regulation in Humans - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6611551/<br />
# www.cam.ac.uk, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.cam.ac.uk/research/news/studies-raise-questions-over-how-epigenetic-information-is-inherited<br />
# The agouti mouse model: an epigenetic biosensor for nutritional and environmental alterations on the fetal epigenome - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2822875/<br />
# Classic Mechanism of Epigenetic Inheritance Is Rare, Not the Rule | The Scientist, erişim tarihi Eylül 30, 2025, [https://www.the-scientist.com/classic-mechanism-of-epigenetic-inheritance-is-rare--not-the-rule-65511 https://www.the-scientist.com/classic-mechanism-of-epigenetic-inheritance-is-rare–not-the-rule-65511]<br />
# What agouti can tell us about diet | The Scientist, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.the-scientist.com/what-agouti-can-tell-us-about-diet-46774<br />
# Maternal epigenetics and methyl supplements affect agouti gene expression in Avy/a mice - PubMed, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9707167/<br />
# The agouti mouse model: an epigenetic biosensor for nutritional and environmental alterations on the fetal epigenome | Request PDF - ResearchGate, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.researchgate.net/publication/23143649_The_agouti_mouse_model_an_epigenetic_biosensor_for_nutritional_and_environmental_alterations_on_the_fetal_epigenome<br />
# Increasing Complexity of Ribosomes and Their Biogenesis - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9332792/<br />
# Ribosome - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome<br />
# en.wikipedia.org, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome#:~:text=Ribosomes%20(%2F%CB%88ra%C9%AAb,molecules%20to%20form%20polypeptide%20chains.<br />
# Mechanism of ribosome translation through mRNA secondary structures - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5485627/<br />
# Ribosomes: Machines that Synthesize Proteins, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.biophysics.org/Portals/0/BPSAssets/Education/Documents/Lecture%2014%20Reader.pdf<br />
# DNA Sequencing - National Human Genome Research Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.genome.gov/genetics-glossary/DNA-Sequencing<br />
# DNA Sequencing Fact Sheet - National Human Genome Research Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Fact-Sheet<br />
# The NCSE, Judge Jones, and Citation Bluffs About the Origin of New Functional Genetic Information | Discovery Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.discovery.org/a/14251/<br />
# Save it in DNA - Wyss Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://wyss.harvard.edu/news/save-it-in-dna/<br />
# www.eurekalert.org, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.eurekalert.org/news-releases/1062773#:~:text=Since%20the%201980s%2C%20DNA%20has,centuries%20under%20the%20right%20conditions.<br />
# Density (computer storage) - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Density_(computer_storage)<br />
# DNA Data Storage - PMC, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10296570/<br />
# Specified complexity - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Specified_complexity<br />
# The Argument from Specified Complexity - Faithful Science, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.faithfulscience.com/design/specified-complexity.html<br />
# discourse.peacefulscience.org, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://discourse.peacefulscience.org/t/durston-functional-information/1822#:~:text=In%20general%2C%20Shannon%20information%20is,variable%20of%20function%20is%20included.<br />
# The meaning of biological information | Philosophical Transactions of the Royal Society A, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsta.2015.0065<br />
# Shannon Information and Biological Fitness - Carl T. Bergstrom, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://ctbergstrom.com/publications/pdfs/2004IEEE.pdf<br />
# specified complexity | Discovery Institute, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.discovery.org/t/specified-complexity/<br />
# The Origin of Life and the Information Enigma | Science and Culture Today - Evolution News, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://scienceandculture.com/2022/03/the-origin-of-life-and-the-information-enigma/<br />
# Commentary: History of the ribosome and the origin of translation - Frontiers, erişim tarihi Eylül 30, 2025, https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2016.00087/full