Biyokimyanın tarihçesi sayfasının kaynağını görüntüle

<span id="biyokimyanın-tarihçesi-yaşamın-kimyasal-temellerinin-aşamalı-olarak-aydınlatılması"></span>
= '''Biyokimyanın Tarihçesi: Yaşamın Kimyasal Temellerinin Aşamalı Olarak Aydınlatılması''' =

<span id="giriş"></span>
== '''Giriş''' ==

Biyokimya, canlı organizmaların yapısını ve işleyişini moleküler düzeyde inceleyen, yaşamın kimyasal mantığını aydınlatmaya yönelik bir bilim dalıdır. Biyoloji ile kimya arasındaki sınırda konumlanan bu disiplin, canlılığın en temel süreçlerine dair anlayışın geliştirilmesinde merkezi bir rol oynamaktadır.1 Canlı bir hücrenin içinde gerçekleşen karmaşık reaksiyonlardan, kalıtım bilgisinin nesiller boyu nasıl aktarıldığına kadar uzanan geniş bir yelpazedeki sorulara cevap arar. Bu raporun amacı, biyokimyanın bağımsız bir disiplin olarak ortaya çıkışından günümüzdeki “omiks” devrimine ve gen düzenleme teknolojilerine kadar uzanan tarihsel seyrini ana hatlarıyla sunmaktır. Anlatım, yalnızca kilit keşifleri ve bu keşifleri gerçekleştiren araştırmacıları sıralamakla kalmayacak, aynı zamanda bu bulguların ardındaki kavramsal dönüşümleri ve yaşamın temelinde işleyen hassas düzenin nasıl aşamalı olarak gözler önüne serildiğini, belirtilen felsefi ve dilbilimsel ilkelere titizlikle bağlı kalarak analiz edecektir. Bu tarihsel yolculuk, canlılığın temelindeki moleküler mimarinin ve işleyişin ne denli sanatlı ve düzenli bir yapıya sahip olduğunu ortaya koyan bir anlama serüvenidir.

<span id="bölüm-1-bilimsel-açıklama-ve-güncel-bulgular"></span>
== '''Bölüm 1: Bilimsel Açıklama ve Güncel Bulgular''' ==

Biyokimyanın tarihsel gelişimi, bir dizi kavramsal devrim ve teknolojik atılımla şekillenmiştir. Bu süreç, canlılığın ardındaki kimyasal prensiplerin adım adım aydınlatıldığı, birbiri üzerine inşa edilen keşifler silsilesi olarak görülebilir. Aşağıdaki tablo, bu tarihsel anlatıya bir yol haritası sunmak amacıyla, alanın seyrini değiştiren temel dönüm noktalarını özetlemektedir.

'''Tablo 1: Biyokimya Tarihinin Dönüm Noktaları'''

{| class="wikitable"
|-
! style="text-align: left;"| Yıl
! style="text-align: left;"| Bilim İnsanı/Grup
! style="text-align: left;"| Keşif/Katkı
! style="text-align: left;"| Önemi
|-
| style="text-align: left;"| 1828
| style="text-align: left;"| Friedrich Wöhler
| style="text-align: left;"| İnorganik maddelerden organik bir bileşik olan ürenin sentezlenmesi.
| style="text-align: left;"| Vitalizm (“yaşam gücü”) teorisine ilk ciddi darbenin indirilmesi ve organik kimyanın temellerinin atılması.2
|-
| style="text-align: left;"| 1833
| style="text-align: left;"| Anselme Payen &amp; J-F. Persoz
| style="text-align: left;"| İlk enzimin, “diastaz”ın (amilaz) malt özütünden izole edilmesi.
| style="text-align: left;"| Canlılarda spesifik kimyasal reaksiyonları katalize eden biyolojik moleküllerin varlığının gösterilmesi.6
|-
| style="text-align: left;"| 1897
| style="text-align: left;"| Eduard Buchner
| style="text-align: left;"| Canlı maya hücreleri olmadan, maya özütü ile “hücresiz fermantasyon”un gerçekleştirilmesi.
| style="text-align: left;"| Fermantasyon gibi karmaşık yaşamsal süreçlerin, canlı hücre bütünlüğüne değil, içindeki kimyasal maddelere (enzimler) bağlı olduğunun kanıtlanması; modern biyokimyanın doğuşu.1
|-
| style="text-align: left;"| 1937
| style="text-align: left;"| Hans Krebs
| style="text-align: left;"| Sitrik asit döngüsünün (Krebs döngüsü) aydınlatılması.
| style="text-align: left;"| Hücre solunumunun merkezi metabolik yolunun haritalanması ve farklı besin maddelerinin enerji metabolizmasının nasıl birleştiğinin anlaşılması.6
|-
| style="text-align: left;"| 1940’lar
| style="text-align: left;"| Fritz Lipmann
| style="text-align: left;"| ATP’nin hücrenin evrensel “enerji para birimi” olarak rolünün ortaya konulması.
| style="text-align: left;"| Hücresel enerji transferinin temel mekanizmasının aydınlatılması.11
|-
| style="text-align: left;"| 1944
| style="text-align: left;"| Avery, MacLeod &amp; McCarty
| style="text-align: left;"| “Dönüşüm ilkesi”nin protein değil, DNA olduğunun gösterilmesi.
| style="text-align: left;"| DNA’nın genetik materyal olduğuna dair ilk güçlü deneysel kanıtın sunulması.12
|-
| style="text-align: left;"| 1952
| style="text-align: left;"| Alfred Hershey &amp; Martha Chase
| style="text-align: left;"| Bakteriyofaj deneyleri ile DNA’nın genetik materyal olduğunun kesinleştirilmesi.
| style="text-align: left;"| Genetik materyalin DNA olduğu yönündeki bilimsel kanının pekiştirilmesi.15
|-
| style="text-align: left;"| 1953
| style="text-align: left;"| Watson, Crick, Franklin &amp; Wilkins
| style="text-align: left;"| DNA’nın çift sarmal yapısının aydınlatılması.
| style="text-align: left;"| Genetik bilginin nasıl depolandığını, korunduğunu ve kopyalandığını açıklayan moleküler modelin inşası.2
|-
| style="text-align: left;"| 1970’ler
| style="text-align: left;"| Çeşitli Araştırmacılar
| style="text-align: left;"| Rekombinant DNA teknolojisinin ve gen klonlama tekniklerinin geliştirilmesi.
| style="text-align: left;"| Genetik mühendisliğinin ve modern biyoteknolojinin temellerinin atılması.20
|-
| style="text-align: left;"| 1983
| style="text-align: left;"| Kary Mullis
| style="text-align: left;"| Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) tekniğinin geliştirilmesi.
| style="text-align: left;"| DNA’nın belirli bölgelerinin ''in vitro'' olarak milyonlarca kez çoğaltılmasına olanak tanıyan devrimci bir tekniğin ortaya çıkması.6
|-
| style="text-align: left;"| 2000’ler
| style="text-align: left;"| Çeşitli Araştırmacılar
| style="text-align: left;"| Yüksek verimli “omiks” teknolojilerinin (proteomik, metabolomik) yaygınlaşması.
| style="text-align: left;"| Hücredeki tüm proteinlerin veya metabolitlerin sistem düzeyinde analiz edilmesine imkan tanınması; sistem biyolojisi yaklaşımının yükselişi.21
|-
| style="text-align: left;"| 2012
| style="text-align: left;"| Doudna, Charpentier ve diğerleri
| style="text-align: left;"| CRISPR-Cas9 sisteminin bir gen düzenleme aracı olarak uyarlanması.
| style="text-align: left;"| Genomun hassas bir şekilde yeniden tertip edilmesine olanak tanıyan, biyokimya ve genetik araştırmalarında devrim yapan bir teknolojinin geliştirilmesi.23
|}

<span id="temel-kavramlar-ve-işleyiş-biyokimya-tarihinin-ana-hatları"></span>
=== '''1.1. Temel Kavramlar ve İşleyiş: Biyokimya Tarihinin Ana Hatları''' ===

Modern biyokimyanın temelleri, canlılığa dair hakim olan felsefi kabulleri sarsan ve yaşam süreçlerinin kimyasal yöntemlerle incelenebilir olduğunu gösteren dört büyük kavramsal dönüşüm üzerine inşa edilmiştir. Bu dönüşümler, vitalist dogmanın yıkılışından başlayarak enzimlerin, metabolik yolların ve nihayetinde kalıtımın moleküler temelinin aydınlatılmasına uzanan mantıksal bir ilerleme sergiler.

<span id="yaşamın-kimyasına-ilk-bakışlar-vitalizmin-hakimiyeti-ve-sarsılması"></span>
==== '''1.1.1. Yaşamın Kimyasına İlk Bakışlar: Vitalizmin Hakimiyeti ve Sarsılması''' ====

Biyokimyanın bir bilim dalı olarak ortaya çıkışından önce, canlı organizmalardaki süreçlerin doğası hakkındaki düşünceye vitalizm felsefesi hakimdi. Antik Yunan’dan 19. yüzyıla kadar uzanan bu görüşe göre, canlı maddeleri cansızlardan ayıran temel bir fark vardı: “yaşam gücü” veya Latince adıyla ''vis vitalis''.5 Bu ilkenin, canlı organizmalarda bulunan ve “organik” olarak adlandırılan kimyasal bileşiklerin oluşumundan sorumlu olduğu ve bu bileşiklerin laboratuvar ortamında “inorganik” maddelerden sentezlenemeyeceği kabul ediliyordu.5 Bu felsefi çerçeve, canlılığın kimyasal analizinin önünde bir engel teşkil ediyor, yaşam süreçlerini fizik ve kimya kanunlarının ötesinde, özel ve gizemli bir alana yerleştiriyordu.

Bu köklü paradigmanın sarsılması, 1828 yılında Alman kimyager Friedrich Wöhler tarafından gerçekleştirilen bir deneyle başladı. Wöhler, asıl amacı amonyum siyanat sentezlemek olan bir çalışma sırasında, tamamen inorganik maddeler olan potasyum siyanat ve amonyum sülfatı bir araya getirip ısıttığında, tesadüfen üre kristallerinin oluştuğunu gözlemledi.2 Üre, o zamana kadar sadece canlı organizmaların idrarında bulunan ve tipik bir “organik” bileşik olarak bilinen bir maddeydi. Bu sentez, ilk defa bir organik bileşiğin, herhangi bir canlı organizma veya “yaşam gücü” olmaksızın, laboratuvarda inorganik öncüllerden üretilebileceğini gösterdi. Bu olay, vitalizm dogmasına indirilen ilk ciddi darbe olarak kabul edilir ve organik ile inorganik kimya arasında bir köprü kurulmasında bir dönüm noktasıdır.5

Ancak, bilimsel paradigmaların değişimi nadiren tek bir deneyle anında gerçekleşir. Wöhler’in sentezi, vitalizmi tek başına ve hemen ortadan kaldırmadı. Vitalist görüşü savunanlar, ürenin bir canlının sentezlediği karmaşık bir molekül değil, yalnızca bir “atık ürün” veya “parçalanma ürünü” olduğunu öne sürerek yeni bir savunma hattı oluşturdular.11 Bu durum, köklü bir felsefi kabulün, aksi yöndeki tekil bir kanıtla hemen terk edilmediğini, aksine kanıtı kendi çerçevesi içinde yorumlayarak varlığını sürdürmeye çalıştığını göstermektedir. Vitalizmin tam olarak geride bırakılması için, sadece basit organik moleküllerin değil, fermantasyon gibi karmaşık “yaşam süreçlerinin” de kimyasal terimlerle açıklanabilir olduğunun gösterilmesi gerekiyordu. Bu yöndeki ilerleme, 19. yüzyılın ortalarında Justus von Liebig ve Louis Pasteur gibi öncülerin çalışmalarıyla devam etti. Liebig, 1842’de yayımlanan “Hayvan Kimyası” (

''Animal chemistry, or, Organic chemistry in its applications to physiology and pathology'') adlı etkili eserinde, metabolizmanın kimyasal bir teorisini sunarak canlılardaki madde dönüşümlerini kimyasal denklemlerle açıklamaya çalıştı.6 Louis Pasteur ise fermantasyonun maya gibi canlı mikroorganizmalar aracılığıyla gerçekleşen biyolojik bir süreç olduğunu göstererek, canlı süreçlerinin kimyasal yöntemlerle incelenebilirliğine dair kanıtları artırdı.11 Bu çalışmalar, yaşamın kimyasal temellerine yönelik araştırmaların önünü açarak biyokimyanın doğuşuna zemin hazırladı.

<span id="hücrenin-sırları-aralanıyor-enzimlerin-keşfi-ve-hücresiz-biyokimyanın-doğuşu"></span>
==== '''1.1.2. Hücrenin Sırları Aralanıyor: Enzimlerin Keşfi ve “Hücresiz Biyokimya”nın Doğuşu''' ====

Vitalizmin zayıflamasıyla birlikte, canlı organizmalardaki kimyasal dönüşümlerin nasıl gerçekleştiği sorusu ön plana çıktı. Bu sorunun cevabı, biyolojik katalizörler olan enzimlerin keşfiyle aydınlatılmaya başlandı. Bu alandaki ilk önemli adım, 1833 yılında Fransız kimyagerler Anselme Payen ve Jean-François Persoz tarafından atıldı. Bu iki araştırmacı, malt özütünden, nişastayı daha basit şekerlere (glukoz) dönüştüren bir maddeyi izole etmeyi başardılar.6 Bu maddeye, Yunanca “ayırmak” anlamına gelen “diastaz” adını verdiler, çünkü nişasta granüllerini ayırıp çözünür hale getiriyordu.25 Günümüzde amilaz olarak bilinen diastaz, tarihte izole edilen ilk enzimdir.27 Bu keşif, canlı organizmaların içinde, belirli kimyasal reaksiyonları hızlandıran ve yönlendiren özel maddelerin bulunduğu fikrini ortaya koydu. Daha sonra, 1878 yılında Alman fizyolog Wilhelm Kühne, bu tür biyolojik katalizörler için Yunanca “maya içinde” anlamına gelen en zymē kelimesinden türettiği “enzim” terimini bilimsel literatüre kazandırdı.6 Ancak, bu ilk keşiflere rağmen, fermantasyon gibi karmaşık süreçlerin hala canlı hücrenin bölünmez bütünlüğüne bağlı olduğu yönündeki “vitalist” düşünce varlığını sürdürüyordu. Bu düşünceye son ve kesin darbeyi vuran çalışma, 1897 yılında Eduard Buchner tarafından gerçekleştirildi. Buchner, canlı maya hücrelerinin yokluğunda bile fermantasyonun gerçekleşip gerçekleşemeyeceğini test etmek için bir deney tasarladı. Mayayı kum ve kieselguhr (bir tür diyatomlu toprak) ile birlikte bir havanda öğüterek hücre duvarlarını parçaladı ve ardından bu karışımı yüksek basınç altında bir bezden geçirerek hücre içermeyen, berrak bir özüt (“press juice”) elde etti.9 Bu özüte şeker eklediğinde, canlı maya hücrelerinin varlığında olduğu gibi, karbondioksit gazı çıkışının başladığını ve alkolün oluştuğunu gözlemledi.1

“Hücresiz fermantasyon” olarak adlandırılan bu deney, biyokimya tarihinde bir devrim niteliğindeydi. Bu bulgu, fermantasyon gibi karmaşık ve o zamana kadar sadece “yaşam” ile ilişkilendirilen bir sürecin, canlı hücrenin gizemli “yaşam gücüne” veya bütünsel yapısına değil, hücrenin içinde bulunan ve ondan izole edilebilen kimyasal maddelere, yani enzimlere bağlı olduğunu kesin olarak kanıtladı.3 Buchner’in bu çalışması, biyokimyanın fizyolojiden ayrı, bağımsız bir disiplin olarak gelişimini başlatan en önemli olaylardan biri olarak kabul edilir.3 Artık yaşamın süreçleri, kimyasal analizin ve deneyin konusu haline gelmişti. Bu metodolojik ve felsefi kırılma, hücrenin her bir kimyasal reaksiyon için özel bir enzime sahip bir “kimya fabrikası” olarak görülmesini sağlayan yeni bir paradigmanın temelini attı.3 Nitekim, “biyokimya” terimi de bu yeni anlayışın bir yansıması olarak 1903 yılında Carl Neuberg tarafından yaygınlaştırıldı.2

<span id="metabolik-yolların-haritalanması-hücresel-enerji-ve-madde-döngülerinin-anlaşılması"></span>
==== '''1.1.3. Metabolik Yolların Haritalanması: Hücresel Enerji ve Madde Döngülerinin Anlaşılması''' ====

Enzimlerin kimyasal katalizörler olarak rollerinin anlaşılması, araştırmacıların dikkatini hücre içinde bu enzimlerin aracılık ettiği organize reaksiyon dizilerine, yani metabolik yollara çevirmelerine olanak tanıdı. Metabolizma (Yunanca ''metabolismos'', ‘değişim’), bir canlıdaki tüm kimyasal dönüşümleri ifade eden bir terimdir ve tarihsel kökleri 13. yüzyılda İbn al-Nafis’in çalışmalarına kadar dayandırılsa da, modern bilimsel incelemesi 20. yüzyılda başlamıştır.6 Bu dönem, hücrenin enerji ve madde döngülerinin temel haritasının çıkarıldığı bir dönem oldu.

Bu alandaki ilk büyük başarılardan biri, glikoliz yolağının aydınlatılmasıydı. Glikozun, bir dizi enzimatik reaksiyonla pirüvata parçalanarak enerji üretiminin ilk adımını oluşturduğu bu temel yolak, Gustav Embden, Otto Meyerhof ve Jakob Parnas gibi bilim insanlarının katkılarıyla 1940’larda büyük ölçüde anlaşıldı ve bu nedenle Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) yolu olarak da bilinir.6 Bu keşif, hücrelerin en temel yakıtı olan şekeri nasıl işlemeye başladığını gösterdi.

Metabolizma araştırmalarındaki asıl devrim ise Hans Krebs’in çalışmalarıyla gerçekleşti. Krebs, ilk olarak azotlu atıkların vücuttan nasıl uzaklaştırıldığını gösteren üre döngüsünü aydınlattı. Ardından, 1937 yılında, hücre solunumunun kalbi sayılan ve bugün kendi adıyla anılan Krebs döngüsünü (veya sitrik asit döngüsünü) keşfetti.6 Bu döngü, glikolizden gelen ürünlerin yanı sıra, yağların ve proteinlerin parçalanmasından elde edilen moleküllerin de girdiği merkezi bir metabolik kavşaktır. Bu döngüsel reaksiyonlar dizisi aracılığıyla, besin moleküllerindeki kimyasal enerji, karbondioksit ve suya kadar oksitlenerek açığa çıkarılır.6 Krebs döngüsünün keşfi, hücrenin farklı besin kaynaklarını nasıl ortak bir enerji üretim yolunda birleştirdiğini gösteren, son derece düzenli ve verimli bir sistemin varlığını ortaya koydu. Bu çalışmalar, Hans Krebs’e 1953 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü’nü getirdi.10

Bu metabolik yollarda açığa çıkan enerjinin hücre tarafından nasıl kullanıldığı sorusu da bu dönemde cevap buldu. 1929 yılında kas dokusundan izole edilen adenozin trifosfat (ATP) molekülünün bu süreçteki merkezi rolü, 1940’larda Fritz Lipmann tarafından ortaya kondu.11 Lipmann, ATP’nin hücredeki reaksiyonlar arasında enerji transferini sağlayan evrensel bir “enerji para birimi” olduğunu öne sürdü. Yani, besinlerin oksidasyonuyla açığa çıkan enerji, doğrudan kullanılmak yerine, öncelikle ATP moleküllerinin yüksek enerjili fosfat bağlarında depolanıyor ve hücrenin enerji gerektiren herhangi bir süreci (kas kasılması, molekül sentezi vb.) bu ATP moleküllerini “harcayarak” gerçekleşiyordu. Bu konsept, hücresel enerji ekonomisinin anlaşılmasında bir devrim yaptı ve metabolik yolların sadece birer reaksiyon dizisi değil, aynı zamanda hassas bir şekilde yönetilen bir enerji üretim ve dağıtım ağı olduğunu gösterdi. Bu keşifler bütünü, hücrenin kaotik bir kimyasal çorba olmadığını, aksine her bir adımın belirli bir amaca hizmet ettiği, kaynakların verimli bir şekilde kullanıldığı ve ara ürünlerin yeniden döngüye sokulduğu, son derece organize ve mantıksal bir sistem olduğunu gözler önüne serdi.

<span id="kalıtımın-moleküler-temeli-dnanın-genetik-materyal-olarak-tanımlanması"></span>
==== '''1.1.4. Kalıtımın Moleküler Temeli: DNA’nın Genetik Materyal Olarak Tanımlanması''' ====

20. yüzyılın ortalarına gelindiğinde, biyokimya hücrenin metabolik makinelerini büyük ölçüde aydınlatmıştı; ancak bu makinelerin planlarının nerede yazılı olduğu ve nesilden nesile nasıl aktarıldığı sorusu hala bir sır olarak duruyordu. Genlerin kromozomlarda bulunduğu bilinse de, bu genetik bilginin taşıyıcısının kromozomları oluşturan proteinler mi yoksa deoksiribonükleik asit (DNA) mi olduğu konusunda bilim dünyası bölünmüştü. Proteinlerin 20 farklı amino asitten oluşan karmaşık yapıları, onları genetik bilginin taşıyıcısı olarak daha olası bir aday gibi gösteriyordu.

Bu düğümü çözmeye yönelik ilk önemli kanıt, 1944 yılında Oswald Avery, Colin MacLeod ve Maclyn McCarty’nin yaptığı titiz bir çalışmayla geldi. Bu ekip, Frederick Griffith’in 1928’de gözlemlediği “dönüşüm ilkesi” olgusunu temel aldı. Griffith, ısıtılarak öldürülmüş, hastalık yapıcı (virulent) ''Streptococcus pneumoniae'' bakterilerinin, canlı fakat zararsız bakterileri kalıtsal olarak hastalık yapıcı hale getirebildiğini göstermişti. Avery ve meslektaşları, bu dönüşüme neden olan kimyasal maddeyi, yani “dönüşüm ilkesini” izole etmek için yola çıktılar.12 Isıtılarak öldürülmüş virulent bakterilerden elde ettikleri özütü, sistematik bir eleme sürecine tabi tuttular. Özütü, proteinleri parçalayan enzimler (proteazlar) ve RNA’yı parçalayan enzimlerle (ribonükleaz) muamele ettiklerinde, dönüşüm yeteneğinin kaybolmadığını gördüler. Bu, genetik materyalin protein veya RNA olmadığını gösteriyordu. Ancak, özütü DNA’yı parçalayan bir enzim olan deoksiribonükleaz (DNaz) ile muamele ettiklerinde, dönüşüm aktivitesi tamamen ortadan kalktı.13 Bu sonuç, dönüşüme neden olan ve dolayısıyla genetik bilgiyi taşıyan molekülün DNA olduğuna dair ilk güçlü deneysel kanıtı sundu.

Buna rağmen, Avery’nin bulguları bilim camiasında hemen ve evrensel olarak kabul görmedi. Proteinlerin genetik materyal olduğu yönündeki köklü kanı ve deneyde kullanılan DNA’nın saf olmayıp az miktarda protein içeriyor olabileceği endişesi, bir tereddüt ortamı oluşturdu.13 Genetik materyalin DNA olduğu fikrini kesinleştiren deney, 1952 yılında Alfred Hershey ve Martha Chase tarafından gerçekleştirildi. Bu deneyde, sadece protein ve DNA’dan oluşan ve bakteri enfekte eden virüsler olan bakteriyofajlar kullanıldı. Hershey ve Chase, proteinlerin yapısında bulunan kükürt atomunu radyoaktif izotopu olan ³⁵S ile, DNA’nın yapısında bulunan fosfor atomunu ise radyoaktif izotopu olan ³²P ile işaretlediler.39 Bu şekilde, virüsün protein kılıfını ve DNA’sını ayrı ayrı takip edebilir hale geldiler. İşaretlenmiş virüslerin bakterileri enfekte etmesine izin verdikten sonra, bir blender yardımıyla bakteri yüzeyine yapışmış olan virüs kılıflarını ayırdılar. Yaptıkları ölçümlerde, radyoaktif kükürtün (³⁵S) neredeyse tamamının bakteri dışında, virüs kılıflarında kaldığını, radyoaktif fosforun (³²P) ise bakteri hücresinin içine girdiğini tespit ettiler.15 Bu sonuç, virüsün yeni nesillerini üretmek için bakteri hücresine aktardığı talimatların DNA olduğunu şüpheye yer bırakmayacak şekilde gösterdi.

DNA’nın genetik materyal olduğunun anlaşılmasıyla birlikte, tüm dikkatler bu molekülün üç boyutlu yapısının aydınlatılmasına yöneldi. Bu yapının çözülmesi, genetik bilginin nasıl depolandığını ve kopyalandığını anlamak için elzemdi. Bu süreçteki en kritik verilerden biri, Mayıs 1952’de King’s College London’da çalışan Rosalind Franklin ve öğrencisi Raymond Gosling tarafından elde edilen X-ışını kırınım görüntüsü oldu. “Fotoğraf 51” olarak bilinen bu görüntü, DNA’nın yapısına dair paha biçilmez ipuçları barındırıyordu.19 Fotoğraftaki belirgin “X” şeklindeki desen, molekülün sarmal (helikal) bir yapıda olduğunu gösteriyordu. Desen üzerindeki lekelerin aralıkları ve konumları ise sarmalın boyutları, her bir dönüşteki nükleotit sayısı ve fosfat omurgasının dışarıda, bazların ise içeride yer aldığı gibi önemli yapısal parametreler hakkında bilgi veriyordu.44 Bu kritik veriler, Cambridge Üniversitesi’nde çalışan James Watson ve Francis Crick tarafından, diğer kimyasal verilerle (özellikle Erwin Chargaff’ın baz eşleşme kuralları) birleştirilerek, 1953 yılında yayımlanan ikonik çift sarmal modelinin inşasında kullanıldı.2 Bu model, sadece DNA’nın yapısını doğru bir şekilde betimlemekle kalmadı, aynı zamanda genetik bilginin nasıl kopyalanabileceğine (iki zincirin ayrılarak her birinin yeni bir tamamlayıcı zincir için kalıp görevi görmesi) dair zarif bir mekanizma da sunarak moleküler biyoloji çağını başlattı. Bu keşifler dizisi, farklı bilimsel disiplinlerin (mikrobiyoloji, biyokimya, biyofizik ve teorik modelleme) bir araya gelerek biyolojinin en temel sorularından birini nasıl çözdüğünün de bir örneğidir.

<span id="güncel-araştırmalardan-bulgular-omiks-çağı-ve-gen-düzenleme-ufukları"></span>
=== '''1.2. Güncel Araştırmalardan Bulgular: “Omiks” Çağı ve Gen Düzenleme Ufukları''' ===

20. yüzyılın sonları ve 21. yüzyılın başları, biyokimya alanında teknolojik bir devrime sahne oldu. DNA’nın yapısının ve genetik kodun çözülmesinin ardından geliştirilen yüksek verimli analiz teknikleri, araştırmacıların tek bir molekülü veya tek bir metabolik yolu incelemekten, bir hücre veya organizmadaki binlerce molekülü aynı anda ve bütüncül bir şekilde analiz etmeye geçişini sağladı. Bu yeni yaklaşım, “sistem biyolojisi” olarak adlandırıldı ve “-omiks” son ekini alan yeni disiplinlerin doğuşuna yol açtı. Bu dönem aynı zamanda, genetik bilginin sadece okunması ve anlaşılmasıyla yetinilmeyip, aynı zamanda hassas bir şekilde değiştirilip yeniden tertip edilmesine olanak tanıyan araçların geliştirildiği bir dönemdir.

<span id="sistem-biyolojisi-ve-omiks-devrimi"></span>
==== '''1.2.1. Sistem Biyolojisi ve “Omiks” Devrimi''' ====

Klasik biyokimya, yaşamın bileşenlerini tek tek izole edip inceleyen indirgemeci bir yaklaşıma dayanıyordu. Ancak canlılık, bu bileşenlerin karmaşık etkileşim ağlarından doğan bir özelliktir. “Omiks” teknolojileri, bu ağların bütününü görme imkanı sunarak biyokimyayı bir üst seviyeye taşıdı.

'''Proteomik Gelişmeler:''' Proteomik, bir hücre, doku veya organizmanın belirli bir anda sahip olduğu tüm proteinlerin (proteom) bütüncül analizidir.21 Genom sabitken, proteom son derece dinamiktir ve hem içsel hem de dışsal sinyallere yanıt olarak sürekli değişir. Bu nedenle, bir sistemin fonksiyonel durumunu anlamak için proteomun incelenmesi kritik öneme sahiptir. Son on yılda, proteomik alanındaki en büyük atılımlar, kütle spektrometresi (MS) tabanlı teknolojilerde yaşanmıştır. Özellikle “veri-bağımsız edinim” (data-independent acquisition - DIA) gibi gelişmiş MS yöntemleri, tek bir deneyde binlerce proteinin hassas bir şekilde tanımlanmasına ve miktarının belirlenmesine olanak tanımıştır.47 Bu teknikler, proteinlerin sadece varlığını ve miktarını değil, aynı zamanda fosforilasyon gibi işlevlerini düzenleyen post-translasyonel modifikasyonları da analiz etme kapasitesine sahiptir.47 Bu yüksek verimli yaklaşımlar sayesinde, belirli bir hastalık durumunda veya bir ilaca yanıt olarak hangi protein ağlarının ve sinyal yollarının aktive veya deaktive olduğu haritalanabilmektedir. Bu durum, hastalık mekanizmalarının daha derinlemesine anlaşılmasına ve yeni tanısal biyobelirteçlerin veya terapötik hedeflerin keşfedilmesine imkan sağlamaktadır.49

'''Metabolomik Yaklaşımı:''' Metabolomik, bir biyolojik sistemdeki tüm küçük moleküllü metabolitlerin (metabolom) kapsamlı analizidir.22 Metabolom, genom ve proteomdaki değişikliklerin nihai fonksiyonel çıktısı olarak kabul edilir ve bu nedenle bir organizmanın anlık fizyolojik durumunun (fenotip) en yakın kimyasal yansımasıdır.52 “Hedefsiz metabolomik” (untargeted metabolomics) adı verilen yaklaşımda, bir örnekteki bilinen ve bilinmeyen binlerce metabolit, herhangi bir ön hipotez olmaksızın, bütüncül bir şekilde taranır. Bu analizler için genellikle kütle spektrometresi (MS) ve nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi gibi güçlü analitik platformlar kullanılır.22 Bu yaklaşım, belirli bir hastalığa veya çevresel bir etkiye maruz kalındığında hücresel biyokimyada meydana gelen sistemik değişiklikleri ortaya çıkarmak için son derece güçlü bir araçtır. Örneğin, kanser hücrelerinin metabolizmasındaki özgül değişikliklerin saptanması veya belirli bir hastalığın erken teşhisine olanak tanıyan yeni biyobelirteçlerin kanda veya idrarda keşfedilmesi gibi alanlarda metabolomik, önemli katkılar sağlamaktadır.53 Bu “-omiks” devrimi, biyokimyasal araştırmaları tekil parçaları incelemekten, bütün bir işletim sisteminin anlık durumunu okumaya ve anlamaya doğru yönelten temel bir zihniyet değişimini temsil etmektedir.

<span id="genomun-yeniden-tertip-edilmesi-crispr-cas9-sisteminin-gelişimi-ve-etkileri"></span>
==== '''1.2.2. Genomun Yeniden Tertip Edilmesi: CRISPR-Cas9 Sisteminin Gelişimi ve Etkileri''' ====

Yaşamın moleküler mantığını sistem düzeyinde “okuma” yeteneği geliştikçe, bu mantığın temelini oluşturan genetik kodu “yazma” veya “düzenleme” ihtiyacı da belirginleşti. Genom düzenleme alanındaki en büyük devrim, CRISPR-Cas9 sisteminin keşfi ve bir teknoloji olarak uyarlanmasıyla gerçekleşti.

'''Keşif ve Mekanizma:''' CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats - Düzenli Aralıklı Kısa Palindromik Tekrar Kümeleri) dizileri, ilk olarak 1987’de bakteri genomlarında fark edildi. Bu dizilerin, bakterilerin ve arkelerin, kendilerini daha önce enfekte etmiş olan virüslere (fajlara) karşı geliştirdiği bir tür “edinilmiş bağışıklık sistemi”nin parçası olduğu daha sonra anlaşıldı.23 Sistem temel olarak iki bileşenden oluşur: Cas9 adı verilen ve DNA’yı kesen bir protein (bir nükleaz) ve bu proteine nereyi keseceğini söyleyen bir rehber RNA (gRNA). Rehber RNA, genomda hedeflenen DNA dizisiyle eşleşir ve Cas9 proteinini tam o noktaya yönlendirir. Cas9, burada DNA’nın iki ipliğini de keserek bir çift sarmal kırığı oluşturur. Hücre, bu kırığı onarmak için kendi doğal tamir mekanizmalarını kullanır. Bu tamir süreci sırasında, genin işlevsiz hale getirilmesi (susturma), belirli bir DNA parçasının çıkarılması veya yerine yeni bir DNA dizisinin eklenmesi mümkün hale gelir.

'''Biyokimya Araştırmalarındaki Uygulamaları:''' 2012 yılında Jennifer Doudna ve Emmanuelle Charpentier’in öncülüğündeki araştırmacılar, bu bakteriyel savunma sisteminin programlanabilir bir gen düzenleme aracına dönüştürülebileceğini gösterdiler. Çinko parmak nükleazlar (ZFN’ler) ve TALEN’ler gibi önceki gen düzenleme teknolojilerine kıyasla, CRISPR-Cas9 sisteminin tasarımı ve uygulanması çok daha basit, hızlı, ucuz ve verimlidir.23 Bu özellikler, teknolojinin dünya çapındaki laboratuvarlarda hızla benimsenmesini ve biyokimya araştırmalarında bir devrim oluşturmasını sağladı. Artık araştırmacılar, belirli bir proteinin hücredeki rolünü anlamak için o proteini kodlayan geni kolayca susturabilmekte, bir metabolik yolağın işleyişini incelemek için o yoldaki kilit bir enzimin genini değiştirebilmekte veya insan hastalıklarının moleküler temellerini araştırmak için hücrelerde veya deney hayvanlarında spesifik genetik mutasyonlar oluşturarak hastalık modelleri inşa edebilmektedir.23 Bir sistemi anlamanın en iyi yollarından biri, onu kontrollü bir şekilde bozup sonuçlarını gözlemlemektir. CRISPR-Cas9, biyokimyacılara tam olarak bu imkanı sunarak, gen-protein-fonksiyon ilişkilerinin aydınlatılmasında ve yaşamın karmaşık ağlarının çözülmesinde benzeri görülmemiş bir güç sağlamıştır.

<span id="bölüm-2-kavramsal-analiz"></span>
== '''Bölüm 2: Kavramsal Analiz''' ==

Biyokimya tarihinin bilimsel anlatısı, sadece bir keşifler listesi sunmakla kalmaz, aynı zamanda bu keşiflerin ortaya çıkardığı yaşamın moleküler temelindeki düzene, amaca ve sanatlı yapıya dair derin tefekkür imkanları da barındırır. Bu bölümde, ilk bölümde sunulan bilimsel veriler, talep edilen felsefi çerçeve doğrultusunda, üç ana başlık altında analiz edilecektir.

<span id="nizam-gaye-ve-sanat-analizi"></span>
=== '''2.1. Nizam, Gaye ve Sanat Analizi''' ===

Biyokimyanın ortaya koyduğu moleküler tablo, hassas ayarlar, belirli bir amaca yönelik işleyiş ve sanatlı yapılarla bezenmiştir. Bu özellikler, hem keşif sürecinin kendisinde hem de incelenen sistemlerin yapısında gözlemlenebilir.

'''Sıralı Keşif Sürecindeki Düzen:''' Biyokimya biliminin tarihsel gelişimi, kendi içinde dikkat çekici bir düzen sergilemektedir. Anlama süreci, rastgele sıçramalarla değil, mantıksal ve sıralı bir ilerleyişle gerçekleşmiştir. İlk olarak, yaşamın cansız madde kanunlarına tabi olduğu fikri (Wöhler’in sentezi) kabul edilmiştir. Bu temel kabulün ardından, bu kimyasal reaksiyonları gerçekleştiren özel aracılar olan enzimlerin varlığı (Payen ve Buchner) ortaya konulmuştur. Enzimlerin anlaşılması, onların oluşturduğu organize reaksiyon ağları olan metabolik yolların (Krebs) haritalanmasına kapı aralamıştır. Son olarak, tüm bu karmaşık sistemin planını ve talimatlarını içeren bilgi molekülü olan DNA’nın yapısı ve işlevi (Avery, Hershey-Chase, Franklin, Watson-Crick) aydınlatılmıştır. Bu ilerleyiş, sanki bir binanın önce temelinin atılması, sonra duvarlarının örülmesi, ardından tesisatının döşenmesi ve en son mimari planlarının bulunması gibi, katmanlı ve düzenli bir yapının aşamalı olarak açığa çıkarılmasına benzemektedir. Keşif sürecindeki bu mantıksal sıra, incelenen sistemin kendisindeki içsel nizamı ve katmanlı yapıyı yansıttığı şeklinde yorumlanabilir.

'''Metabolik Yollardaki Hassas Ayarlar:''' Hücre metabolizması, özellikle Krebs döngüsü gibi merkezi yolaklar incelendiğinde, rastgele kimyasal reaksiyonların bir toplamı olmadığı açıkça görülür. Bu yollaklar, son derece hassas bir şekilde tertip edilmiş, kendini düzenleyen sistemlerdir. Her bir reaksiyon, bir önceki reaksiyonun ürününü substrat olarak kullanan ve bu dönüşümü sadece belirli bir enzim aracılığıyla gerçekleştiren bir dizi adımdan oluşur. Reaksiyonlar, ürünlerin birikmesi durumunda yolağın başındaki enzimleri inhibe eden geri besleme mekanizmalarıyla anlık olarak kontrol edilir. Bu döngüsel ve düzenleyici yapı, hücrenin değişen enerji ve yapıtaşı ihtiyaçlarına anlık olarak ve israfa yer vermeden cevap verecek şekilde kurulmuştur. Böylesine karmaşık bir reaksiyon ağının, belirli bir amaca (enerji üretimi, biyosentez vb.) en verimli şekilde hizmet edecek şekilde tertip edilmiş olması, dikkat çekici bir gaye ve nizam sergilemektedir.

'''DNA Molekülündeki Bilgi ve Sanat:''' Biyokimyanın en derin bulgularından biri, DNA molekülünün yapısında ortaya çıkmıştır. Hammadde olarak bakıldığında DNA, sadece dört farklı kimyasal birimin (nükleotit) tekrar eden bir dizisinden ibarettir. Ancak bu basit kimyasal yapı, bir organizmanın gelişimi, işleyişi ve neslini devam ettirmesi için gerekli olan tüm bilgiyi barındıran, dijital bir kodlama sistemine ev sahipliği yapar. Milyarlarca harften oluşan bu bilgi, kimyasal olarak son derece kararlı, hatasız kopyalanabilen ve gerektiğinde okunup uygulanabilen kompakt bir formda paketlenmiştir. Bir kütüphaneyi tek bir ipliğe sığdırmaya benzeyen bu durum, sadece kimyasal bir olgu olmanın ötesinde, hem muazzam bir nizam (bilginin düzenli ve sistematik kodlanması) hem de derin bir sanat (basit unsurlardan karmaşık ve işlevsel bir bütünün inşası) boyutu taşımaktadır. Böylesine yoğun ve işlevsel bir bilginin, cansız atomların bir araya gelmesiyle ortaya çıkan bir molekülde bu şekilde muhafaza edilmesi, tefekküre davet eden bir durumdur.

<span id="indirgemeci-dilin-eleştirisi"></span>
=== '''2.2. İndirgemeci Dilin Eleştirisi''' ===

Bilimsel anlatımda, karmaşık süreçleri basitleştirmek amacıyla sıklıkla bir dilsel kısayola başvurulur. Bu dil, cansız varlıklara veya soyut süreçlere kasıtlı eylemler atfeder. Ancak bu ifade biçimi, belirtilen felsefi çerçeveden bakıldığında, nedenselliğin eksik anlaşılmasına ve failin yanlış yerde aranmasına yol açabilir.

'''Failin Yanlış Atfedilmesi:''' Popüler ve hatta akademik literatürde “DNA kendini kopyalamayı seçti,” “enzim, doğru substratı tanır ve ona bağlanır,” veya “doğal seçilim, daha uyumlu olan varyantı tercih etti” gibi ifadelere sıkça rastlanır. Bu ifadeler, bir süreci anlamayı kolaylaştıran metaforlar olsa da, doğru değildir. Bir DNA molekülünün veya bir enzimin “seçme”, “tanıma” veya “tercih etme” gibi bilinç ve irade gerektiren eylemleri gerçekleştirecek bir mekanizması yoktur. Bu moleküller, kendilerine tayin edilmiş olan fiziksel ve kimyasal kanunlar çerçevesinde, belirli etkileşimlere girerler. Örneğin, bir enzimin substratına bağlanması, moleküler şekillerin ve elektrostatik yüklerin bir anahtar-kilit uyumuna benzer şekilde birbirini tamamlamasıyla sonuçlanan bir süreçtir; bu bir “tercih” değil, bir “uygunluk” meselesidir. Bu tür bir dil kullanımı, faili mefule (özneyi nesneye) verir; yani asıl eylemi gerçekleştiren nihai gücü göz ardı ederek, eylemin aracı olan nesneye veya sürece fail olma özelliği atfeder.

'''Kanunların ve Süreçlerin Mahiyeti:''' Benzer bir durum, “doğa kanunu” gibi daha geniş kavramlar için de geçerlidir. “Yerçekimi kanunu elmaları düşürür” gibi ifadeler, bu kanun ve süreçleri birer fail gibi sunar. Oysa bir kanun, fail değil, bir işleyişin tarifidir. Yerçekimi kanunu, kütlelerin birbirini nasıl etkilediğine dair düzenli işleyişin matematiksel bir tanımıdır; elmayı düşüren bir “irade” değildir. Benzer şekilde, “doğal seçilim” gibi süreçler, belirli çevre koşullarında hangi özelliklere sahip bireylerin hayatta kalma ve üreme olasılığının daha yüksek olduğunu betimleyen bir modeldir; bu süreç, bilinçli bir “seçim” yapmaz. Bu dil, bir olguyu sadece isimlendirerek onu açıkladığı yanılgısına yol açabilir. “Kuşlar neden uçar?” sorusuna “içgüdü sayesinde” cevabını vermek, süreci açıklamaz, sadece ona bir isim takar. Asıl ve daha derin soru, bu kanunları kimin tesis ettiği, bu süreçleri hangi gücün işlettiği ve bu düzenli işleyişin kaynağının ne olduğudur. İndirgemeci dil, bu nihai nedensellik sorusunu gözden kaçırarak eksik bir açıklama çerçevesi sunar.

<span id="hammadde-ve-sanat-ayrımı-analizi"></span>
=== '''2.3. Hammadde ve Sanat Ayrımı Analizi''' ===

Biyokimyanın ortaya koyduğu canlılık tablosu, “hammadde” ile bu hammaddeden inşa edilen “sanat eseri” arasındaki derin farkı anlamak için zengin bir zemin sunar. Bu ayrım, canlılığın temel bileşenleri ile bu bileşenlerden meydana gelen yapıların sahip olduğu özellikler arasındaki niteliksel sıçramayı vurgular.

'''Temel Bileşenler ve Ortaya Çıkan Özellikler:''' Canlılığı oluşturan temel “hammadde”, periyodik tablodaki karbon, hidrojen, oksijen, azot gibi elementlerdir. Bu atomlar, tek başlarına incelendiğinde, canlılık, bilinç, görme, duyma veya bilgi işleme gibi özelliklere sahip değildir. Onlar, belirli fiziksel ve kimyasal özelliklere sahip cansız yapıtaşlarıdır.

Buna karşılık, bu basit hammaddelerden inşa edilen “sanat eserleri” –yani biyomoleküller ve hücresel yapılar– hammaddede bulunmayan, tamamen yeni ve üst düzey özellikler sergiler. Bu duruma birkaç örnek verilebilir:

* '''Enzimler:''' Bir enzimin hammaddesi, bir dizi amino asittir. Tek tek amino asitlerin hiçbiri, belirli bir kimyasal reaksiyonu milyonlarca kat hızlandırma (katalitik aktivite) yeteneğine sahip değildir. Ancak bu amino asitler, belirli bir üç boyutlu yapıda katlanıp bir araya getirildiğinde, “aktif bölge” adı verilen ve sadece belirli bir molekülü tanıyıp dönüştürebilen son derece spesifik bir işlevsellik ortaya çıkar.<br />
* '''DNA Molekülü:''' DNA’nın hammaddesi olan nükleotitler (şeker, fosfat ve baz), tek başlarına bilgi depolama kapasitesine sahip değildir. Ancak bu birimler, belirli bir sırada bir araya getirilerek çift sarmal yapısı içinde tertip edildiğinde, bir organizmanın bütün genetik planını taşıyan, kopyalanabilen ve okunabilen bir bilgi depolama sistemine dönüşür.<br />
* '''ATP Molekülü:''' ATP’yi oluşturan atomların (karbon, hidrojen, azot, oksijen, fosfor) hiçbirinde, “enerji para birimi” olma gibi bir özellik yoktur. Ancak bu atomlar, adenozin trifosfat molekülünü oluşturacak şekilde bir araya getirildiğinde, yüksek enerjili fosfat bağları sayesinde hücrenin her yerinde kullanılabilen evrensel bir enerji taşıyıcısı işlevi kazanır.

'''Cevaplanması Gereken Sorular:''' Bu hammadde ve sanat ayrımı, zihinde bazı temel soruların oluşmasına neden olur: Hammaddede zerresi bulunmayan bu yeni, karmaşık ve işlevsel özellikler, sanat eserine (molekül, hücre) nereden ve nasıl gelmiştir? Cansız ve belirli bir planı olmayan atomlar, kendilerinde mevcut olmayan bir amacı ve planı takip ederek, nasıl olup da yaşam gibi son derece karmaşık, bilgi-temelli ve işlevsel bir bütünü meydana getirecek şekilde tertip edilmiştir? Bir amino asit zincirinin, belirli bir işlevi yerine getirmek için tam olarak doğru üç boyutlu şekle katlanmasını sağlayan talimatlar nereden kaynaklanmaktadır? Bu hassas ve sanatlı tertibin kaynağı nedir? Biyokimyanın verileri, bu yapıların “nasıl” işlediğini büyük bir detayla açıklarken, bu sorular onların varlık nedenlerine ve kökenlerine dair daha derin bir tefekkür alanına işaret etmektedir.

<span id="sonuç"></span>
== '''Sonuç''' ==

Bu rapor, biyokimyanın bir bilim dalı olarak doğuşundan günümüzdeki teknolojik ufuklarına uzanan tarihsel seyrini ana hatlarıyla ortaya koymuştur. Bu tarihsel yolculuk, yaşamın en temel düzeyde tesadüfi ve yönsüz süreçlerin bir ürünü olmadığını, aksine son derece düzenli, bilgi-temelli, hassas bir şekilde kontrol edilen ve belirli amaçlara hizmet eden mekanizmalarla işlediğini gösteren delillerle dolu bir aydınlatma süreci olarak belirginleşmektedir.

Vitalizmin “yaşam gücü” gibi gizemli açıklamalarının yerini, Wöhler’in senteziyle başlayan ve Buchner’in hücresiz fermantasyonuyla kesinleşen kimyasal prensipler almıştır. Bu, yaşamın incelenebilir ve anlaşılabilir olduğunun ilanıdır. Ardından gelen metabolik yolların haritalanması, hücrenin kaotik bir reaksiyonlar yığını değil, Krebs döngüsü gibi verimli, döngüsel ve kendini düzenleyen sistemlerle işleyen bir “kimya fabrikası” olduğunu gözler önüne sermiştir. Nihayetinde, genetik materyalin DNA olduğunun anlaşılması ve çift sarmal yapısının aydınlatılması, bu fabrikanın tüm planlarının, dijital bir koda benzer şekilde, kimyasal bir molekül üzerine nasıl sanatlı bir şekilde yazıldığını ve nesiller boyu aktarıldığını ortaya koymuştur. Günümüzün “omiks” ve CRISPR gibi teknolojileri ise bu karmaşık sistemin sadece parçalarını değil, bütününü görme ve hatta onun kodunu düzenleme imkanı sunarak, bu nizamın ve karmaşıklığın derinliğini daha da gözler önüne sermektedir.

Bilimin görevi, bu mekanizmaların “nasıl” işlediğini betimlemektir. Biyokimya tarihi, bu “nasıl” sorusuna verilen cevapların ne kadar hayranlık uyandırıcı olduğunu göstermektedir. Ancak bu veriler, aynı zamanda daha derin bir soruyu da akla getirmektedir: Bu kadar hassas ayarlı, bilgi yüklü ve sanatlı bir sistem “neden” ve “kim tarafından” bu şekilde tertip edilmiştir? Sunulan deliller, yaşamın moleküler temelinde işleyen ilim, nizam ve sanatı açıkça göstermektedir. Bu deliller ışığında, bu muazzam sistemin ardındaki nihai Fail hakkında bir sonuca varmak, Kur’an-ı Kerim’in İnsan Suresi, 3. ayetinde belirtilen “Şüphesiz biz ona doğru yolu gösterdik; artık o isterse şükreden olur, isterse nankör” metoduna uygun olarak, her bireyin kendi aklına ve vicdanına bırakılmış bir tercihtir.

<span id="kaynakça"></span>
== '''Kaynakça''' ==

Avery, O. T., MacLeod, C. M., &amp; McCarty, M. (1944). Studies on the Chemical Nature of the Substance Inducing Transformation of Pneumococcal Types: Induction of Transformation by a Desoxyribonucleic Acid Fraction Isolated from Pneumococcus Type III. ''Journal of Experimental Medicine, 79''(2), 137–158.

Buchner, E. (1907). ''Cell-free fermentation''. Nobel Lecture. The Nobel Prize. https://www.nobelprize.org/uploads/2018/06/buchner-lecture.pdf

Hershey, A. D., &amp; Chase, M. (1952). Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage. ''The Journal of General Physiology, 36''(1), 39–56.

Jinek, M., Chylinski, K., Fonfara, I., Hauer, M., Doudna, J. A., &amp; Charpentier, E. (2012). A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. ''Science, 337''(6096), 816–821.

Krebs, H. A. (1970). The history of the tricarboxylic acid cycle. ''Perspectives in Biology and Medicine, 14''(1), 154-170.

Mishra, A. (2023). Tracing the evolution of biochemistry: a comprehensive exploration from its emergence to 21st-century advancements. ''International Journal of Research and Review, 10''(9), 584-590.

Payen, A., &amp; Persoz, J.-F. (1833). Mémoire sur la diastase, les principaux produits de ses réactions et leurs applications aux arts industriels [Memoir on diastase, the principal products of its reactions, and their applications to the industrial arts]. ''Annales de chimie et de physique, 2nd series, 53'', 73–92.

Uluslar, M. (2014). Serbest radikal biyokimyasının evrimi. ''İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi, 77''(2), 47-51.

Watson, J. D., &amp; Crick, F. H. C. (1953). Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid. ''Nature, 171''(4356), 737–738.

Wöhler, F. (1828). Ueber künstliche Bildung des Harnstoffs. ''Annalen der Physik und Chemie, 88''(2), 253-256.

<span id="alıntılanan-çalışmalar"></span>
==== '''Alıntılanan çalışmalar''' ====

# Biochemistry - History | Vassar College, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.vassar.edu/biochemistry/history<br />
# Biochemistry - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Biochemistry<br />
# A History of Biochemistry at Harvard - Cloudfront.net, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://dmg5c1valy4me.cloudfront.net/wp-content/uploads/2024/04/24174333/Guidotti-History-Excerpts46.pdf<br />
# BIOCHEMISTRY AT THE EARLY 20TH CENTURY: THE MAIN CONTRIBUTORS - ARCHIVES OF THE BALKAN MEDICAL UNION, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://umbalk.org/wp-content/uploads/2020/03/16.BIOCHEMISTRY-AT-THE-EARLY-20TH-CENTURY.pdf<br />
# History of Clinical Chemistry - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6208063/<br />
# History of biochemistry - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/History_of_biochemistry<br />
# Looking Back: A Short History of the Discovery of Enzymes and How They Became Powerful Chemical Tools, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7756376/<br />
# the-gist.org, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://the-gist.org/2021/02/the-curious-case-of-amylase/#:~:text=In%201815%2C%20the%20French%20chemist,1833%2C%20which%20he%20named%20diastase.<br />
# Eduard Büchner - MSU Chemistry, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.chemistry.msu.edu/faculty-research/portraits/buchner-eduard%20.aspx<br />
# Timeline for biochemistry: metabolism and bioenergetics - FutureLearn, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.futurelearn.com/info/courses/biochemistry/0/steps/15297<br />
# Biochemistry | Definition, History, Examples, Importance, &amp; Facts …, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.britannica.com/science/biochemistry<br />
# study.com, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://study.com/academy/lesson/oswald-avery-experiment-discovery-quiz.html#:~:text=In%201944%2C%20Avery%20joined%20Colin,responsible%20for%20carrying%20genetic%20information.<br />
# Avery–MacLeod–McCarty experiment - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Avery%E2%80%93MacLeod%E2%80%93McCarty_experiment<br />
# Avery, MacLeod and McCarty: The Experiment That Changed Everything - BioPathogenix, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://biopathogenix.com/avery-macleod-and-mccarty-the-experiment-that-changed-everything/<br />
# www.genome.gov, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.genome.gov/25520254/online-education-kit-1952-genes-are-made-of-dna#:~:text=Alfred%20Hershey%20and%20Martha%20Chase,more%20tentatively%20proposed%20in%201944.<br />
# 1952: Genes are Made of DNA - National Human Genome Research Institute, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.genome.gov/25520254/online-education-kit-1952-genes-are-made-of-dna<br />
# Hershey–Chase experiment - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Hershey%E2%80%93Chase_experiment<br />
# www.slideshare.net, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.slideshare.net/slideshow/important-events-in-the-field-of-biochemistry/188935568#:~:text=1953%20Discovery%20of%20double%20helical,for%20the%20development%20of%20antihistamines.<br />
# www.kcl.ac.uk, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.kcl.ac.uk/the-structure-of-dna-how-dr-rosalind-franklin-contributed-to-the-story-of-life-2#:~:text=The%20discovery%20of%20the%20structure,development%20of%20all%20living%20organisms.<br />
# What is Biochemistry? - Département de biochimie et médecine moléculaire, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://biochimie.umontreal.ca/en/department/what-is-biochemistry-2/<br />
# ADVANCES IN PROTEOMIC TECHNOLOGIES Martin L. Yarmush and Arul Jayaraman - FIUnix Faculty Sites, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://faculty.fiu.edu/~noriegaf/refereces%20Proteomics%20web%20page/advances%20in%20proteomic%20technology.pdf<br />
# Metabolomics: the apogee of the omic triology - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3682684/<br />
# Advances in CRISPR/Cas9 - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9525763/<br />
# Significant Milestones in Chemistry: A Timeline of Influential Chemists - ChemistryViews, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.chemistryviews.org/significant-milestones-in-chemistry-a-timeline-of-influential-chemists/<br />
# The malting and the mystery of diastases - Beer Studies, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://beer-studies.com/en/world-history/Brewery-scientific-age/Malting-diastases<br />
# Diastase - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Diastase<br />
# A program that pushes science forward, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://bondlsc.missouri.edu/2019/05/a-program-that-pushes-science-forward/<br />
# History of Biochemistry: Key Discoveries and Milestones Study Guide - Quizlet, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://quizlet.com/study-guides/history-of-biochemistry-key-discoveries-and-milestones-0917b054-d740-46a0-823c-ff8397dabbf3<br />
# Eduard Buchner - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Eduard_Buchner<br />
# Important events in the field of biochemistry | PPTX | Allergies - SlideShare, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.slideshare.net/slideshow/important-events-in-the-field-of-biochemistry/188935568<br />
# Edaurd Buchner - Nobel Lecture - Nobel Prize, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.nobelprize.org/uploads/2018/06/buchner-lecture.pdf<br />
# The Chemist Who Accidentally Solved Fermentation - YouTube, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.youtube.com/watch?v=TZqdDsRbBVk<br />
# Eduard Buchner Worksheets | Life, Career, Major Works, Legacy - KidsKonnect, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://kidskonnect.com/science/eduard-buchner/<br />
# Tracing the Evolution of Biochemistry: A Comprehensive Exploration from Its Emergence to 21st-Century Advancements, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.ijrrjournal.com/IJRR_Vol.10_Issue.9_Sep2023/IJRR61.pdf<br />
# 1944: DNA is \“Transforming Principle\” - National Human Genome Research Institute, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.genome.gov/25520250/online-education-kit-1944-dna-is-transforming-principle<br />
# Classic experiments: DNA as the genetic material (article) | Khan …, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material/dna-discovery-and-structure/a/classic-experiments-dna-as-the-genetic-material<br />
# From the discovery of DNA to current tools for DNA editing - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7961593/<br />
# Avery, MacLeod, and McCarty Determine That DNA Carries Hereditary Information - EBSCO, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.ebsco.com/research-starters/history/avery-macleod-and-mccarty-determine-dna-carries-hereditary-information<br />
# Evidence That Dna Is Genetic Material - MCAT Content - Jack Westin, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://jackwestin.com/resources/mcat-content/evidence-that-dna-is-genetic-material/evidence-that-dna-is-genetic-material<br />
# The Hershey-Chase Experiments (1952), by Alfred Hershey and …, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://embryo.asu.edu/pages/hershey-chase-experiments-1952-alfred-hershey-and-martha-chase<br />
# en.wikipedia.org, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Hershey%E2%80%93Chase_experiment#:~:text=In%20their%20experiments%2C%20Hershey%20and,DNA%20is%20the%20hereditary%20material.<br />
# From the archive: Rosalind Franklin’s famous Photo 51 - UKRI, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.ukri.org/blog/from-the-archive-rosalind-franklins-famous-photo-51/<br />
# Photo 51 - Wikipedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Photo_51<br />
# Deconstructing DNA Beyond the Helix | American Scientist, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.americanscientist.org/article/deconstructing-dna-beyond-the-helix<br />
# Photograph 51, by Rosalind Franklin (1952) | Embryo Project Encyclopedia, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://embryo.asu.edu/pages/photograph-51-rosalind-franklin-1952<br />
# Photograph 51 - Rosalind Franklin University, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.rosalindfranklin.edu/symposiums/wish/gender-bias/photograph-51/<br />
# Advances in Proteomics - News-Medical.net, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.news-medical.net/life-sciences/Advances-in-Proteomics.aspx<br />
# (PDF) Recent technical advances in proteomics - ResearchGate, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.researchgate.net/publication/332472595_Recent_technical_advances_in_proteomics<br />
# Proteomics approaches: A review regarding an importance of proteome analyses in understanding the pathogens and diseases - Frontiers, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://www.frontiersin.org/journals/veterinary-science/articles/10.3389/fvets.2022.1079359/full<br />
# Advances in the Clinical Application of High-throughput Proteomics - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11326426/<br />
# Proteomics and Its Current Application in Biomedical Area: Concise Review - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10894052/<br />
# Metabolomics | Springer Nature Experiments, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://experiments.springernature.com/articles/10.1007/978-1-4614-8794-4_30<br />
# Metabolomics: A Scoping Review of Its Role as a Tool for Disease Biomarker Discovery in Selected Non-Communicable Diseases - PMC, erişim tarihi Eylül 17, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8305588/