Prokaryotik ve Eukaryotik DNA'nın Yapısı sayfasının kaynağını görüntüle

<span id="genetik-bilginin-mimari-esasları-prokaryotik-ve-eukaryotik-dna-yapılarının-mukayeseli-analizi"></span>
= '''Genetik Bilginin Mimari Esasları: Prokaryotik ve Eukaryotik DNA Yapılarının Mukayeseli Analizi''' =

<span id="giriş"></span>
== '''Giriş''' ==

Canlılık, en temel seviyesinde, bir bilgi sisteminin hassas ve kesintisiz işleyişine dayanır. Bu sistemin merkezi arşivi, deoksiribonükleik asit ya da bilinen adıyla DNA molekülüdür. Hücrenin her bir faaliyetini, yapısını ve zamanlamasını yöneten talimatlar, bu molekülün nükleotid dizilerinde muhafaza edilir. Dolayısıyla, bu hayati bilginin saklandığı moleküler mimarinin incelenmesi, yaşamın temel prensiplerini anlamak için vazgeçilmez bir adımdır. Canlılar alemi, temel hücresel organizasyonlarına göre prokaryotlar ve eukaryotlar olmak üzere iki ana alana ayrılır ve bu ayrımın en temel tezahürlerinden biri, genetik materyallerinin yapılandırılma biçiminde gözlemlenir. Prokaryotik ve eukaryotik hücrelerdeki bu temel yapısal farklılıklar, yalnızca moleküler düzeyde birer detay olmanın çok ötesinde, her bir yaşam formunun benimsediği farklı varoluş stratejilerini yansıtan derin ve anlamlı sonuçlar doğurur.

Bu raporun amacı, yaşamın bu iki temel DNA mimarisini, en güncel bilimsel veriler ışığında mukayeseli bir şekilde analiz etmektir. Bu analiz, genomun genel topolojisini şekillendiren dairesel ve doğrusal kromozom yapıları, adaptif esneklik sağlayan kromozom dışı genetik elementler olan plazmidler ve genomun hem yapısal bütünlüğünde hem de işlevsel düzenlenmesinde rol oynayan tekrar eden diziler ve palindromik yapılar gibi temel özellikleri kapsayacaktır. Bilimsel verilerin detaylı bir şekilde sunulmasının ardından, bu veriler raporun temelini oluşturan felsefi çerçeve içerisinde, gözlemlenen hassas nizam, amaçlılık ve sanatlılık boyutlarıyla ele alınacaktır. Bu suretle, genetik bilginin muhafaza edildiği bu karmaşık ve sanatlı yapıların, sadece kimyasal bileşenlerin bir toplamı olmanın ötesinde, derin bir nizam ve gaye barındıran sistemler olduğu ortaya konulacaktır.

<span id="bilimsel-açıklama-ve-güncel-bulgular"></span>
== '''Bilimsel Açıklama ve Güncel Bulgular''' ==

<span id="bölüm-1-genomik-mimarinin-temel-farklılıkları-prokaryotik-ve-eukaryotik-dna"></span>
=== '''Bölüm 1: Genomik Mimarinin Temel Farklılıkları: Prokaryotik ve Eukaryotik DNA''' ===

Genetik bilginin depolandığı DNA molekülünün organizasyonu, canlılığın en temel iki alanını (prokaryotlar ve eukaryotlar) ayıran en belirgin özelliklerden biridir. Bu organizasyon, sadece kromozomların şekli ve sayısıyla sınırlı kalmayıp, bilginin nasıl paketlendiği, genlerin nasıl düzenlendiği ve nihayetinde bu bilginin nasıl ifade edildiği gibi temel süreçleri de derinden etkileyen çok katmanlı bir mimariyi ifade eder.

<span id="kromozomal-yapı-dairesel-ve-doğrusal-mimariler"></span>
==== '''1.1. Kromozomal Yapı: Dairesel ve Doğrusal Mimariler''' ====

Genomun temel iskeletini oluşturan kromozomların geometrisi, prokaryotik ve eukaryotik hücreler arasındaki en net ayrımlardan birini teşkil eder. Bu geometrik farklılık, replikasyon (kopyalama) ve gen ifadesi gibi hayati süreçlerin mekaniği üzerinde doğrudan etkilere sahiptir.

'''Prokaryotik DNA:''' Prokaryotik canlıların (bakteriler ve arkeler) genomu, büyük çoğunlukla tek ve dairesel bir kromozomdan meydana gelir.1 Bu dairesel DNA molekülü, eukaryotik hücrelerde olduğu gibi bir zarla çevrili çekirdek içinde değil, sitoplazma içerisinde “nükleoid” adı verilen, yoğunlaşmış ancak zarsız bir bölgede bulunur.2 Dairesel yapının en önemli kimyasal sonucu, molekülün serbest 5’ ve 3’ uçlarının bulunmamasıdır.4 Bu durum, DNA’nın kopyalanması sırasında uçların kısalması gibi bir probleme maruz kalmasını engeller ve replikasyon sürecinin kesintisiz bir döngü şeklinde ilerlemesine imkân tanır. Bu yapısal basitlik, prokaryotların hızlı üreme ve adaptasyon stratejileriyle uyumlu, verimli bir bilgi depolama modelidir.

'''Eukaryotik DNA:''' Eukaryotik canlıların (bitkiler, hayvanlar, mantarlar ve protistler) genomu ise, birden fazla ve doğrusal (lineer) kromozomdan oluşur.1 Bu kromozomlar, hücrenin kontrol merkezi olan ve çift katlı bir zarla çevrili çekirdek içerisinde özenle muhafaza edilir.1 Her bir doğrusal kromozomun, serbest 5’ ve 3’ hidroksil ve fosfat grupları içeren uçları bulunur.4 Bu uçlar, her replikasyon döngüsünde bir miktar kısalma eğilimindedir. Bu potansiyel bilgi kaybını önlemek ve kromozom bütünlüğünü korumak üzere, kromozom uçlarında “telomer” adı verilen, tekrar eden özel nükleotid dizilerinden oluşmuş koruyucu başlıklar yer alır.5 Bu karmaşık yapı, eukaryotik hücrelerin daha büyük genomları ve daha karmaşık gen düzenleme mekanizmalarıyla uyumlu bir mimari sunar.

'''İstisnalar ve Geçişler:''' Bu temel ayrımın yanı sıra, dikkat çekici bir istisna eukaryotik hücrelerin kendi içinde gözlemlenir. Eukaryotik hücrelerin sitoplazmasında bulunan ve enerji üretimi (mitokondri) ile fotosentezden (kloroplast) sorumlu olan organeller, tıpkı prokaryotlar gibi kendilerine ait küçük ve dairesel DNA molekülleri içerirler.4

<span id="genetik-bilginin-paketlenmesi-süper-sarmal-yapıdan-nükleozomlara"></span>
==== '''1.2. Genetik Bilginin Paketlenmesi: Süper-sarmal Yapıdan Nükleozomlara''' ====

DNA molekülünün uzunluğu, içinde bulunduğu hücrenin boyutlarıyla kıyaslandığında devasa ölçülerdedir. Örneğin, insan genomundaki DNA’nın toplam uzunluğu yaklaşık 2 metreyi bulurken, bu yapının sığması gereken hücre çekirdeğinin çapı yalnızca birkaç mikrometredir. Bu nedenle, DNA’nın mikroskobik bir hacme sığdırılması için son derece verimli ve düzenli paketleme sistemleri gereklidir.

'''Prokaryotik Paketleme:''' Prokaryotik hücrelerdeki dairesel DNA, hücre içine sığabilmek için “süper-sarmal” (supercoiling) adı verilen bir yöntemle yoğun bir şekilde katlanır ve bükülür.4 Bu süreç, DNA’nın kendi üzerine katlanarak burgulu bir yapı oluşturmasıdır ve DNA’nın topolojik yapısını değiştiren topoizomeraz gibi özel enzimler aracılığıyla hassas bir şekilde yönetilir. Bu kompakt yapı, nükleoid bölgesinde DNA’nın düzenli bir şekilde organize edilmesini sağlar.

'''Eukaryotik Paketleme:''' Eukaryotik DNA’nın çok daha büyük olması (örneğin, insan genomu yaklaşık 3.2 milyar baz çifti içerirken, ''E. coli'' bakterisinin genomu yaklaşık 4.6 milyon baz çiftidir) 4, çok daha karmaşık ve hiyerarşik bir paketleme sisteminin varlığını zorunlu kılar. Bu sistemin temel birimi “nükleozom”dur. DNA ipliği, “histon” adı verilen pozitif yüklü bir protein makarası etrafına yaklaşık 1.7 tur sarılarak bir nükleozom oluşturur.7 Bu nükleozomlar, bir tespihin taneleri gibi art arda dizilerek “kromatin” adı verilen ipliksi bir yapı meydana getirir. Kromatin ipliği daha sonra kendi üzerine katlanarak daha yoğun yapılar oluşturur ve hücre bölünmesi sırasında en yoğun hali olan kromozom şeklini alır.8 Bu paketleme sistemi, sadece DNA’yı fiziksel olarak sıkıştırmakla kalmaz, aynı zamanda gen ifadesinin düzenlenmesinde de merkezi bir rol oynar. Kromatinin sıkıca paketlendiği bölgeler (heterokromatin) genellikle genetik olarak pasifken, daha gevşek paketlendiği bölgeler (eukromatin) genlerin okunmasına (transkripsiyon) daha açıktır.8 Dolayısıyla, eukaryotik DNA paketlemesi, bilginin hem depolandığı hem de erişilebilirliğinin kontrol edildiği dinamik bir mekanizmadır.10

<span id="gen-organizasyonu-intron-ve-ekzonların-varlığı-ve-c-değeri-paradoksu"></span>
==== '''1.3. Gen Organizasyonu: İntron ve Ekzonların Varlığı ve “C-Değeri Paradoksu”''' ====

Genlerin kromozom üzerindeki dizilimi ve iç yapısı da prokaryotlar ve eukaryotlar arasında önemli farklılıklar gösterir.

'''Prokaryotik Genler:''' Prokaryotik genler genellikle kesintisiz bir yapıya sahiptir. Yani, bir proteini kodlayan genetik bilgi, baştan sona tek bir nükleotid dizisi olarak devam eder.1 Bu yapı, prokaryotik hücrelerin verimlilik odaklı yaşam stratejisiyle mükemmel bir uyum içindedir. DNA sitoplazmada serbest halde bulunduğu için, bir genin transkripsiyonu (RNA’ya kopyalanması) başlar başlamaz, ribozomlar oluşan mRNA molekülüne tutunarak translasyonu (protein sentezini) başlatabilir. Bu eş zamanlı transkripsiyon-translasyon süreci, çevresel değişikliklere çok hızlı bir şekilde yanıt verilmesini sağlar.1

'''Eukaryotik Genler ve C-Değeri Paradoksu:''' Eukaryotik genlerin büyük bir çoğunluğu ise “kesintili” veya “bölünmüş” (split) bir yapıya sahiptir. Proteini kodlayan anlamlı bölgeler olan “ekzonlar” (exons), “intron” (introns) adı verilen kodlamayan ara dizilerle kesintiye uğratılmıştır.13 Bir gen transkribe edildiğinde, hem ekzonlar hem de intronlar başlangıçta pre-mRNA adı verilen uzun bir RNA molekülüne kopyalanır. Daha sonra, “splicing” (uçbirleştirme) adı verilen karmaşık bir moleküler mekanizma ile intronlar kesilip çıkarılır ve ekzonlar birleştirilerek olgun mRNA molekülü oluşturulur.13

İntronların varlığı, eukaryotik genomların devasa boyutlara ulaşmasının ana nedenlerinden biridir. Bu durum, “C-değeri paradoksu” olarak bilinen olguyu açıklar. C-değeri, bir organizmanın haploid genomundaki DNA miktarını ifade eder. Mantıksal olarak, daha karmaşık organizmaların daha fazla gene ve dolayısıyla daha büyük bir genoma sahip olması beklenir. Ancak, genom büyüklüğü ile organizmanın biyolojik karmaşıklığı arasında beklenen bu doğrusal ilişki gözlemlenmemektedir.13 Örneğin, bazı semender ve zambak türlerinin genomları, insan genomundan on kat daha fazla DNA içerir, ancak bu organizmaların insandan on kat daha karmaşık olmadığı açıktır.13 Bu paradoksun çözümü, genom büyüklüğündeki farkın büyük ölçüde gen sayısından değil, protein kodlamayan DNA miktarının (intronlar, tekrar eden diziler, psödogenler vb.) bolluğundan kaynaklandığının anlaşılmasıyla gelmiştir.13 İntronlar, ortalama olarak, yüksek yapılı eukaryotların genlerindeki ekzonlardan yaklaşık on kat daha fazla DNA’yı oluşturur.13

Bu mimari farklılıklar, sadece yapısal özellikler olmanın ötesinde, her bir canlı grubunun yaşam stratejilerinin moleküler bir yansımasıdır. Prokaryotların dairesel, intronsuz ve sitoplazmik genomu, hızlı üreme ve çevresel sinyallere anında yanıt verme üzerine kurulu bir verimlilik modelini temsil eder. Buna karşılık, eukaryotların doğrusal, intronlu ve çekirdeğe hapsedilmiş genomu, çok hücreli yaşamın gerektirdiği karmaşık gen düzenlemesi, hücresel farklılaşma ve gelişimsel programlar için gerekli olan çok katmanlı bir kontrol mekanizması sunar. İntronların varlığı ve alternatif splicing mekanizmaları, tek bir genden çok sayıda farklı protein varyantının üretilmesine olanak tanıyarak, genetik bilginin kullanım verimliliğini ve potansiyelini artırır.14 Dolayısıyla, DNA’nın mimarisi, o canlının hücresel ve organizma düzeyindeki “işletim sisteminin” temelini oluşturur; yapı, işlevden ayrı düşünülemez, bilakis işlevin gerçekleşmesi için hassas bir şekilde tertip edilmiş bir zemindir.

Aşağıdaki tablo, bu temel farklılıkları özetlemektedir:

'''Tablo 1: Prokaryotik ve Eukaryotik Genomların Yapısal ve İşlevsel Özelliklerinin Karşılaştırması'''

{| class="wikitable"
|-
! style="text-align: left;"| Özellik
! style="text-align: left;"| Prokaryotlar
! style="text-align: left;"| Eukaryotlar
|-
| style="text-align: left;"| '''Kromozom Yapısı'''
| style="text-align: left;"| Genellikle tek, dairesel
| style="text-align: left;"| Birden çok, doğrusal
|-
| style="text-align: left;"| '''Konum'''
| style="text-align: left;"| Sitoplazmadaki nükleoid bölgesi
| style="text-align: left;"| Zarla çevrili çekirdek
|-
| style="text-align: left;"| '''Paketleme'''
| style="text-align: left;"| Süper-sarmal yapı (supercoiling)
| style="text-align: left;"| Histon proteinleri etrafına sarılarak nükleozom ve kromatin yapısı
|-
| style="text-align: left;"| '''Gen Organizasyonu'''
| style="text-align: left;"| Kesintisiz (intronsuz)
| style="text-align: left;"| Kesintili (intron ve ekzonlar)
|-
| style="text-align: left;"| '''Kromozom Dışı DNA'''
| style="text-align: left;"| Yaygın olarak plazmidler bulunur
| style="text-align: left;"| Mitokondri ve kloroplastlarda dairesel DNA bulunur
|-
| style="text-align: left;"| '''Ort. Genom Büyüklüğü'''
| style="text-align: left;"| Genellikle daha küçük (örn. 1-10 Mbp)
| style="text-align: left;"| Genellikle daha büyük (örn. 10 Mbp - 100+ Gbp)
|-
| style="text-align: left;"| '''Replikasyon Orijini'''
| style="text-align: left;"| Genellikle tek
| style="text-align: left;"| Çok sayıda
|}

<span id="bölüm-2-plazmidler-kromozom-dışı-genetik-elementler"></span>
=== '''Bölüm 2: Plazmidler: Kromozom Dışı Genetik Elementler''' ===

Prokaryotik genomların mimarisinde, ana kromozomun yanı sıra “plazmid” adı verilen daha küçük, bağımsız genetik birimler de önemli bir rol oynar. Bu yapılar, hücrenin temel yaşam fonksiyonları için zorunlu olmasalar da, ona olağanüstü bir adaptasyon yeteneği ve genetik esneklik kazandıran modüler bilgi paketleri olarak işlev görürler.

<span id="yapısal-özellikler-ve-replikasyon-mekanizmaları"></span>
==== '''2.1. Yapısal Özellikler ve Replikasyon Mekanizmaları''' ====

Plazmidler, en temel tanımıyla, konakçı hücre kromozomundan bağımsız bir şekilde kendi kendini kopyalayabilen (replike olabilen), kromozom dışı (ekstrakromozomal) DNA molekülleridir.6 Genellikle bakterilerde bulunmakla birlikte, bazı tek hücreli eukaryotlarda da (örneğin maya) rastlanabilirler.17 Yapısal olarak plazmidlerin büyük çoğunluğu, ana prokaryotik kromozom gibi çift sarmallı ve dairesel (sirküler) bir geometriye sahiptir, ancak doğrusal (lineer) plazmidler de tanımlanmıştır.6 Boyutları oldukça değişkendir; birkaç bin baz çiftinden (1 kbp) bir milyon baz çiftini (1000 kbp) aşan megaplazmidlere kadar geniş bir yelpazede bulunabilirler.6

Hücre içinde, plazmidler de tıpkı kromozomal DNA gibi, daha kompakt bir form kazanmak için süper-sarmal bir yapıya katlanırlar.6 Bu yapı, onların hücre içindeki sınırlı hacimde verimli bir şekilde var olmalarını sağlar.

Plazmidlerin en ayırt edici özelliği, kendi replikasyonlarını yönetebilmeleridir. Bu süreç, konakçı hücrenin replikasyon enzimlerini kullanır, ancak replikasyonun ne zaman başlayacağı ve hücre içinde kaç kopyasının bulunacağı (kopya sayısı), plazmidin kendi üzerinde taşıdığı genler ile hassas bir şekilde kontrol edilir.6 Kopya sayısı, plazmid türüne göre büyük farklılıklar gösterebilir; bazı plazmidler hücre başına sadece birkaç kopya halinde bulunurken, bazıları yüzlerce kopya üretebilir.6 Plazmidlerin replikasyonu için iki temel mekanizma tanımlanmıştır:

# '''Teta (θ) Modeli:''' Genellikle Gram-negatif bakterilerdeki plazmidlerde gözlemlenen bu mekanizma, kromozomal DNA replikasyonuna benzer. Replikasyon, belirli bir başlangıç noktasından (orijin) başlar ve genellikle iki yönde ilerleyerek Yunan harfi teta’ya (θ) benzeyen bir ara yapı oluşturur.6<br />
# '''Dönen Daire (Rolling Circle) Modeli:''' Genellikle Gram-pozitif bakterilerdeki plazmidlerde görülen bu mekanizmada, DNA’nın bir ipliği kesilir ve serbest kalan uç, diğer ipliği kalıp olarak kullanarak yeni bir iplik sentezlemeye başlar. Bu sırada eski iplik yerinden ayrılarak dairesel bir yapı oluşturur. Bu model, tek iplikli bir ara formun oluşmasıyla karakterizedir.6

<span id="işlevsel-katkılar-adaptasyon-ve-genetik-çeşitlilik"></span>
==== '''2.2. İşlevsel Katkılar: Adaptasyon ve Genetik Çeşitlilik''' ====

Plazmidler, konakçı hücrenin temel hayati fonksiyonlarını (örneğin, temel metabolizma, hücre bölünmesi) kodlayan genleri genellikle taşımazlar. Bu nedenle, bir bakteri plazmidini kaybettiğinde çoğunlukla yaşamaya devam eder.6 Ancak plazmidler, bakteriye belirli çevre koşullarında hayatta kalma avantajı sağlayan çok önemli ek genetik bilgiler sunar.19 Bu özellikleriyle plazmidler, bakteriyel adaptasyonun en önemli motorlarından biri olarak kabul edilir. Plazmidlerin sağladığı işlevsel katkılar, taşıdıkları genlere göre sınıflandırılabilir:

* '''Rezistans (R) Plazmidleri:''' Antibiyotiklere, ağır metallere veya diğer zehirli maddelere karşı direnç sağlayan genleri taşırlar. Tıbbi açıdan en çok bilinen plazmid türü budur ve antibiyotik direncinin bakteriyel popülasyonlar arasında hızla yayılmasından sorumludurlar.17<br />
* '''Virülans Plazmidleri:''' Bakterinin konakçı organizmada hastalık yapma yeteneğini (patojenite) artıran genleri içerirler. Örneğin, toksin üretimi veya konakçı savunma mekanizmalarından kaçmayı sağlayan proteinleri kodlayabilirler.17<br />
* '''Col Plazmidleri:''' “Kolisin” gibi, kendileriyle akraba olan diğer bakterileri öldüren proteinleri (bakteriyosinler) kodlayan genler taşırlar. Bu, plazmidi taşıyan bakteriye rekabet avantajı sağlar.17<br />
* '''Yıkıcı (Degradative) Plazmidler:''' Tolüen veya salisilik asit gibi normalde hücre tarafından kullanılamayan sıra dışı organik bileşikleri parçalayarak enerji kaynağı olarak kullanılmasını sağlayan metabolik yolları kodlarlar.17<br />
* '''Fertilite (F) Plazmidleri:''' “Konjugasyon” adı verilen bir süreçle, plazmidin bir bakteriden diğerine doğrudan aktarılmasını sağlayan genleri (tra-genleri) içerirler.17

Plazmidlerin en dikkat çekici yönü, bu genetik bilgiyi sadece dikey olarak (ana hücreden yavru hücrelere) değil, aynı zamanda yatay olarak da (aynı veya farklı türden diğer bakterilere) aktarabilmeleridir.19 Konjugasyon gibi yatay gen transferi mekanizmaları sayesinde, bir bakteride bulunan avantajlı bir özellik (örneğin, yeni bir antibiyotiğe karşı direnç) tüm popülasyona hızla yayılabilir. Bu durum, plazmidleri, genomun statik yapısına dinamizm katan, modüler ve paylaşılabilir birer donanım olarak konumlandırır. Ana kromozom, bir bilgisayarın temel işletim sistemi gibi hayati fonksiyonları barındırırken, plazmidler belirli bir görevi yerine getirmek üzere tasarlanmış özel yazılımlar veya takılıp çıkarılabilen harici aygıtlar (USB bellekler) gibidir. Bu “modüllerin” varlığı, genomu gereksiz yükten arındırırken, değişen ve zorlu çevre koşullarına karşı muazzam bir adaptif esneklik kazandırır. Yatay gen transferi ise bu “yazılımların” bir ağ üzerinden diğer “bilgisayarlarla” paylaşılmasına benzer; bu, tek bir bireyde ortaya çıkan bir çözümün tüm topluluğa hızla yayılmasını sağlayan son derece verimli bir bilgi dağıtım sistemidir.

<span id="bölüm-3-genomun-tekrar-eden-dizileri-yapısal-ve-düzenleyici-roller"></span>
=== '''Bölüm 3: Genomun Tekrar Eden Dizileri: Yapısal ve Düzenleyici Roller''' ===

Eukaryotik genomların yapısı incelendiğinde, protein kodlayan genlerin genomun şaşırtıcı derecede küçük bir kısmını oluşturduğu görülür. Genomun geri kalan büyük bir bölümü, “tekrar eden DNA dizileri” olarak adlandırılan ve çok sayıda kopyası bulunan nükleotid dizilerinden meydana gelir. Geçmişte bu bölgelerin bir işlevi olmadığı düşünülerek “çöp DNA” (junk DNA) olarak adlandırılmış olsalar da, son yirmi yılda yapılan araştırmalar, bu dizilerin genomun hem yapısal organizasyonunda hem de gen ifadesinin hassas bir şekilde düzenlenmesinde kritik roller üstlendiğini ortaya koymuştur.

<span id="tekrar-eden-dizi-türleri-ve-işlevleri"></span>
==== '''3.1. Tekrar Eden Dizi Türleri ve İşlevleri''' ====

Tekrar eden DNA dizileri, genomun türüne bağlı olarak %20 ila %90’ını oluşturabilir.22 Bu diziler, genomdaki dağılımlarına göre iki ana kategoriye ayrılır:

# '''Ardışık Tekrarlar (Tandem Repeats):''' Bu diziler, genomun belirli bölgelerinde art arda, baş-kuyruk şeklinde tekrarlanan kısa nükleotid bloklarından oluşur. Tekrar eden birimin uzunluğuna göre mikrosatelitler (1-6 baz çifti tekrarı) ve minisatelitler gibi alt gruplara ayrılırlar.24 Bu bölgeler, kromozomların yapısal bütünlüğü için önemli olan sentromer ve telomer gibi bölgelerde yoğunlaşmıştır. Ayrıca, bireyler arasında tekrar sayılarının yüksek oranda değişkenlik göstermesi, onları genetik parmak izi ve soy analizleri için değerli moleküler belirteçler haline getirir.<br />
# '''Dağınık Tekrarlar (Interspersed Repeats):''' Bu diziler, ardışık bloklar halinde değil, genomun farklı bölgelerine dağılmış olarak bulunurlar. Çoğunlukla “transpozon” veya “hareketli genetik elementler” olarak bilinen ve genom içinde yer değiştirme yeteneğine sahip dizilerden türemişlerdir.22 Kendi kopyalarını oluşturup genomun başka yerlerine ekleyebilen bu elementler, iki ana sınıfa ayrılır:
#* '''LINE’lar (Long Interspersed Nuclear Elements):''' Uzun, genellikle kendi yer değiştirmeleri için gerekli enzimleri kodlayan otonom elementlerdir.<br />
#* '''SINE’ler (Short Interspersed Nuclear Elements):''' Kısa, kendi başlarına hareket edemeyen ve yer değiştirmek için LINE’ların enzimatik mekanizmalarını kullanan otonom olmayan elementlerdir.26

Tarihsel olarak bu geniş kodlamayan bölgelerin işlevsiz olduğu varsayımı, genomu sadece protein üreten bir fabrika olarak gören indirgemeci bir bakış açısını yansıtıyordu.24 Ancak güncel bilimsel kanıtlar, bu tekrar eden dizilerin genomun üç boyutlu mimarisinin oluşturulmasında, kromatin yapısının düzenlenmesinde, gen ifadesinin kontrolünde temel roller oynadığını göstermektedir.22 Bu diziler, genomun işleyişi için gerekli olan yapısal iskeleti ve düzenleyici dilbilgisini oluştururlar.

<span id="güncel-bulgular-alu-dizilerinin-dinamik-rolü"></span>
==== '''3.2. Güncel Bulgular: ''Alu'' Dizilerinin Dinamik Rolü''' ====

Dağınık tekrar eden dizilerin işlevini anlamak için en iyi incelenmiş örneklerden biri, insan genomundaki en yaygın SINE olan ''Alu'' dizileridir. Yaklaşık 300 baz çifti uzunluğundaki bu elementin insan genomunda bir milyondan fazla kopyası bulunur ve genomun yaklaşık %11’ini oluşturur.15 Başlangıçta işlevsiz olduğu düşünülen

''Alu'' dizilerinin, gen ifadesini birçok farklı ve dinamik yolla modüle ettiği artık bilinmektedir:

* '''Alternatif Splicing ve Ekzonizasyon:''' Bir ''Alu'' elementi bir genin intron bölgesine yerleştiğinde, potansiyel splicing bölgeleri içerdiği için splicing mekanizması tarafından bir ekzon olarak tanınabilir. Bu süreç “''Alu'' ekzonizasyonu” olarak adlandırılır ve orijinal genden farklı bir proteinin üretilmesine yol açar. Bu, genomun yeni protein çeşitliliği üretmesi için hızlı bir mekanizma sunar.14<br />
* '''RNA Editleme (Editing):''' ''Alu'' dizileri, RNA molekülü üzerinde katlanarak çift sarmallı yapılar oluşturma eğilimindedir. Bu yapılar, ADAR enzimleri için bir hedef haline gelir ve bu enzimler adenozin nükleotidini inosine dönüştürür. Bu “A-dan-I’ya editleme” süreci, mRNA’nın kodlama potansiyelini veya diğer RNA’larla etkileşimini değiştirebilir.14<br />
* '''Translasyon Düzenlemesi:''' Stres koşulları altında (örneğin viral enfeksiyon), ''Alu'' dizilerinden kopyalanan RNA’ların (Alu RNA’ları) hücre içindeki miktarı artar. Bu RNA’ların, protein sentezinin genel hızını düzenleyerek hücrenin strese yanıt vermesine yardımcı olduğu düşünülmektedir.14<br />
* '''Genomik Kararsızlık Kaynağı:''' ''Alu'' dizilerinin bu işlevsel rollerinin yanı sıra, genom için bir risk unsuru da oluşturdukları görülmektedir. Genomda çok sayıda ve yüksek derecede benzer kopyalarının bulunması, hücre bölünmesi sırasında kromozomların yanlış eşleşmesine zemin hazırlayabilir. İki farklı konumdaki ''Alu'' dizisi arasında gerçekleşen “allel olmayan homolog rekombinasyon”, aradaki genetik materyalin silinmesine (delesyon) veya kopyalanmasına (duplikasyon) yol açabilir. Bu tür yeniden düzenlemeler, birçok genetik hastalığın temel nedenidir.15

Bu bulgular, genomun statik bir kodlar bütünü olmadığını, aksine sürekli olarak yeniden düzenlenen, yorumlanan ve yeni anlamlar üreten dinamik bir metin olduğunu göstermektedir. ''Alu'' gibi tekrar eden elementler, bu metnin sadece kelimelerini (genleri) değil, aynı zamanda dilbilgisini (genlerin nasıl ve ne zaman okunacağını belirleyen kuralları) de oluşturur. Bir genin içine veya yakınına yerleştiklerinde, o genin “okunma” şeklini değiştirirler: alternatif splicing yoluyla cümlenin (mRNA) yapısını, RNA editleme ile kelimelerin (kodonlar) anlamını ve translasyon regülasyonu ile cümlenin ne zaman ve ne kadar sesli okunacağını (protein sentezi) etkilerler. Bu elementlerin genom içinde hareket edebilmesi, bu “dilbilgisel” kuralların zamanla değişebileceği ve yeni genetik “ifadelerin” ortaya çıkmasına zemin hazırlayabileceği anlamına gelir. Dolayısıyla genom, hem bilginin kendisini hem de o bilginin nasıl yorumlanacağına dair esnek bir mekanizmayı bir arada barındıran çok katmanlı bir bilgi sistemidir.

<span id="bölüm-4-palindromik-diziler-düzenleme-ve-kararsızlık-arasındaki-denge"></span>
=== '''Bölüm 4: Palindromik Diziler: Düzenleme ve Kararsızlık Arasındaki Denge''' ===

Genomik metnin içinde, hem işlevsel öneme sahip hem de potansiyel bir kararsızlık kaynağı olan özel bir sözdizimsel yapı bulunur: palindromik diziler. Bu dizeler, dilimizdeki “kabak” veya “ey edip adanada pide ye” gibi tersten okunduğunda da aynı olan kelime veya cümlelere benzer bir simetri sergilerler. Bu özel mimari, onlara hayati biyolojik roller yüklerken, aynı zamanda genomun bütünlüğü için bir risk oluşturmalarına neden olur.

<span id="palindromların-tanımı-ve-biyolojik-önemi"></span>
==== '''4.1. Palindromların Tanımı ve Biyolojik Önemi''' ====

Moleküler biyolojide bir palindromik dizi, çift sarmallı DNA’nın bir ipliğindeki nükleotid dizisinin 5’ ucundan 3’ ucuna doğru okunuşunun, tamamlayıcı iplikteki dizinin yine 5’ ucundan 3’ ucuna doğru okunuşuyla aynı olması durumudur.30 Örneğin, 5’-GAATTC-3’ dizisi bir palindromdur, çünkü tamamlayıcı ipliği 3’-CTTAAG-5’ şeklindedir ve bu iplik tersten (5’ yönünden) okunduğunda yine 5’-GAATTC-3’ olur.

Bu ters tekrar (inverted repeat) simetrisi, palindromik dizileri birçok protein için ideal tanıma ve bağlanma bölgeleri haline getirir. Özellikle, iki özdeş alt birimden oluşan “homodimerik” proteinler, palindromun simetrik yapısına mükemmel bir şekilde oturabilir. Bu özelliğin en bilinen örneği, genetik mühendisliğinde DNA’yı belirli noktalardan kesmek için kullanılan “restriksiyon enzimleri”dir.31 Bu enzimlerin her biri, spesifik bir palindromik diziyi tanır ve keser. Bunun ötesinde, palindromik dizeler, gen ifadesini düzenleyen transkripsiyon faktörlerinin bağlanma bölgeleri, DNA replikasyonunun başlangıç noktaları (orijinler) ve diğer birçok düzenleyici sekansta kilit rol oynar.33

<span id="ikincil-yapı-oluşumu-saç-tokası-hairpin-ve-haç-cruciform-yapıları"></span>
==== '''4.2. İkincil Yapı Oluşumu: Saç Tokası (Hairpin) ve Haç (Cruciform) Yapıları''' ====

Palindromik dizilerin bu simetrik yapısı, onlara doğrusal çift sarmal formunun ötesinde alternatif üç boyutlu yapılar oluşturma potansiyeli kazandırır. Bir palindromik bölgedeki DNA iplikleri birbirinden ayrıldığında, her bir iplik kendi üzerine katlanarak, iplik içi baz eşleşmesi (intrastrand base pairing) yoluyla komplementer bölgeleriyle hidrojen bağları kurabilir.35

* Tek bir DNA ipliği kendi üzerine katlandığında, “saç tokası” (hairpin) adı verilen bir yapı oluşur. Bu yapı, baz eşleşmesi yapmış bir saptan (stem) ve eşleşmemiş nükleotidlerden oluşan bir halkadan (loop) meydana gelir.35<br />
* Çift sarmallı DNA’da her iki iplik de aynı anda kendi üzerine katlanırsa, “haç” (cruciform) adı verilen dört kollu bir yapı ortaya çıkar.33

Bu ikincil yapıların oluşumu, rastgele bir olay değildir. DNA’nın replikasyon veya transkripsiyon sırasında bükülmesiyle ortaya çıkan topolojik gerilim (negatif süper-sarmal), bu gerilimi azaltmanın bir yolu olarak haç yapılarının oluşumunu tetikleyebilir.35 Bu yapılar, bir kez oluştuklarında, DNA üzerinde ilerleyen polimeraz gibi enzimatik makineler için birer engel teşkil edebilirler.

<span id="güncel-araştırmalar-palindromların-genomik-kararsızlık-ve-hastalıklardaki-rolü"></span>
==== '''4.3. Güncel Araştırmalar: Palindromların Genomik Kararsızlık ve Hastalıklardaki Rolü''' ====

Palindromların bu ikili doğası, modern genetik araştırmalarının merkezinde yer almaktadır: Onlar hem zorunlu biyolojik işlevleri yerine getiren hassas düzenleyici bölgelerdir hem de genomun en kırılgan noktaları (fragile sites) arasında sayılırlar.33 Bu kırılganlık, tam da onlara işlevsellik kazandıran ikincil yapı oluşturma potansiyellerinden kaynaklanır.

DNA replikasyonu sırasında, replikasyon çatalı bir palindromik diziye ulaştığında, özellikle geciken iplikte (lagging strand) oluşan tek iplikli DNA’nın bir saç tokası yapısı oluşturması, replikasyon makinesinin ilerlemesini durdurabilir. Bu durum “replikasyon çatalının durması” (replication stalling) olarak bilinir.33 Durmuş bir replikasyon çatalı, son derece kararsız bir yapıdır ve kolayca “çökerek” DNA’da çift iplikli bir kırığa (Double-Strand Break - DSB) yol açabilir.33

Çift iplikli kırıklar, hücre için en tehlikeli DNA hasarı türlerinden biridir. Hücre, bu kırıkları onarmak için karmaşık tamir mekanizmalarına sahip olsa da, bu onarım süreçleri her zaman hatasız işlemez. Özellikle genomda çok sayıda tekrar eden dizi (Alu elementleri gibi) bulunduğunda, kırık uçları yanlış bir kromozomal konuma bağlanabilir. Bu hatalı onarımlar, kanser ve diğer birçok genetik hastalıkta gözlemlenen büyük ölçekli genomik yeniden düzenlemelere neden olur. Bu düzenlemeler arasında kromozom parçalarının yer değiştirmesi (translokasyon), genetik materyal kaybı (delesyon) veya belirli genlerin sayısının anormal şekilde artması (gen amplifikasyonu) bulunur.33

Bu durum, işlevsellik ve kırılganlığın, palindromik mimarinin birbirinden ayrılamaz iki zorunlu sonucu olduğunu göstermektedir. Bir palindromu işlevsel kılan (örneğin bir protein tarafından tanınmasını sağlayan) simetrik, ters tekrar yapısı, onu aynı zamanda riskli kılan (termodinamik olarak kararlı ikincil yapılar oluşturma potansiyeli) özelliğin ta kendisidir. Bu bir tasarım hatasından ziyade, bir “yapısal ödünleşim” (structural trade-off) olarak görülebilir. Bu durumun kaçınılmaz bir sonucu olarak, hücrelerin bu “riskli ama gerekli” yapıları yönetmek üzere özel mekanizmalarla donatılmış olması dikkat çekicidir. Replikasyon çatalını durduran saç tokalarını çözebilen helikazlar ve haç yapılarını tanıyıp kesebilen özel nükleazlar gibi sistemlerin varlığı, bu hassas dengeyi korumak üzere kurulmuş karmaşık bir kontrol ve denetim mekanizmasının varlığına işaret eder.33 Genom, sadece bilgiyi depolamakla kalmaz, aynı zamanda kendi yapısından kaynaklanan potansiyel tehlikeleri yöneten sistemleri de bünyesinde barındırır.

<span id="kavramsal-analiz"></span>
== '''Kavramsal Analiz''' ==

<span id="bölüm-5-nizam-gaye-ve-sanat-analizi"></span>
=== '''Bölüm 5: Nizam, Gaye ve Sanat Analizi''' ===

Sunulan bilimsel veriler, prokaryotik ve eukaryotik DNA’nın yapısının, rastgele bir araya gelmiş moleküller topluluğundan çok daha fazlası olduğunu, aksine her bir parçasının belirli bir gaye doğrultusunda hassas bir nizam ve sanatla tertip edildiği birer sistem olduğunu göstermektedir. Eukaryotik DNA’nın histon proteinleri etrafında hiyerarşik olarak paketlenmesi, bu durumun en çarpıcı örneklerinden biridir. Milyarlarca nükleotidden oluşan devasa bir bilgi kütüphanesinin, mikroskobik bir hacme hem hatasızca sığdırılması hem de bu kütüphanedeki on binlerce “kitaptan” (genden) herhangi birine ihtiyaç anında hızla ve doğru bir şekilde erişilebilmesi, olağanüstü bir bilgi yönetimi ve depolama sanatıdır. Kromatinin yoğunluk derecesinin dinamik olarak değiştirilmesiyle, hangi genlerin okunup hangilerinin sessiz kalacağının kontrol edilmesi, bu mimarinin sadece statik bir depolama birimi değil, aynı zamanda canlı ve işlevsel bir düzenleme mekanizması olduğunu ortaya koyar. Bu, trilyonlarca harften oluşan bir metnin, hem kendi üzerine katlanarak bir iğne ucuna sığdırılması hem de her bir cümlesinin gerektiğinde okunabilir kalmasını sağlayan sanatlı bir tertiptir.

Benzer şekilde, prokaryotik hücrelerdeki plazmidlerin varlığı, açık bir gaye ve amaca işaret eder. Ana kromozomun temel hayati fonksiyonları sürdürmek üzere optimize edilmiş sabit yapısına karşın, plazmidler adeta “tak-çıkar” modüller gibi işlev görür. Bu modüler yapı, canlıya değişen ve genellikle düşmanca olan çevre koşullarına (örneğin, bir antibiyotiğin varlığı veya yeni bir besin kaynağının ortaya çıkması) karşı olağanüstü bir uyum sağlama esnekliği kazandırır. Plazmidlerin yatay gen transferi yoluyla popülasyon içinde paylaşılabilmesi, bu sistemin bireysel bir çözümden ziyade, kolektif bir hayatta kalma stratejisi olarak ne kadar amaçlı bir şekilde düzenlendiğini gösterir. Bu, her bir askerin temel teçhizatının yanı sıra, görevin gerektirdiği özel donanımları (gece görüş dürbünü, mayın dedektörü vb.) anında temin edip diğer askerlerle paylaşabildiği bir orduya benzer. Böylesine esnek ve verimli bir sistemin kurulmuş olması, ardında bir gaye ve nizamın varlığını düşündürür.

<span id="bölüm-6-indirgemeci-yaklaşımların-eleştirisi"></span>
=== '''Bölüm 6: İndirgemeci Yaklaşımların Eleştirisi''' ===

Bilimsel literatürde bir dönem yaygın olarak kullanılan “çöp DNA” (junk DNA) veya “bencil DNA” (selfish DNA) gibi kavramlar, genomun işleyişine dair indirgemeci bir bakış açısının ürünleridir.24 Bu yaklaşımlar, genomun değerini yalnızca protein kodlayan genlerin varlığıyla ölçer ve genomun geri kalan devasa kısmını işlevsiz, anlamsız veya sadece kendi varlığını sürdürmeye çalışan parazitik unsurlar olarak görür. Ancak, tekrar eden dizilerin (Alu elementleri gibi) genomun üç boyutlu mimarisini oluşturmada, gen ifadesini düzenlemede ne kadar kritik roller üstlendiğinin anlaşılması, bu indirgemeci bakış açısının ne denli yetersiz olduğunu ortaya koymuştur. Bu tür isimlendirmeler, bir olguyu açıklamak yerine, onu sadece olumsuz bir etiketle isimlendirerek anlama çabasını sonlandıran birer “kısayol” işlevi görür. Bu dil, genomun bütüncül, entegre ve her bir parçasının bir diğeriyle ilişkili olduğu karmaşık bir sistem olduğu gerçeğini perdeleyerek, onun sanatlı ve nizamlı işleyişini anlamada bir engel teşkil eder.

Benzer şekilde, genomik kararsızlığa yol açan süreçleri tanımlarken kullanılan “replikasyon hatası” veya “tamir hatası” gibi ifadeler, dikkatli kullanılmadığında yanıltıcı olabilir. Bu ifadeler, sanki süreçlerin kendisi bir iradeyle hareket edip “hata yapıyormuş” gibi bir algı oluşturur. Oysa olan biten, belirli fiziksel ve kimyasal kanunların, belirli koşullar altında (örneğin, bir palindromik dizinin oluşturduğu yapısal gerilim altında) öngörülebilir bir şekilde işlemesidir. Kanunlar, bir işin nasıl yapıldığını tarif eden kurallardır; işi yapan failler değildir. Bu süreçleri “hata” olarak etiketlemek, altta yatan düzenli fiziksel ve kimyasal kanunların işleyişini göz ardı etme riski taşır. Doğru bir nedensellik atfı, faili mefulün (etkeni edilgenin) yerine koymaktan kaçınmayı gerektirir. Süreçler ve kanunlar işler; onlar iş yapmazlar.

<span id="bölüm-7-hammadde-ve-sanat-ayrımı-analizi"></span>
=== '''Bölüm 7: Hammadde ve Sanat Ayrımı Analizi''' ===

DNA molekülünün yapısını incelerken, onu oluşturan “hammadde” ile bu hammaddeden inşa edilen “sanat eseri” arasındaki derin farkı görmek esastır. DNA’nın hammaddesi, temelde birkaç çeşit cansız molekülden ibarettir: bir fosfat grubu, bir deoksiriboz şekeri ve dört çeşit nükleotid bazı (Adenin, Guanin, Sitozin, Timin). Bu bileşenlerin her biri, kendi başına incelendiğinde, bilgi taşıma, kendini kopyalama veya bir canlı organizmayı inşa etme gibi özelliklere sahip değildir. Onlar, bir kütüphanedeki mürekkep ve kağıt gibidirler.

Ancak bu basit hammaddeler, belirli bir dizilim, üç boyutlu bir sarmal mimari ve karmaşık bir paketleme sistemiyle bir araya getirildiğinde, ortaya onlarda bulunmayan yepyeni ve olağanüstü özelliklere sahip bir “sanat eseri” çıkar: DNA molekülü. Bu eserde, hammaddesinde zerresi bulunmayan “bilgi” özelliği vardır. Bu bilgi, sadece rastgele bir harf yığını değil, canlı bir organizmanın tüm yapı ve fonksiyonlarını belirleyen, dilbilgisi kuralları (kodonlar, başlangıç ve bitiş sinyalleri) olan anlamlı bir metindir. Bu eserde, yine hammaddesinde olmayan “kendini kopyalama” (replikasyon) yeteneği vardır. Bu, bilginin nesilden nesile hassas bir şekilde aktarılmasını sağlayan bir mekanizmadır.

Bu noktada akla şu sorular gelmektedir: Hammadde olan nükleotidlerde bulunmayan “bilgi”, “anlam” ve “işlevsellik” gibi özellikler, sanat eseri olan DNA molekülüne nereden gelmiştir? Cansız ve tekil olarak bir plandan habersiz olan bu moleküler yapı taşları, kendilerinde olmayan bir planı takip ederek, hayatın temelini oluşturan bu karmaşık, bilgi yüklü ve işlevsel bütünü nasıl meydana getirmiştir? Mürekkep ve kağıdın, kendi kendine birleşerek anlamlı bir şiir yazması nasıl mümkün değilse, temel kimyasal bileşenlerin de kendi kendine organize olarak hayatın şifrelerini taşıyan bu sanatlı molekülü inşa etmesi, üzerinde dikkatle düşünülmesi gereken bir durumdur. Hammadde ile sanat arasındaki bu derin uçurum, eserin, hammaddenin ötesinde bir ilim, irade ve kudret gerektirdiğine işaret eder.

<span id="sonuç"></span>
== '''Sonuç''' ==

Bu rapor boyunca, prokaryotik ve eukaryotik DNA’nın yapısal ve işlevsel mimarileri, güncel bilimsel veriler ışığında mukayeseli bir şekilde incelenmiştir. Analizler, bu iki temel yaşam formunun genetik materyallerinin, basitlikten karmaşıklığa uzanan bir yelpazede, her birinin kendi özgün yaşam stratejisi içinde ne kadar hassas ve amaca uygun bir şekilde tertip edildiğini gözler önüne sermiştir. Prokaryotların verimlilik ve hızlı adaptasyon odaklı dairesel genomu ve modüler plazmid sistemi ile eukaryotların karmaşık düzenleme ve gelişimsel programlara imkân tanıyan hiyerarşik paketlenmiş, doğrusal kromozomları, farklı ihtiyaçlara cevap veren iki ayrı sanat harikası olarak karşımıza çıkmaktadır.

Plazmidlerin adaptif esnekliği, tekrar eden dizelerin genomun dilbilgisel kurallarını oluşturması ve palindromik dizelerin hem işlevsellik hem de kırılganlık barındıran ikili doğası, genomun statik bir bilgi deposu olmaktan çok, dinamik, düzenlenmiş ve kendi iç dengelerini koruyan mekanizmalarla donatılmış bir sistem olduğunu göstermektedir. Hammadde olan cansız nükleotidlerden, bilgi taşıyan, kendini kopyalayan bu sanatlı molekülün inşa edilmesi, her bir detayında derin bir nizam ve gaye barındıran bir yapının varlığına delalet etmektedir.

Sunulan bu deliller, genetik bilginin moleküler temelindeki sanatlı ve nizamlı yapıyı ortaya koymaktadır. Bu yapının nasıl var olduğu, bu hassas dengelerin nasıl kurulduğu ve bu karmaşık bilgi sisteminin kaynağının ne olduğu gibi nihai soruların cevabı, bu deliller ışığında her bir akıl ve vicdan sahibinin kendi tefekkürüne bırakılmıştır. Şüphesiz, yol gösterilmiş, tercihte bulunmak ise okuyucuya kalmıştır.

<span id="kaynakça"></span>
== '''Kaynakça''' ==

Bendich, A. J., &amp; Drlica, K. (2000). Prokaryotic and eukaryotic chromosomes: what’s the difference? ''BioEssays'', ''22''(5), 481–486.

Cooper, G. M. (2000). ''The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition''. Sinauer Associates.

Dönmez, H., &amp; Özkaya, H. (t.y.). Plazmidler.

Grozdanova, L., &amp; Sclavi, B. (2021). Palindromes in DNA—A Risk for Genome Stability and a Driving Force for Evolution. ''International Journal of Molecular Sciences'', ''22''(6), 2840.

Karas, B. J., &amp; Collier, L. S. (2016). Structural Variation of Alu Element and Human Disease. ''Genomics &amp; Informatics'', ''14''(3), 70-77.

Levinson, G., &amp; Gutman, G. A. (1987). Slipped-strand mispairing: a major mechanism for DNA sequence evolution. ''Molecular Biology and Evolution'', ''4''(3), 203-221.

Li, W., &amp; Puzis, L. (2016). Repetitive DNA. ''EBSCO''.

Lederberg, J. (1998). Plasmid (1952-1997). ''Plasmid'', ''39''(1), 1-9.

Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S. L., Matsudaira, P., Baltimore, D., &amp; Darnell, J. (2000). ''Molecular Cell Biology. 4th edition''. W. H. Freeman.

Molinatto, G., et al. (2016). The plant beneficial bacterium Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum S499 carries a plasmid with seven genes coding for traits predicted to be important for the colonization of plant roots. ''FEMS Microbiology Ecology'', ''92''(11), fiw175.

Polak, P., &amp; Domany, E. (2006). Alu elements contain many binding sites for transcription factors and may play a role in regulation of developmental processes. ''BMC Genomics'', ''7'', 133.

Rowold, D. J., &amp; Herrera, R. J. (2000). Alu elements and the human genome. ''Genetica'', ''108''(1), 57-72.

Sağlam, N. (2013). ''Laktik Asit Bakterilerinde Plazmidlerin Rolü ve Önemi''. Yüksek Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi.

Schierstaedt, J., et al. (2018). Plasmids in Plant-Bacteria Interactions. ''Frontiers in Microbiology'', ''9'', 2017.

Shapiro, J. A., &amp; von Sternberg, R. (2005). Why repetitive DNA is essential to genome function. ''Biological Reviews'', ''80''(2), 227-250.

Tafvizi, A., et al. (2021). Structural parameters of palindromic repeats determine the specificity of nuclease attack of secondary structures. ''Nucleic Acids Research'', ''49''(7), 3932–3949.

Tantia, M. S., et al. (2014). Repetitive Sequences in Plant Nuclear DNA: Types, Distribution, Evolution and Applications. ''Genomics, Proteomics &amp; Bioinformatics'', ''12''(4), 164-171.

Tuteja, N., &amp; Tuteja, R. (2004). Prokaryotic and eukaryotic DNA helicases. Essential molecular motor proteins for cellular machinery. ''European Journal of Biochemistry'', ''271''(10), 1835-1848.

Wang, T. H., &amp; Lee, B. H. (1997). Plasmids in lactobacilli. ''Critical Reviews in Biotechnology'', ''17''(3), 227-272.

Zayner, J. P., &amp; Bodnar, A. G. (2016). The Role of Plasmids in Microbiology. ''Journal of Microbiology &amp; Experimentation'', ''3''(4), 00096.

<span id="alıntılanan-çalışmalar"></span>
==== '''Alıntılanan çalışmalar''' ====

# Ökaryot ve Prokaryot Arasındaki Farklar - Biyoinformatik, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://biyoinformatik.net/okaryot-ve-prokaryot-arasindaki-farklar<br />
# Prokaryot ve Ökaryotlar Tekrar (Makale) - Khan Academy, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://tr.khanacademy.org/science/biology/x324d1dcc:cell-function/x324d1dcc:prokaryotes-and-eukaryotes/a/hs-prokaryotes-and-eukaryotes-review<br />
# 4.ve 5.Hafta : Prokaryotik ve Ökaryotik Hücre Yapısı ve İşlevi, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=47998<br />
# Biochemistry, DNA Structure - StatPearls - NCBI Bookshelf, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK538241/<br />
# DNA Nasıl Kopyalanır? DNA Replikasyonu Aşamaları Nelerdir? - Evrim Ağacı, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://evrimagaci.org/dna-nasil-kopyalanir-dna-replikasyonu-asamalari-nelerdir-13694<br />
# acikders.ankara.edu.tr, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=14505<br />
# Prokaryotic and eukaryotic chromosomes: what’s the difference? - PubMed, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10797488/<br />
# Chromatin Structure and Dynamics: Focus on Neuronal Differentiation and Pathological Implication - MDPI, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.mdpi.com/2073-4425/13/4/639<br />
# Chromatin structure and gene regulation in T cell development and function - PMC, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1820769/<br />
# Editorial: Chromatin architecture in gene regulation and disease …, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10471976/<br />
# Editorial overview: Breaking boundaries: new frontiers in chromatin regulation for cancer therapy - PMC, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11622256/<br />
# Chromatin structure and gene regulation: a dynamic view of enhancer function - PMC, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4915511/<br />
# The Complexity of Eukaryotic Genomes - The Cell - NCBI Bookshelf, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9846/<br />
# Alu elements as regulators of gene expression - PMC, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1636486/<br />
# Structural Variation of Alu Element and Human … - Genomics Inform, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://genominfo.org/m/journal/view.php?doi=10.5808/GI.2016.14.3.70<br />
# Rekombinant DNA Teknolojisinin Gıda Enzimlerinin Üretiminde Kullanılma Olanakları - DergiPark, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/78295<br />
# Plazmid Dizaynı ve Sentezi - Letgen Bio, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://letgenbio.com/plazmid-dizayni-ve-sentezi/<br />
# Laktik Asit Bakterilerinin Plazmidleri ve Bunların Özellikleri Plasmids in Lactic Acid Bacteria and Their Properties - DergiPark, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/876809<br />
# Role of Plasmids in Microbiology - Walsh Medical Media, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.walshmedicalmedia.com/open-access/role-of-plasmids-in-microbiology-2155-9546-1000466.pdf<br />
# (PDF) Role of Plasmids in Microbiology - ResearchGate, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.researchgate.net/publication/315061498_Role_of_Plasmids_in_Microbiology<br />
# Genomics of microbial plasmids: classification and identification based on replication and transfer systems and host taxonomy, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4379921/<br />
# Repetitive DNA | Research Starters - EBSCO, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.ebsco.com/research-starters/health-and-medicine/repetitive-dna<br />
# academic.oup.com, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://academic.oup.com/gpb/article/12/4/164/7221898#:~:text=Repetitive%20DNA%20sequences%20are%20present,reflect%20evolutionary%20distances%20between%20species.<br />
# Repetitive Sequences in Plant Nuclear DNA: Types, Distribution, Evolution and Function - Oxford Academic, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://academic.oup.com/gpb/article/12/4/164/7221898<br />
# Mikrosatelit - Vikipedi, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Mikrosatelit<br />
# Alu elements: An intrinsic source of human genome instability - PMC, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3982648/<br />
# Why repetitive DNA is essential to genome function - James A. Shapiro, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro&Sternberg.2005.BiolRevs.pdf<br />
# Alu Elements and the Human Genome | Request PDF - ResearchGate, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.researchgate.net/publication/12184688_Alu_Elements_and_the_Human_Genome<br />
# The possible roles of human Alu elements in aging - Frontiers, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2013.00096/full<br />
# Palindromic sequence - Wikipedia, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Palindromic_sequence<br />
# Palindromic Sequences Notes - BYJU’S, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://byjus.com/neet/palindromic-sequences-notes/<br />
# Moleküler Biyoloji: Palindromik Diziler ve EcoRI / Restriksiyon Enzim Bölgeleri : r/Mcat, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.reddit.com/r/Mcat/comments/18pmjwf/molecular_biology_palindromic_sequences_ecor%C4%B1/?tl=tr<br />
# Palindromes in DNA—A Risk for Genome Stability and Implications …, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7999016/<br />
# Palindromic Dna Sequence - Consensus Academic Search Engine, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://consensus.app/questions/palindromic-dna-sequence/<br />
# Palindromes in DNA—A Risk for Genome Stability and Implications …, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7999016/<br />
# Sap-ilmik - Vikipedi, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Sap-ilmik<br />
# pmc.ncbi.nlm.nih.gov, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7999016/#:~:text=Certain%20palindromes%20have%20important%20biological,rearrangements%20or%20even%20cell%20death.<br />
# Structural parameters of palindromic repeats determine the specificity of nuclease attack of secondary structures | Nucleic Acids Research | Oxford Academic, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://academic.oup.com/nar/article/49/7/3932/6194490<br />
# Novel Method Developed to Further the Understanding of DNA Palindromes, erişim tarihi Ekim 1, 2025, https://ncifrederick.cancer.gov/about/theposter/content/novel-method-developed-further-understanding-dna-palindromes