Hücre Farklılaşması ve Uzmanlaşma sayfasının kaynağını görüntüle

<span id="bir-hücreden-mükemmel-bir-organizmaya-dokuların-oluşumunda-hücre-farklılaşması-ve-uzmanlaşmasının-moleküler-mekanizmaları"></span>
= Bir Hücreden Mükemmel Bir Organizmaya: Dokuların Oluşumunda Hücre Farklılaşması ve Uzmanlaşmasının Moleküler Mekanizmaları =

<span id="giriş"></span>
== Giriş ==

Çok hücreli yaşamın en temel ve hayret verici olgularından biri, tek bir döllenmiş yumurta hücresinden (zigot), her biri özel görevler için yapılandırılmış milyarlarca, hatta trilyonlarca hücreyi içeren karmaşık bir organizmanın meydana gelmesidir. Bu süreçte, başlangıçta birbirinin aynısı olan hücreler, zamanla kas, sinir, kemik, deri gibi yüzlerce farklı hücre tipine dönüşür. Hücre farklılaşması ve uzmanlaşması olarak bilinen bu dönüşüm, gelişim biyolojisinin merkezinde yer alan temel bir soruyu teşkil etmektedir.<sup>1</sup> Bir hücrenin hangi kimliğe bürüneceği, ne zaman bölüneceği, nereye göç edeceği ve nihayetinde hangi dokunun bir parçası olacağı gibi kararların nasıl verildiği, moleküler düzeyde son derece hassas ve karmaşık bir kontrol mekanizması gerektirir.

Bu rapor, tek bir hücreden fonksiyonel dokuların ve organların oluşumuna yol açan bu fevkalade sürecin altında yatan temel moleküler mekanizmaları, en güncel bilimsel bulgular ışığında incelemeyi amaçlamaktadır. Raporun kapsamı, hücre genetik programlarının nasıl yönetildiğini, bu programların esnekliğini ve kararlılığını temin eden epigenetik düzenlemeleri, hücreler arasında kesintisiz bir iletişim ağı kuran sinyal yolaklarını ve nihayetinde doku mimarisini şekillendiren fiziksel kuvvetleri detaylı bir şekilde ele alacaktır. Amaç, bu çok katmanlı ve birbiriyle entegre sistemlerin bilimsel bir dökümünü sunmak ve ardından bu verileri, işleyişin ardındaki nizam ve sanat boyutunu tefekküre açan daha geniş bir kavramsal çerçevede tahlil etmektir.

<span id="bölüm-1-bilimsel-açıklama-ve-güncel-bulgular"></span>
== Bölüm 1: Bilimsel Açıklama ve Güncel Bulgular ==

<span id="alt-bölüm-1.1-hücre-kaderinin-belirlenmesi-temel-kavramlar-ve-işleyiş"></span>
=== Alt Bölüm 1.1: Hücre Kaderinin Belirlenmesi: Temel Kavramlar ve İşleyiş ===

<span id="zigottan-dokulara-embriyonik-gelişimin-erken-evreleri"></span>
==== 1.1.1. Zigottan Dokulara: Embriyonik Gelişimin Erken Evreleri ====

Çok hücreli bir canlının varoluş serüveni, döllenme (fertilizasyon) sonucu oluşan ve bütün bir organizmayı meydana getirme potansiyeline sahip olan &quot;totipotent&quot; bir hücre olan zigot ile başlar.<sup>3</sup> Bu ilk hücre, art arda gelen ve klivaj olarak adlandırılan hızlı mitoz bölünmeler geçirir. İlk üç bölünme genellikle simetriktir ve morfolojik olarak birbirinin aynısı olan 8 adet blastomer hücresini meydana getirir.<sup>3</sup> Bu aşamadan sonra, embriyonik gelişimde kritik bir dönüm noktası yaşanır. Hücreler arasında &quot;kompaksiyon&quot; adı verilen bir süreçle sıkı bağlantılar kurulur ve hücreler polarize bir yapı kazanır.<sup>3</sup>

Bu morfolojik değişikliklerin akabinde, 8-32 hücreli morula evresinde, embriyonun ilk büyük kader ayrımı olan &quot;birincil soy farklılaşması&quot; gerçekleşir. Bu süreçte hücreler iki farklı soy hattına ayrılır: embriyonun dış yüzeyini kaplayacak olan trofoektoderm (TE) ve iç kısımda bir küme oluşturan iç hücre kitlesi (ICM - Inner Cell Mass).<sup>3</sup> Trofoektoderm, daha sonra plasentanın oluşumunda rol alacakken, embriyonun kendisi iç hücre kitlesinden gelişecektir. Bu ilk ayrım, hücrelerin konumlarına bağlı olarak gerçekleşir; dışarıda kalan hücreler TE soyuna, içeride kalanlar ise ICM soyuna yönlendirilir.

Kısa bir süre sonra, blastosist adı verilen içi sıvı dolu bir yapı halini alan embriyoda, iç hücre kitlesi (ICM) içinde ikinci bir kader ayrımı daha yaşanır. &quot;İkincil soy farklılaşması&quot; olarak bilinen bu olayda, ICM hücreleri de kendi içlerinde iki farklı tabakaya ayrılır: epiblast (EPI) ve primitif endoderm (PE).<sup>3</sup> Epiblast tabakası, daha sonra embriyonun üç ana germ tabakasını (ektoderm, mezoderm, endoderm) oluşturacak olan hücreleri içerirken, primitif endoderm ise yolk kesesi gibi embriyo dışı yapıların oluşumuna katılır. Bu erken dönemde, birbiri ardına ve son derece düzenli bir şekilde gerçekleşen bu soy ayrışmaları, gelecekteki tüm özelleşmiş doku ve organların inşası için gerekli olan temel planı ve başlangıç hücre popülasyonlarını tesis eder.

<span id="genetik-programın-orkestrasyonu-diferansiyel-gen-ifadesi"></span>
==== 1.1.2. Genetik Programın Orkestrasyonu: Diferansiyel Gen İfadesi ====

Çok hücreli bir organizmanın sinir, kas, kan veya deri gibi farklılaşmış hücrelerinin hemen hemen hepsi, temelde aynı genetik bilgiyi, yani aynı DNA dizisini barındırır. Bu genetik özdeşliğe rağmen, bu hücrelerin yapı ve fonksiyon bakımından birbirinden bu denli farklı olmasının altında yatan temel mekanizma, &quot;diferansiyel gen ifadesi&quot; olarak adlandırılır.<sup>6</sup> Bu kavram, her bir hücre tipinde, genomun farklı alt kümelerinin seçici olarak &quot;açılması&quot; (ifade edilmesi) veya &quot;kapatılması&quot; (susturulması) anlamına gelir.<sup>6</sup> Bir gen ifade edildiğinde, içerdiği genetik bilgi önce RNA'ya kopyalanır (transkripsiyon) ve ardından bu RNA molekülü bir proteinin sentezlenmesi için kalıp olarak kullanılır (translasyon).

Hücrelerin bu seçici gen aktivasyonu, her hücre tipine özgü bir protein setinin üretilmesiyle sonuçlanır. Bu proteinler, hücrenin morfolojisini, metabolizmasını ve özel işlevlerini belirleyen ana aktörlerdir.<sup>6</sup> Örneğin, bir kas hücresi ile bir karaciğer hücresi arasındaki çarpıcı farklar, bu hücrelerin her birinde tamamen farklı gen setlerinin ifade edilmesinin bir neticesidir.<sup>6</sup> Kas hücresinde kasılmayı sağlayan aktin ve miyozin proteinlerini kodlayan genler yüksek düzeyde aktifken, karaciğer hücresinde bu genler susturulmuş, bunun yerine detoksifikasyon ve metabolizmadan sorumlu enzimleri kodlayan genler aktif hale getirilmiştir.

Hücre kaderini etkileyen bu karmaşık orkestrasyonun şefleri, &quot;ana düzenleyici transkripsiyon faktörleri&quot; olarak bilinen özel proteinlerdir. Bu faktörler, DNA üzerindeki spesifik kontrol bölgelerine (promotörler ve enhancer'lar) bağlanarak hedef genlerin transkripsiyonunu başlatır veya durdurur. Gelişimin belirli bir aşamasında, belirli bir hücre soyunda ifade edilen bir ana düzenleyici faktör, o soya özgü yüzlerce veya binlerce geni içeren bütün bir gen ağını tetikleyebilir. Örneğin, kas hücresi oluşumunda (miyogenez) MyoD ve Myf5 gibi transkripsiyon faktörleri, kas hücresi kimliğini tesis eden gen programını başlatır.<sup>9</sup> Benzer şekilde, embriyonun ilk soy ayrımında Nanog ve Gata6 faktörleri iç hücre kitlesi ve primitif endoderm kaderlerini <sup>3</sup>, kök hücrelerin pluripotent (çok yönlü farklılaşma potansiyeli) kalmasında ise Oct4, Sox2 ve Nanog gibi faktörler kritik roller üstlenir.<sup>3</sup> Bu ana düzenleyicilerin hassas bir zamanlama ve mekansal dağılımla ifade edilmesi, tek bir zigotun genetik potansiyelinden yüzlerce farklı hücre kaderinin ortaya çıkmasını sağlayan hiyerarşik ve düzenli bir programın temelini oluşturur.

<span id="epigenetik-düzenleme-hücresel-hafızanın-yazılımı"></span>
==== 1.1.3. Epigenetik Düzenleme: Hücresel Hafızanın Yazılımı ====

Genetik kodun kendisi sabitken, bu kodun nasıl okunacağını ve yorumlanacağını belirleyen dinamik bir kontrol katmanı daha mevcuttur: epigenetik. Epigenetik, DNA dizisinde herhangi bir değişiklik olmaksızın, gen ifadesinde meydana gelen ve en önemlisi hücre bölünmeleri yoluyla bir sonraki nesle aktarılabilen kalıtsal değişiklikleri inceler.<sup>11</sup> Bu mekanizmalar, bir hücrenin kimliğini kazanmasını ve bu kimliği ömrü boyunca korumasını sağlayan &quot;hücresel hafızanın&quot; moleküler temelini oluşturur.<sup>10</sup> Başlıca epigenetik düzenleme mekanizmaları DNA metilasyonu ve histon modifikasyonlarıdır.

* '''DNA Metilasyonu:''' Bu süreç, DNA metiltransferaz (DNMT) enzimleri tarafından, DNA'daki sitozin bazlarına bir metil (CH3) grubunun kimyasal olarak eklenmesiyle gerçekleşir.<sup>12</sup> Genellikle bir genin promotör bölgesindeki CpG adacıkları olarak bilinen sitozin ve guanin zengini bölgelerde meydana gelen metilasyon, o genin transkripsiyon makineleri tarafından tanınmasını engelleyerek genin &quot;susturulmasına&quot; yol açar.<sup>7</sup> Bu mekanizma, hücre farklılaşması sırasında belirli gen programlarının kalıcı olarak kapatılmasında, genomik damgalama (genlerin anne veya babadan gelen kopyasına göre farklı ifade edilmesi) ve dişi memelilerde iki X kromozomundan birinin inaktif hale getirilmesi gibi temel biyolojik süreçlerde kritik bir rol oynar.<sup>7</sup>
* '''Histon Modifikasyonları:''' Ökaryotik hücrelerde DNA, kromatin adı verilen bir yapıda, histon adı verilen protein makaralarının etrafına sarılıdır. Bu histon proteinlerinin kuyrukları, hücrenin enzimleri tarafından çeşitli kimyasal gruplarla (asetil, metil, fosfat vb.) modifiye edilebilir.<sup>7</sup> Bu modifikasyonlar, kromatinin ne kadar sıkı veya gevşek paketleneceğini belirler. Örneğin, histon asetilasyonu genellikle kromatin yapısını gevşeterek (ökromatin) genlerin transkripsiyona daha erişilebilir hale gelmesini sağlarken, belirli lizin kalıntılarının metilasyonu (örneğin H3K9me3 ve H3K27me3) kromatinin yoğunlaşmasına (heterokromatin) ve içindeki genlerin susturulmasına neden olur.<sup>7</sup> Bu &quot;histon kodu&quot;, bir hücrenin hangi genlerinin potansiyel olarak aktif, hangilerinin ise kalıcı olarak kapalı olduğunu belirleyen dinamik bir işaretleme sistemidir.

Bu epigenetik işaretler, bir hücrenin kaderi belirlendikten sonra, hücre bölündüğünde yavru hücrelere de kopyalanır. Bu &quot;epigenetik hafıza&quot; sayesinde, bir karaciğer hücresi bölündüğünde ortaya çıkan yeni hücreler de karaciğer hücresi kimliğini sürdürür.<sup>10</sup> Gelişim sırasında, Trithorax (TrxG) ve Polycomb (PcG) gibi protein kompleksleri, belirli gen setlerinin aktif (TrxG) veya baskılanmış (PcG) durumlarını, çok sayıda hücre nesli boyunca kararlı bir şekilde sürdürmede kilit rol oynar.<sup>10</sup> Bu mekanizma, gelişimsel programın kararlılığını ve geri döndürülemezliğini temin eden temel bir unsurdur.

<span id="hücrelerarası-iletişim-sinyal-yolakları-ağı"></span>
==== 1.1.4. Hücrelerarası İletişim: Sinyal Yolakları Ağı ====

Tek bir hücrenin izole bir şekilde farklılaşması mümkün değildir. Dokuların ve organların uyumlu bir bütün olarak inşa edilmesi, hücreler arasında sürekli, dinamik ve son derece hassas bir iletişim ağı gerektirir. Bu iletişim, hücrelerin birbirlerine ve çevrelerine gönderdikleri kimyasal ve fiziksel sinyaller aracılığıyla sağlanır. Hücreler, bu sinyalleri hücre zarlarında veya sitoplazmalarında bulunan özel reseptör proteinleri aracılığıyla algılar.<sup>17</sup> Bir sinyal molekülünün (ligand) reseptörüne bağlanması, hücre içinde bir dizi moleküler olayı tetikleyen bir &quot;sinyal kaskadı&quot; başlatır. Bu kaskadın son ürünü, genellikle hücrenin davranışında bir değişikliğe yol açar; örneğin bir genin ifadesini değiştirmek, hücreyi bölünmeye veya göç etmeye teşvik etmek ya da programlanmış hücre ölümünü (apoptoz) başlatmak gibi.<sup>17</sup>

Hayvan gelişiminde, bu karmaşık iletişimi yöneten, korunmuş bir avuç temel sinyal yolağı bulunmaktadır.<sup>19</sup> Bu yolaklar, farklı zamanlarda ve farklı dokularda tekrar tekrar kullanılarak çok çeşitli biyolojik sonuçlar doğurur. Başlıca sinyal yolakları ve temel işlevleri şunlardır:

* '''Notch Sinyal Yolağı:''' Komşu hücreler arasında doğrudan temas gerektiren bu yolak, genellikle &quot;yanal inhibisyon&quot; (lateral inhibition) mekanizmasıyla çalışır. Bir hücre Notch sinyalini aktive ettiğinde, komşu hücrelerin aynı kaderi benimsemesini engeller. Bu, bir grup eşdeğer hücre içinden belirli hücrelerin farklılaşmasını sağlayan ve dokularda ince taneli desenlerin oluşumunu mümkün kılan temel bir mekanizmadır.<sup>20</sup>
* '''Wnt Sinyal Yolağı:''' Hücre proliferasyonu, kader belirlenmesi ve göç gibi birçok temel süreçte rol oynar. Özellikle kök hücre nişlerinin (stem cell niche) korunmasında ve embriyonik eksenlerin (örneğin, baş-kuyruk ekseni) belirlenmesinde kritik öneme sahiptir.<sup>2</sup>
* '''TGF-β/BMP Sinyal Yolağı:''' Bu geniş aile, kemik morfogenetik proteinlerini (BMP) de içerir ve hücre büyümesi, farklılaşması ve apoptoz gibi çok çeşitli süreçleri düzenler. Özellikle iskelet gelişimi, doku onarımı ve bağışıklık sistemi regülasyonunda önemli görevler üstlenir.<sup>2</sup>
* '''Hedgehog (Hh) Sinyal Yolağı:''' Özellikle uzuv gelişimi, sinir sistemi desenlenmesi ve bazı organların oluşumunda rol oynayan morfogen (konsantrasyonuna bağlı olarak farklı hücresel yanıtlar tetikleyen sinyal molekülü) sinyallerini iletir.<sup>19</sup>
* '''FGF/ERK Sinyal Yolağı:''' Fibroblast Büyüme Faktörleri (FGF) tarafından tetiklenen bu yolak, hücre bölünmesi, göç ve farklılaşma için güçlü bir uyarıcıdır. İkincil soy farklılaşmasında (epiblast/primitif endoderm ayrımı) ve anjiyogenez (yeni kan damarlarının oluşumu) gibi süreçlerde merkezi bir rol oynar.<sup>3</sup>

Bu sinyal yolaklarının aynılarının gelişim boyunca farklı bağlamlarda tekrar tekrar kullanılması, önemli bir prensibi ortaya koyar: Bir sinyalin nihai biyolojik etkisi, sadece sinyalin kendisi tarafından değil, aynı zamanda sinyali alan hücrenin &quot;yetkinliği&quot; (competence) ve o anki içsel durumu (mevcut epigenetik ve transkripsiyonel profili) ile belirlenir. Bu, sınırlı sayıda araçla sonsuz çeşitlilikte yapılar inşa etmeye olanak tanıyan son derece verimli bir sistemin varlığına işaret eder.

'''Tablo 1: Gelişimde Rol Oynayan Başlıca Sinyal Yolakları ve İşlevleri'''

{| class="wikitable"
|-
| style="text-align: left;"| Sinyal Yolağı
| style="text-align: left;"| Temel Bileşenler
| style="text-align: left;"| Temel İşleyiş Mekanizması
| Gelişimdeki Örnek Rolü
|-
| style="text-align: left;"| '''Notch'''
| style="text-align: left;"| Notch Reseptörleri, Delta/Serrate Ligandları, CSL (CBF1) Transkripsiyon Faktörü, NICD
| style="text-align: left;"| Yanal inhibisyon; komşu hücreler arası doğrudan temasla kader belirleme
| Nörogenez (nöron ve glial hücre ayrımı), somit segmentasyonu, T-hücre/B-hücre kader kararı <sup>20</sup>
|-
| style="text-align: left;"| '''Wnt/β-catenin'''
| style="text-align: left;"| Wnt Ligandları, Frizzled Reseptörleri, LRP5/6 Ko-reseptörleri, β-catenin
| style="text-align: left;"| Kanonik yolakta β-catenin'in stabilize edilerek çekirdeğe girmesi ve gen ifadesini düzenlemesi
| Bağırsak kriptlerindeki kök hücre homeostazisi, embriyonik eksen oluşumu, uzuv gelişimi <sup>2</sup>
|-
| style="text-align: left;"| '''FGF/ERK'''
| style="text-align: left;"| FGF Ligandları, FGF Reseptörleri (FGFR), Ras-Raf-MEK-ERK Kinaz Kaskadı
| style="text-align: left;"| Reseptör tirozin kinaz aktivasyonu ile hücre içi kinaz kaskadının tetiklenmesi
| İkincil soy farklılaşması (Epiblast/PE), uzuv tomurcuğu gelişimi, anjiyogenez <sup>3</sup>
|-
| style="text-align: left;"| '''Hippo'''
| style="text-align: left;"| Lats1/2 Kinazları, YAP/TAZ Ko-aktivatörleri
| style="text-align: left;"| Hücre yoğunluğuna bağlı olarak YAP/TAZ'ın fosforilasyonu ve sitoplazmada tutulması
| Organ büyüklüğünün kontrolü, birincil soy farklılaşması (ICM/TE), doku rejenerasyonu <sup>3</sup>
|-
| style="text-align: left;"| '''TGF-β/BMP'''
| style="text-align: left;"| TGF-β/BMP Ligandları, Tip I/II Serin/Treonin Kinaz Reseptörleri, SMAD Proteinleri
| style="text-align: left;"| Reseptör aktivasyonu ile SMAD proteinlerinin fosforilasyonu ve çekirdeğe girerek gen ifadesini düzenlemesi
| Kemik ve kıkırdak oluşumu (morfogenez), hücre farklılaşması, bağışıklık düzenlemesi <sup>2</sup>
|}

<span id="fiziksel-boyut-doku-morfogenezinde-mekanotransdüksiyon"></span>
==== 1.1.5. Fiziksel Boyut: Doku Morfogenezinde Mekanotransdüksiyon ====

Dokuların ve organların üç boyutlu mimarisi, sadece genetik ve kimyasal programların bir sonucu değildir; aynı zamanda fiziksel kuvvetlerin de aktif olarak şekillendirdiği dinamik bir süreçtir.<sup>22</sup> Hücrelerin ve dokuların, gerilme, sıkışma, bükülme ve akışkan kesme stresi gibi mekanik uyaranları algılayıp bunları biyokimyasal sinyallere dönüştürme yeteneğine &quot;mekanotransdüksiyon&quot; adı verilir.<sup>24</sup> Bu mekanizma, gelişim biyolojisinde giderek daha fazla önem kazanan bir araştırma alanıdır.

Hücreler, çevrelerindeki mekanik ortamı, hücre iskeletini (sitoiskelet) hücre dışı matrikse (ECM) veya komşu hücrelere bağlayan özel yapılar aracılığıyla &quot;hissederler&quot;. Bu bağlantı noktaları arasında integrin tabanlı fokal adezyonlar ve kadherin tabanlı hücre-hücre bağlantıları bulunur.<sup>24</sup> Bu noktalara uygulanan mekanik kuvvet, hücre içinde bir dizi değişikliği tetikleyebilir:

# Hücre iskeletinin yeniden organize olması ve hücre şeklinde değişiklikler meydana gelmesi.<sup>24</sup>
# Mekanik olarak duyarlı iyon kanallarının açılarak hücre içine iyon akışının değişmesi.<sup>24</sup>
# Fokal adezyonlardaki veya hücre iskeletindeki proteinlerin konformasyonunun değişerek yeni sinyal yolaklarının aktive edilmesi.<sup>27</sup>

Bu mekanik sinyaller, doğrudan hücre kaderini etkileyebilir. Son yıllarda yapılan çığır açıcı çalışmalar, kök hücrelerin farklılaşma yöneliminin, üzerinde büyüdükleri substratın (doku iskelesinin) fiziksel sertliğinden etkilendiğini göstermiştir. Örneğin, mezenkimal kök hücreler (MSC'ler), beyin dokusu kadar yumuşak bir ortamda (&lt;1 kPa) nöronlara, kas dokusu kadar orta sertlikte bir ortamda (yaklaşık 10 kPa) miyositlere (kas hücreleri) ve kemik kadar sert bir ortamda (&gt;30 kPa) osteoblastlara (kemik yapıcı hücreler) farklılaşma eğilimi gösterirler.<sup>28</sup> Bu bulgu, doku mühendisliği ve rejeneratif tıp için önemli sonuçlar doğurmaktadır.

Doku düzeyinde ise, &quot;morfogenez&quot; olarak adlandırılan şekillenme süreci, büyük ölçüde koordine edilmiş hücresel kuvvetlerin bir ürünüdür. Hücrelerin toplu göçü, doku katmanlarının içe doğru çökmesi (invajinasyon), bir hücre tabakasının diğeri üzerinde yayılması (epiboli) ve bir dokunun daralarak uzaması (yakınsama ve uzama) gibi temel morfogenetik hareketler, hücrelerin kasılması ve birbirlerine göre yeniden düzenlenmesiyle sağlanır.<sup>22</sup> Örneğin, kuş gagasının nihai şekli, gelişim sırasında belirli bölgelerdeki lokalize hücre proliferasyonunun (volumetrik büyüme) hassas kontrolü ile belirlenirken, zebra balığı embriyosunun arka vücut ekseninin uzaması, dokunun akışkan benzeri bir durumdan katı benzeri bir duruma geçişiyle yönlendirilen fiziksel bir süreçtir.<sup>22</sup> Bu örnekler, fiziksel yasaların ve mekanik kuvvetlerin, genetik programla entegre bir şekilde çalışarak canlı formunu inşa ettiğini açıkça ortaya koymaktadır.

<span id="alt-bölüm-1.2-güncel-araştırmalardan-bulgular-mekanizmaların-derinleştirilmesi"></span>
=== Alt Bölüm 1.2: Güncel Araştırmalardan Bulgular: Mekanizmaların Derinleştirilmesi ===

<span id="kök-hücre-biyolojisi-ve-rejeneratif-tıp"></span>
==== 1.2.1. Kök Hücre Biyolojisi ve Rejeneratif Tıp ====

Kök hücreler, kendilerini yenileme (bölünerek kendilerinin kopyalarını oluşturma) ve uygun koşullar altında çeşitli özelleşmiş hücre tiplerine farklılaşma potansiyeline sahip olan temel hücrelerdir.<sup>4</sup> Bu eşsiz yetenekleri, onları gelişim, doku onarımı ve rejeneratif tıp alanlarında merkezi bir konuma yerleştirir. Kök hücreler, farklılaşma potansiyellerine göre sınıflandırılır:

* '''Embriyonik Kök Hücreler (ESC):''' Blastosistin iç hücre kitlesinden elde edilen bu hücreler &quot;pluripotent&quot;tir, yani vücudu oluşturan üç ana germ tabakasından (ektoderm, mezoderm, endoderm) türeyen tüm hücre tiplerine dönüşebilirler.<sup>4</sup>
* '''Yetişkin (Somatik) Kök Hücreler:''' Vücudun çeşitli dokularında (kemik iliği, deri, bağırsak vb.) bulunan bu hücreler genellikle &quot;multipotent&quot;tir. Yani, ait oldukları dokunun hücre tiplerini yenilemekle sınırlı bir farklılaşma kapasitesine sahiptirler.<sup>4</sup>
* '''Uyarılmış Pluripotent Kök Hücreler (iPSC):''' Yetişkin somatik hücrelerin (örneğin deri hücreleri), belirli transkripsiyon faktörlerinin (Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc gibi) suni olarak ifade edilmesiyle yeniden programlanarak embriyonik kök hücre benzeri bir duruma geri döndürülmesiyle elde edilirler.<sup>4</sup>

Güncel araştırmalar, bu kök hücrelerin potansiyelini kullanarak hastalıkları modellemek ve tedavi etmek üzerine yoğunlaşmıştır. Laboratuvar ortamında, belirli büyüme faktörleri, sinyal molekülleri ve kimyasallardan oluşan &quot;kokteyller&quot; kullanılarak, pluripotent kök hücrelerin (ESC ve iPSC) hedeflenen hücre tiplerine yüksek verimlilikle farklılaştırılması hedeflenmektedir. Örneğin, diyabet tedavisi için pankreatik insülin üreten β-hücrelerinin <sup>31</sup>, Parkinson hastalığı için dopaminerjik nöronların veya omurilik yaralanmaları için motor nöronların üretilmesi konusunda önemli ilerlemeler kaydedilmiştir.<sup>32</sup>

Bununla birlikte, bu alanın önünde hala önemli zorluklar bulunmaktadır. Farklılaşma protokollerinin verimliliği henüz %100 değildir ve bu durum, hedef hücrelerin yanı sıra istenmeyen hücre tiplerinin de oluşmasına neden olabilir.<sup>30</sup> Özellikle pluripotent kök hücrelerin farklılaşmamış halde kalması, nakledildikleri zaman teratom adı verilen iyi huylu tümörlerin oluşma riskini taşır.<sup>30</sup> Ayrıca, laboratuvarda üretilen hücrelerin vücuttaki muadilleriyle tam olarak aynı olgunluk seviyesine ve fonksiyonelliğe ulaşması da bir diğer önemli araştırma konusudur. Bu zorluklara rağmen, kök hücre biyolojisi, hastalıkların moleküler mekanizmalarını anlamak ve gelecekte kişiye özel hücresel tedaviler geliştirmek için büyük bir potansiyel sunmaktadır.<sup>4</sup>

<span id="sistem-biyolojisi-perspektifi-gen-düzenleyici-ağların-mantığı-grn"></span>
==== 1.2.2. Sistem Biyolojisi Perspektifi: Gen Düzenleyici Ağların Mantığı (GRN) ====

Hücrelerin kader kararları, izole genlerin veya sinyal yolaklarının basit bir şekilde açılıp kapanmasından çok daha karmaşık bir yöntemle yönetilir. Sistem biyolojisi yaklaşımı, bu kararların, birbirleriyle karmaşık geri besleme ve ileri besleme döngüleri içinde etkileşen transkripsiyon faktörlerinden oluşan &quot;gen düzenleyici ağlar&quot; (Gene Regulatory Networks - GRNs) ile kontrol edildiğini ortaya koymuştur.<sup>35</sup> Bu ağların yapısı ve dinamiği, gelişimsel süreçlerin kararlılığını, hassasiyetini ve sağlamlığını belirler.

Bu ağ mimarisindeki bazı temel motifler şunlardır:

* '''Geri Besleme Döngüleri (Feedback Loops):'''
** '''Pozitif Geri Besleme:''' Bir faktörün kendi üretimini veya bir sonraki adımı tetiklediği döngülerdir. Bu mekanizma, bir sinyali güçlendirerek hücre kaderi kararlarını &quot;kilitler&quot; ve geri döndürülemez hale getirir. İki farklı kader arasında seçim yapan hücrelerde görülen ve &quot;bistabil anahtar&quot; (bistable switch) olarak adlandırılan yapılar, genellikle karşılıklı olarak birbirini baskılayan ve kendilerini aktive eden iki ana düzenleyici faktörden oluşan pozitif geri besleme döngülerine dayanır.<sup>37</sup>
** '''Negatif Geri Besleme:''' Bir ürünün kendi üretimini veya önceki bir adımı baskıladığı döngülerdir. Bu mekanizma, sistemde dengeyi (homeostasis) sağlar, sinyallere verilen yanıtın süresini sınırlar ve biyolojik saatler gibi salınımlı (osilasyon) davranışlar üretir.<sup>38</sup>
* '''İleri Besleme Döngüleri (Feedforward Loops - FFL):''' Bu motifte, bir ana düzenleyici hem bir hedef geni doğrudan hem de bir ara faktör aracılığıyla dolaylı olarak kontrol eder. FFL'ler, sistemin sadece anlık ve gürültülü sinyallere değil, yalnızca sürekli ve tutarlı sinyallere yanıt vermesini sağlayan bir &quot;filtre&quot; görevi görür. Bu, gelişimsel kararların rastgele dalgalanmalardan etkilenmemesini sağlayarak sürecin sağlamlığını (robustness) artırır.<sup>39</sup>

Güncel modelleme çalışmaları, bu ağların sadece hangi bileşenlerden oluştuğunu değil, aynı zamanda bu bileşenlerin nasıl bir &quot;mantıkla&quot; (logic) etkileştiğini de araştırmaktadır. Örneğin, bir hedef genin aktive olması için iki transkripsiyon faktörünün ikisinin de aynı anda bağlanması mı gereklidir (AND kapısı mantığı), yoksa herhangi birinin bağlanması yeterli midir (OR kapısı mantığı)? Bu mantıksal kuralların, hücre kaderi kararlarının hızı, doğruluğu ve farklı yollar arasındaki geçiş dinamikleri üzerinde derin etkileri olduğu gösterilmiştir.<sup>35</sup> Bu bulgular, gelişimin sadece hangi parçaların kullanıldığıyla değil, bu parçaların nasıl bir hesaplama ve mantık çerçevesinde bir araya getirildiğiyle de ilgili olduğunu ortaya koyarak, sürecin altında yatan bilgi işlem mimarisine ışık tutmaktadır.

<span id="apoptozisin-yapıcı-rolü-dokusal-şekillendirme-ve-kalite-kontrol"></span>
==== 1.2.3. Apoptozisin Yapıcı Rolü: Dokusal Şekillendirme ve Kalite Kontrol ====

Programlanmış hücre ölümü olan apoptoz, uzun yıllar boyunca gelişimde sadece istenmeyen, hasarlı veya fazla hücrelerin ortadan kaldırıldığı pasif bir &quot;temizlik&quot; mekanizması olarak görülmüştür.<sup>41</sup> Parmak aralarındaki perdeli dokunun yok edilerek parmakların ayrılması, bu klasik &quot;yontma&quot; rolünün en bilinen örneğidir.<sup>43</sup> Ancak son yıllardaki araştırmalar, apoptozun doku morfogenezinde çok daha aktif, dinamik ve &quot;yapıcı&quot; rolleri olduğunu ortaya koymuştur.<sup>43</sup>

* '''Mekanik Kuvvet Üretimi:''' Ölen bir hücre, kasılıp büzülürken komşu hücrelere mekanik kuvvetler uygular. Bu &quot;apoptotik kuvvetler&quot;, doku katlanmaları, boşlukların oluşumu ve epitel tabakalarının yeniden düzenlenmesinde itici bir güç olarak işlev görebilir. Örneğin, ''Drosophila'' bacak diskinin morfogenezi sırasında, belirli bölgelerde meydana gelen apoptoz, dokuda gerilim oluşturarak katlantıların oluşmasını tetikler.<sup>44</sup> Bu, apoptozun sadece hücreleri yok etmekle kalmayıp, aynı zamanda bir doku mimarı gibi çalıştığını gösterir.
* '''Sinyal Merkezi Olarak İşlev Görme:''' Apoptotik hücreler, ölürken çevrelerine çeşitli sinyal molekülleri salgılarlar. Bu sinyaller, komşu hücrelerin davranışlarını aktif olarak yönlendirebilir. Bu olguların en dikkat çekicilerinden biri &quot;apoptoz-ilişkili telafi edici proliferasyon&quot;dur (apoptosis-induced compensatory proliferation). Bu süreçte, ölen bir hücre, komşu hücrelerin bölünerek kendi yerini doldurmasını teşvik eden mitojenik sinyaller (örneğin Wnt ve Dpp gibi büyüme faktörleri) salgılar.<sup>43</sup> Bu mekanizma, doku bütünlüğünün korunması (homeostasis) ve yaralanma sonrası onarım (rejenerasyon) için hayati bir öneme sahiptir.
* '''Kalite Kontrol ve Hücre Rekabeti:''' Gelişim sırasında, daha &quot;uygun&quot; veya daha hızlı büyüyen hücreler, komşularını apoptoza sürükleyerek onları dokudan eleyebilir. Bu &quot;hücre rekabeti&quot; mekanizması, dokuların en sağlıklı ve en uygun hücrelerden oluşmasını sağlayan bir kalite kontrol sistemi olarak işlev görür.<sup>45</sup>

Bu bulgular, apoptoz hakkındaki geleneksel görüşü değiştirmiştir. Apoptoz artık sadece bir son değil, aynı zamanda doku şekillenmesi ve düzenlenmesinde aktif rol oynayan, komşu hücrelerle iletişim kuran ve mekanik kuvvetler üreten dinamik bir süreç olarak kabul edilmektedir.<sup>44</sup> Bu &quot;yapıcı&quot; rol, gelişimsel programın hem hassasiyetini hem de sağlamlığını temin eden çok yönlü bir mekanizmanın varlığına işaret eder.

<span id="gelişim-biyolojisi-araç-takımının-derin-korunumu"></span>
==== 1.2.4. Gelişim Biyolojisi: Araç Takımının Derin Korunumu ====

Gelişim biyolojisi, farklı canlı türlerinin gelişim süreçlerini karşılaştırarak morfolojik çeşitliliğin altında yatan genetik mekanizmaları anlamaya çalışan bir bilim dalıdır. Bu alanın en şaşırtıcı bulgularından biri, sineklerden insanlara, solucanlardan balıklara kadar hayvanlar aleminin çok farklı dallarında yer alan canlıların, vücut planlarını ve organlarını inşa etmek için kullandıkları temel genetik &quot;araç takımının&quot; (toolkit) büyük ölçüde benzer olmasıdır.<sup>46</sup>

Bu korunmuş araç takımı, temel gelişimsel süreçleri yöneten gen ailelerini içerir:

* '''Hox Genleri:''' Vücudun ön-arka (anterior-posterior) ekseni boyunca segmentlerin kimliğini belirleyen ana düzenleyici genlerdir. Bir sineğin veya bir insanın vücut segmentlerinin (baş, göğüs, karın vb.) doğru sırada oluşması, bu genlerin sıralı ifadesiyle kontrol edilir.<sup>46</sup>
* '''Pax6/eyeless Geni:''' Böceklerin petek gözlerinden omurgalıların kamera tipi gözlerine kadar, hayvanlar alemindeki göz gelişimini başlatan ana kontrol geni olarak işlev görür.
* '''Temel Sinyal Yolakları:''' Notch, Wnt, Hedgehog, ve TGF-β gibi hücrelerarası iletişim yolaklarının bileşenleri de sayısız gelişimsel olayı yönetmek üzere kullanılmıştır.<sup>51</sup>

Bu derin korunum, genellikle tamamen yeni genlerin ortaya çıkmasıyla değil, daha çok bu mevcut ve korunmuş araç takımı genlerinin ifade edildiği zaman, yer, miktar ve kombinasyonların değişmesiyle gerçekleştiğini göstermektedir.<sup>47</sup> Örneğin, bir yılanın bacaklarını kaybetmesi, bacak gelişimini başlatan genlerin tamamen yok olmasından ziyade, bu genlerin ifade edilmesini sağlayan düzenleyici DNA bölgelerindeki değişikliklerden kaynaklanır.<sup>47</sup>

<span id="bölüm-2-kavramsal-analiz"></span>
== Bölüm 2: Kavramsal Analiz ==

<span id="alt-bölüm-2.1-nizam-gaye-ve-sanat-analizi"></span>
=== Alt Bölüm 2.1: Nizam, Gaye ve Sanat Analizi ===

Bilimsel verilerin ortaya koyduğu gelişim süreci, tek bir hücreden trilyonlarca hücrenin organize bir şekilde ortaya çıkmasıyla sonuçlanan, her aşaması hassas bir şekilde kontrol edilen ve son derece düzenli bir olaylar dizisidir. Bu süreç, genetik kodun belirli bir sıra ve zamanlama ile okunmasından <sup>6</sup>, bu kodun yorumlanmasını sağlayan epigenetik işaretlerin hassas bir şekilde yerleştirilmesine <sup>7</sup>, hücreler arası iletişimi sağlayan sinyal yolaklarının bir orkestra uyumu içinde aktive edilmesine <sup>19</sup> ve nihayetinde fiziksel kuvvetlerin dokuyu şekillendirmesine <sup>22</sup> kadar her seviyede kendini gösteren şaşmaz bir nizam sergilemektedir.

Bu nizam, basit bir tekrar veya düzenlilikten öte, iki temel özelliği bünyesinde barındıran sofistike bir kontrol mimarisinin ürünüdür: &quot;sağlamlık&quot; (robustness) ve &quot;plastisite&quot; (plasticity). Sistem bir yandan, genetik mutasyonlar veya çevresel dalgalanmalar gibi iç ve dış pertürbasyonlara rağmen, tutarlı bir şekilde hedeflenen normal organizma formunu üretebilecek kadar sağlam ve kararlıdır.<sup>53</sup> Bu sağlamlık, hataları algılayan ve düzelten geri besleme döngüleri <sup>38</sup>, yedekli (redundant) mekanizmalar ve apoptoz gibi kalite kontrol sistemleri aracılığıyla temin edilir.<sup>43</sup> Diğer yandan sistem, değişen çevresel koşullara (örneğin mekanik gerilim veya besin mevcudiyeti) uyum sağlamak için gelişimsel yollarını adapte edebilecek bir esnekliğe, yani plastisiteye de sahiptir.<sup>53</sup>

Bu iki özelliğin, yani hem hedefe kilitlenmiş bir kararlılığın hem de duruma göre ayarlanabilen bir esnekliğin aynı sistemde bir arada bulunması, dikkat çekicidir. Sürecin işleyişi incelendiğinde, bu dengenin nasıl kurulduğuna dair ipuçları belirginleşir. Gelişimin her aşaması, bir sonraki aşama için bir ön koşul oluşturur ve olaylar rastgele değil, belirli kurallara dayalı bir mantık silsilesi içinde ilerler.<sup>3</sup> Gen düzenleyici ağlardaki geri besleme döngüleri, sistemin kendini sürekli olarak denetlemesini ve hataları minimize etmesini sağlar.<sup>38</sup> Örneğin, bir hücrenin kaderini belirleyen bir anahtar mekanizma, pozitif geri besleme ile geri döndürülemez hale getirilirken, aynı zamanda negatif geri besleme döngüleri bu kararın aşırıya kaçmasını önler. Bu, bir sistemin hem kararlı bir şekilde hedefine ilerlemesini hem de gerektiğinde esnek kalabilmesini sağlayan, basit, doğrusal bir nedensellik zinciriyle açıklanması zor, çok katmanlı bir kontrol mimarisinin varlığını düşündürür. Bu durum, belirli bir amaca, yani fonksiyonel bir organizmanın inşasına yönelik, önceden planlanmış ve hassas bir şekilde ayarlanmış bir sistemin özelliklerini yansıtmaktadır. Sinyal yolaklarındaki kaskadların, yani bir molekülün diğerini domino taşları gibi hassas bir şekilde aktive etmesinin ve bu yolakların kesişim noktalarındaki (crosstalk) ince ayarların varlığı, bu planlı işleyişin delillerindendir.

<span id="alt-bölüm-2.2-nedensellikteki-kısayollar-indirgemeci-dilin-eleştirisi"></span>
=== Alt Bölüm 2.2: Nedensellikteki Kısayollar: İndirgemeci Dilin Eleştirisi ===

Modern biyoloji literatürü, gelişimsel süreçleri açıklarken sıklıkla cansız moleküllere, genlere veya süreçlere aktif, kasıtlı ve iradi fiiller atfeden bir dil kullanma eğilimindedir. &quot;Notch sinyali hücre kaderini belirler&quot; <sup>20</sup>, &quot;Genler, protein üretmek üzere açılmayı veya kapanmayı kontrol eder&quot; <sup>6</sup> veya &quot;Mekanik kuvvetler hücre farklılaşmasını yönlendirir&quot; <sup>32</sup> gibi ifadeler, bilimsel anlatımda yaygın olarak karşılaşılan örneklerdir. Bu dil, karmaşık olguları basitleştirerek anlaşılır kılma noktasında pratik bir &quot;kavramsal kısayol&quot; işlevi görse de, belirtilen felsefi çerçeveden bakıldığında, nedenselliğin eksik ve yanıltıcı bir şekilde atfedilmesine yol açmaktadır.

Bu indirgemeci dilin temel sorunu, fail ile fiilin işlendiği mekanizmayı veya kanunu birbirine karıştırmasıdır. Bir süreci veya o süreci yöneten kuralı isimlendirmek, o sürecin veya kuralın kendisinin nasıl var olduğunu ve neden o belirli şekilde işlediğini açıklamaz. Örneğin, &quot;yerçekimi kanunu elmaları düşürür&quot; ifadesi, yerçekiminin kendisinin bir fail olduğunu ima eder. Halbuki yerçekimi kanunu, kütleler arasındaki etkileşimin nasıl gerçekleştiğinin bir ''tanımıdır'', bu etkileşimi var eden bir fail değildir. Benzer şekilde, &quot;gen düzenleyici ağ, hücre kaderini seçer&quot; ifadesi, cansız moleküllerden oluşan bir ağa bilinç, irade ve seçme kabiliyeti yükler.

Bu yaklaşımın ardındaki akıl yürütme şu şekilde analiz edilebilir:

# &quot;Gen X, Y proteinini kodlar&quot; ifadesi, bilimsel bir gözlemin nesnel bir tanımıdır.
# Ancak &quot;Gen X, Y proteinini yapmaya karar verdi&quot; veya daha örtük olarak &quot;Gen X, Y proteinini yaptı&quot; ifadesi, cansız bir DNA parçasına kasıt ve kudret atfeder. Bu, bir açıklama değil, bir metaforik kısayoldur.
# Asıl ve daha derin bilimsel ve felsefi sorular şunlardır: Bu genin o belirli proteini kodlamasını sağlayan bilgi (sekans) nereden gelmiştir? O genin, trilyonlarca hücrelik bir organizmada, tam olarak doğru zamanda, doğru hücrede ve doğru miktarda okunmasını sağlayan o karmaşık düzenleyici ağ (transkripsiyon faktörleri, sinyal yolakları, epigenetik işaretler) nasıl kurulmuştur ve bu ağa bu görevi kim vermiştir?
# Dolayısıyla, indirgemeci dil, bu nihai nedensellik sorularını genellikle göz ard ederek veya cevabı mekanizmanın kendisine yükleyerek, ara mekanizmaları (genler, proteinler, kanunlar) nihai fail gibi sunar. Bu, bilimsel verinin kendisinden zorunlu olarak çıkan bir sonuç değil, materyalist bir felsefi ön kabulün dile yansımasıdır. Bu dil, sürecin &quot;nasıl&quot; işlediğine dair değerli bilgiler sunarken, &quot;kim tarafından&quot; veya &quot;hangi amaçla&quot; işletildiği sorularını geçersiz kılar veya bu soruların cevabını yine cansız sebeplere havale eder. &quot;Ana düzenleyici gen&quot; gibi terimler, bu genin neden &quot;ana&quot; ve &quot;düzenleyici&quot; olduğunu değil, sadece işlevini isimlendirir. &quot;Kendi kendini organize etme&quot; (self-organization) kavramı da benzer şekilde, organizasyon için gerekli olan bilgi ve kuralların kaynağını açıklamaktan ziyade, süreci betimler.

<span id="alt-bölüm-2.3-hammadde-ve-sanat-ayrımı-atomlardan-dokulara"></span>
=== Alt Bölüm 2.3: Hammadde ve Sanat Ayrımı: Atomlardan Dokulara ===

Gelişim biyolojisinin ortaya koyduğu tablo, en temel düzeyde, bir hammadde ve o hammaddeden inşa edilen bir sanat eseri arasındaki ilişki olarak analiz edilebilir. Bu sürecin hammaddesi, evrendeki diğer tüm cansız varlıklar gibi, temelde şuursuz, hayatsız ve amaçsız atomlardır: karbon, hidrojen, oksijen, azot ve diğer elementler.<sup>56</sup> Bu hammaddeden inşa edilen nihai &quot;eser&quot; ise, örneğin bir sinir hücresi (nöron), bir göz hücresi (fotoreseptör) veya bir kalp kası hücresi (kardiyomiyosit) gibi, hammaddede asla bulunmayan, tamamen yeni ve niteliksel olarak farklı özelliklere sahip yapılardır.

Hammadde ile sanat eseri arasında basit bir toplamsallığın ötesinde, niteliksel bir sıçrama mevcuttur. Suyun akışkanlığı, çözücülüğü veya kaldırma kuvveti gibi özellikleri, onu oluşturan tekil hidrojen ve oksijen atomlarının özelliklerinin basit bir toplamı değildir. Bu özellikler, bu iki atomun belirli bir açı (104.5∘) ve belirli bir bağ uzunluğu ile, son derece özel bir plana göre bir araya getirilmesinden doğan &quot;emergent&quot; (zuhur eden) özelliklerdir. Benzer şekilde, bir hücrenin en temel özelliği olan &quot;hayat&quot; veya daha ileri düzeyde bir nöronun &quot;sinyal iletme&quot;, bir fotoreseptörün &quot;ışığı algılama&quot; veya bir kardiyomiyositin &quot;ritmik kasılma&quot; gibi fonksiyonları, o hücreyi oluşturan proteinler, lipidler ve nükleik asitlerde tek tek mevcut değildir. Bu fevkalade özellikler, cansız ve tek başlarına bir anlam ifade etmeyen bu moleküler bileşenlerin, belirli bir plana, ölçüye ve amaca hizmet edecek şekilde, son derece karmaşık bir mimariyle bir araya getirilmesinin bir sonucudur.

Bu durum, bir yığın tuğla, kum ve çimento ile o malzemelerden inşa edilmiş bir saray arasındaki farka benzetilebilir. Sarayın mimari planı, estetik değeri, odalarının işlevselliği ve sağlamlığı, tek bir tuğlanın veya bir kum tanesinin içinde bulunmaz. Bu özellikler, malzemeye dışarıdan bir ilim, irade ve kudret sahibi birisinin müdahalesiyle, onun planına ve sanatına göre verilmiştir. Benzer bir akıl yürütmeyle şu sorular ortaya çıkar:

# Temel bileşenler olan şuursuz atomlar ve moleküller, kendi başlarına ne yapacaklarını bilmezler ve bir amaç gütmezler. Öyleyse, bu bileşenler, son derece karmaşık ve belirli bir amaca hizmet eden fonksiyonel yapılar olan hücreleri ve dokuları oluşturmak üzere nasıl bir araya getirilmiştir?
# Görmeyen, duymayan, hissetmeyen atomlar, nasıl olup da ışığı algılayıp bunu elektrik sinyaline dönüştüren bir gözü; ses dalgalarını yorumlayan bir kulağı; acıyı, sevinci ve dokunmayı hisseden bir sinir sistemini inşa etmiştir? Hammaddede bulunmayan bu sanatlı özellikler, esere nereden gelmiştir?
# Tek bir zigot hücresinin DNA'sında yazılı olan tek boyutlu genetik bilgi (hammadde), nasıl üç boyutlu, dinamik, zamanla değişen ve işlevsel bir organizmaya (sanat eseri) dönüştürülmüştür? Cansız harfler olan nükleotidler, kendilerinde olmayan bir planı takip ederek, nasıl canlı ve anlamlı bir &quot;kitap&quot; olan organizmayı oluşturmuştur?

Bu analiz, canlılığın ve doku oluşumunun sadece malzeme meselesi olmadığını; malzemenin ötesinde, o malzemeyi belirli bir amaca yönelik olarak tertip eden bir ilim, irade ve sanatın varlığını aklen zorunlu kıldığını düşündürür. Ortaya çıkan eser, hammaddenin özelliklerini aşan ve onu aşan bir sanat ve plan sergilemektedir.

<span id="sonuç"></span>
== Sonuç ==

Bu rapor boyunca detaylandırıldığı üzere, tek bir döllenmiş yumurta hücresinden karmaşık bir organizmanın meydana gelmesi, çok katmanlı, iç içe geçmiş ve fevkalade hassas bir kontrol sisteminin işleyişiyle mümkün olmaktadır. Genetik kodun bir plan gibi kullanıldığı, epigenetik mekanizmalarla bu planın hangi kısımlarının hangi hücrelerde okunacağının belirlendiği, hücrelerarası sinyal ağlarıyla kusursuz bir koordinasyonun sağlandığı ve fiziksel kuvvetlerle dokuların üç boyutlu mimarisinin inşa edildiği bu süreç, her aşamasında derin bir nizam ve hassasiyet sergilemektedir.

Bilimsel veriler, bu sistemin sadece düzenli değil, aynı zamanda &quot;sağlam&quot; (robust) olduğunu da göstermektedir. Gen düzenleyici ağlardaki geri besleme döngüleri, yedekli sinyal yolakları ve programlanmış hücre ölümü gibi kalite kontrol mekanizmaları, gelişim sürecini iç ve dış etkenlerden kaynaklanabilecek hatalara karşı koruyarak hedeflenen sonucun tutarlı bir şekilde elde edilmesini temin etmektedir. Sürecin her bir basamağı, bir sonraki basamak için bir temel teşkil etmekte ve olaylar zinciri, belirli bir gayeye, yani fonksiyonel ve bütüncül bir canlının inşasına yönelik bir seyir izlemektedir.

Bu raporda sunulan bilimsel deliller, hayatın başlangıcını ve gelişimini yöneten mekanizmaların karmaşıklığını, düzenini ve sanatlı yapısını gözler önüne sermektedir. Bu deliller ışığında, cansız atomların ve basit moleküllerin, kendilerinde bulunmayan bir ilim, plan ve sanatla nasıl olup da canlı, hisseden, gören ve işiten dokuları ve organları meydana getirdiği sorusu ortaya çıkmaktadır. Bu kanıtlar ve işaretler ortaya konulmuştur; sunulan bu delillerden hareketle nihai bir hükme varmak, her bir bireyin kendi aklına ve vicdanına bırakılmıştır.

<span id="kaynakça"></span>
== Kaynakça ==

Alsina, B. (2020). Mechanisms of cell specification and differentiation in vertebrate cranial sensory systems. ''Current Opinion in Cell Biology, 67'', 79–85. [https://doi.org/10.1016/j.ceb.2020.08.006 <u>https://doi.org/10.1016/j.ceb.2020.08.006</u>] <sup>57</sup>

Artavanis-Tsakonas, S., Rand, M. D., &amp; Lake, R. J. (1999). Notch signaling: cell fate control and signal integration in development. ''Science, 284''(5415), 770–776. [https://doi.org/10.1126/science.284.5415.770 <u>https://doi.org/10.1126/science.284.5415.770</u>] <sup>20</sup>

Biehl, J. K., &amp; Russell, B. (2009). Introduction to stem cell therapy. ''The Journal of cardiovascular nursing, 24''(2), 98–103. [https://doi.org/10.1097/JCN.0b013e318197a6d5 <u>https://doi.org/10.1097/JCN.0b013e318197a6d5</u>] <sup>21</sup>

Bonasio, R., Tu, S., &amp; Reinberg, D. (2010). Molecular signals of epigenetic states. ''Science, 330''(6004), 612–616. [https://doi.org/10.1126/science.1191078 <u>https://doi.org/10.1126/science.1191078</u>] <sup>10</sup>

Brabletz, T., &amp; Schmalhofer, O. (2009). Notch in cancer: a knife at the edge. ''The Journal of pathology, 219''(4), 393–395. [https://doi.org/10.1002/path.2635 <u>https://doi.org/10.1002/path.2635</u>] <sup>21</sup>

Çetinkaya, D. Ü. (n.d.). ''Kök Hücre Tedavileri: Güncel Durum ve Gelecek''. Diyabet Cemiyeti. <sup>33</sup>

Chaudhuri, O., Cooper-White, J. J., Janmey, P. A., Mooney, D. J., &amp; Shenoy, V. B. (2020). Effects of extracellular matrix viscoelasticity on cellular behaviour. ''Nature, 584''(7822), 535–546. [https://doi.org/10.1038/s41586-020-2612-2 <u>https://doi.org/10.1038/s41586-020-2612-2</u>] <sup>58</sup>

Chera, S., Ghila, L., Dobretz, K., Wenger, Y., Bauer, C., Buzgariu, W.,... &amp; Galliot, B. (2009). Apoptotic cells provide instructive signals for regeneration. ''Development, 136''(24), 4167–4176. [https://doi.org/10.1242/dev.038439 <u>https://doi.org/10.1242/dev.038439</u>] <sup>44</sup>

Çiftçi, B. (n.d.-a). ''Döllenme''. Dr. Banu Çiftçi. <sup>59</sup>

Çiftçi, B. (n.d.-b). ''Hamilelik Nasıl Oluşur?'' Dr. Banu Çiftçi. <sup>5</sup>

Civelek, M., &amp; Aydın, S. (2017). Notch Sinyal Yolağı ve Karsinogenez. ''Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 39''(2), 111-122. <sup>20</sup>

Clause, K. C., &amp; Gursche, A. (2010). Stem cells. ''Orthopaedic Nursing, 29''(4), 253-259. <sup>21</sup>

Culley, M. K., Zhao, Z., Perry, J. S., &amp; Myung, P. (2021). Dermal fibroblast-derived IGF1 and WNT4 mediate epidermal stratification in human skin. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 9'', 628039. [https://doi.org/10.3389/fcell.2021.628039 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2021.628039</u>] <sup>2</sup>

de Winter, M., &amp; Nusse, R. (2021). Wnt signaling in adipocyte lineage commitment. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 9'', 627429. [https://doi.org/10.3389/fcell.2021.627429 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2021.627429</u>] <sup>2</sup>

Devkate, T., Misra, V., &amp; Singh, K. P. (2019). Stem cells: a revolution in the field of veterinary medicine. ''Veterinary World, 12''(1), 133. <sup>21</sup>

Duman, E. A., &amp; Vatansever, H. S. (2015). Kök Hücreler ve Kanser Kök Hücreleri. ''Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, 16''(1), 43-51. <sup>4</sup>

Foty, R. A. (2011). Cadherin-containing classic cell-cell adhesions in tissue morphogenesis and cancer. ''Scientifica, 2011'', 789562. [https://doi.org/10.5964/2011/789562 <u>https://doi.org/10.5964/2011/789562</u>] <sup>26</sup>

Gelişim Üniversitesi. (n.d.). ''Kanser Hücre Biyolojisi ve Karsinogenez Mekanizmaları''. <sup>60</sup>

Gilbert, P. M., Havenstrite, K. L., Magnus, K. E., Sacco, A., Leonardi, N. A.,... &amp; Blau, H. M. (2010). Substrate elasticity regulates skeletal muscle stem cell self-renewal in culture. ''Science, 329''(5995), 1078–1081. [https://doi.org/10.1126/science.1191035 <u>https://doi.org/10.1126/science.1191035</u>] <sup>28</sup>

Gjorevski, N., Sachs, N., Manfrin, A., Giger, S., Bragina, M. E.,... &amp; Lutolf, M. P. (2016). Designer matrices for intestinal stem cell and organoid culture. ''Nature, 539''(7630), 560–564. [https://doi.org/10.1038/nature20168 <u>https://doi.org/10.1038/nature20168</u>] <sup>58</sup>

Hannezo, E., &amp; Heisenberg, C. P. (2019). Mechanochemical feedback loops in development and disease. ''Cell, 178''(1), 12–25. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.051 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.051</u>] <sup>58</sup>

Harris, A. R., Daeden, A., &amp; Charras, G. T. (2018). Formation of adherens junctions leads to the emergence of a tissue-level tension. ''Current Biology, 28''(15), 2509–2516.e4. [https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.05.093 <u>https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.05.093</u>] <sup>58</sup>

Heisenberg, C. P., &amp; Bellaïche, Y. (2013). Forces in tissue morphogenesis and patterning. ''Cell, 153''(5), 948–962. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.05.008 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.05.008</u>] <sup>58</sup>

Hengartner, M. O. (2000). The biochemistry of apoptosis. ''Nature, 407''(6805), 770–776. [https://doi.org/10.1038/35037710 <u>https://doi.org/10.1038/35037710</u>] <sup>44</sup>

Ieda, M., Fu, J. D., Delgado-Olguin, P., Vedantham, V., Hayashi, Y.,... &amp; Srivastava, D. (2010). Direct reprogramming of fibroblasts into functional cardiomyocytes by a defined set of transcription factors. ''Cell, 142''(3), 375–386. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.07.002 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.07.002</u>] <sup>10</sup>

Jia, D., &amp; He, L. (2022). Editorial: Mechanisms of cellular differentiation, organ development, and novel model systems. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 10'', 9387653. [https://doi.org/10.3389/fcell.2022.9387653 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2022.9387653</u>] <sup>2</sup>

Karagöz, G. E. (2020). ''Gen İfadesi Ne Demek? Genler Nasıl Düzenlenir?'' Evrim Ağacı. <sup>6</sup>

Ketani, M. A., &amp; Sağsöz, H. (2014). Blastosist Gelişimi; Hücre Soylarının Farklanma Mekanizmaları. ''Sağlık Bilimleri Dergisi (Journal of Health Sciences), 23''(3), 244-250. <sup>3</sup>

Khan Academy. (n.d.-a). ''Hücre-içi sinyal iletimine giriş''. <sup>18</sup>

Khan Academy. (n.d.-b). ''Hücre döngüsü kontrol noktaları''. <sup>61</sup>

Kheradmand, F., &amp; Lasonder, E. (2014). The role of histone lysine methylation in the establishment and maintenance of epigenetic memory. ''Frontiers in Genetics, 5'', 19. [https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00019 <u>https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00019</u>] <sup>10</sup>

Kim, Y., Perens, E. A., Noll, E., &amp; Shvartsman, S. Y. (2010). A new mechanism for spatial integration of signaling pathways. ''Current Biology, 20''(5), R207–R208. [https://doi.org/10.1016/j.cub.2010.01.037 <u>https://doi.org/10.1016/j.cub.2010.01.037</u>] <sup>62</sup>

Krasovec, G., Lévêque, C., &amp; Le Bivic, A. (2022). The constructive function of apoptosis in animal morphogenesis. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 10'', 1033645. [https://doi.org/10.3389/fcell.2022.1033645 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2022.1033645</u>] <sup>44</sup>

Kuznietsov, Y. (n.d.). ''Hücre Farklılaşması: Uzmanlaşma ve Gelişim''. GlobalYO. <sup>63</sup>

Lander, A. D. (2011). Pattern, growth, and control. ''Cell, 144''(6), 955–969. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.013 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.013</u>] <sup>26</sup>

Levayer, R., Dupont, C., &amp; Moreno, E. (2016). Tissue crowding induces caspase-dependent competition for space. ''Current Biology, 26''(5), 670–677. [https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.12.072 <u>https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.12.072</u>] <sup>45</sup>

Li, C., &amp; Wang, J. (2011). Quantifying Waddington's epigenetic landscape: a comparison of single-cell potency, entropy, and transition probability. ''PLoS ONE, 6''(10), e25785. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025785 <u>https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025785</u>] <sup>64</sup>

Liu, K., &amp; Wang, H. (2023). Editorial: Epigenetic and molecular control of development and germ cell fate determination. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 11'', 1274602. [https://doi.org/10.3389/fcell.2023.1274602 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2023.1274602</u>] <sup>16</sup>

Mammoto, A., &amp; Ingber, D. E. (2010). Mechanical control of tissue and organ development. ''Development, 137''(9), 1407–1420. [https://doi.org/10.1242/dev.024173 <u>https://doi.org/10.1242/dev.024173</u>] <sup>22</sup>

Martínez-Arias, A. (2017). Signaling pathways in embryonic development. ''Frontiers in Cell and Developmental Biology, 5'', 76. [https://doi.org/10.3389/fcell.2017.00076 <u>https://doi.org/10.3389/fcell.2017.00076</u>] <sup>19</sup>

Memorial Sağlık Grubu. (2025). ''Epigenetik Nedir?'' <sup>7</sup>

Monier, B., Gettings, M., Gay, G., Mangeat, T., Schott, S.,... &amp; Leca-Buccheri, M. (2015). Apico-basal forces exerted by apoptotic cells drive epithelium folding. ''Nature, 518''(7538), 245–248. [https://doi.org/10.1038/nature14152 <u>https://doi.org/10.1038/nature14152</u>] <sup>44</sup>

Nelson, C. M. (2022). Mechanical control of cell differentiation: Insights from the early embryo. ''Annual Review of Biomedical Engineering, 24'', 307–322. [https://doi.org/10.1146/annurev-bioeng-060418-052527 <u>https://doi.org/10.1146/annurev-bioeng-060418-052527</u>] <sup>32</sup>

Number Analytics. (n.d.-a). ''Apoptosis in Morphogenesis: A Comprehensive Guide''. <sup>42</sup>

Number Analytics. (n.d.-b). ''Apoptosis in Tissue Morphogenesis''. <sup>41</sup>

Number Analytics. (n.d.-c). ''Evo-Devo and Notch Signaling: An Evolutionary Key''. <sup>51</sup>

Number Analytics. (n.d.-d). ''The Power of Feedback Loops in Systems Biology''. <sup>37</sup>

Number Analytics. (n.d.-e). ''The Ultimate Guide to Feedback Loops in Systems Biology''. <sup>39</sup>

Özdemir, Ü., &amp; Can, A. (2016). ''Hücre İçi Sinyal İletimi''. Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi. <sup>17</sup>

Passier, R., &amp; Mummery, C. (2003). Cardiomyocyte differentiation from embryonic stem cells in a sequential and defined way. ''Stem cells, 21''(4), 492-503. <sup>21</sup>

Pittenger, M. F., Discher, D. E., Péault, B. M., Phinney, D. G., Hare, J. M., &amp; Caplan, A. I. (2019). Mesenchymal stem cell perspective: cell biology to clinical progress. ''NPJ regenerative medicine, 4''(1), 1-13. <sup>21</sup>

Pomeroy, J. E., &amp; Brun, C. (2022). Editorial: Developmental plasticity and robustness. ''Frontiers in Genetics, 13'', 7477. <sup>53</sup>

Rørth, P. (2011). Fellow-travellers: fly models of collective cell migration. ''EMBO reports, 12''(9), 902–908. [https://doi.org/10.1038/embor.2011.155 <u>https://doi.org/10.1038/embor.2011.155</u>] <sup>26</sup>

Sánchez Alvarado, A., &amp; Tsonis, P. A. (2014). The stability of the differentiated state: a view from the trenches. ''Development, 141''(13), 2561-2565. [https://doi.org/10.1242/dev.106590 <u>https://doi.org/10.1242/dev.106590</u>] <sup>1</sup>

Song, L., &amp; Tuan, R. S. (2004). Transdifferentiation potential of human mesenchymal stem cells derived from bone marrow. ''The FASEB journal, 18''(9), 980-982. <sup>21</sup>

Takahashi, K., &amp; Yamanaka, S. (2006). Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. ''Cell, 126''(4), 663–676. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.07.024 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.07.024</u>] <sup>10</sup>

Topkaya, A. E. (n.d.). ''Epigenetik''. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti. <sup>11</sup>

Toyama, Y., Peralta, X. G., Wells, A. R., Kiehart, D. P., &amp; Edwards, G. S. (2008). Apoptotic force and tissue dynamics during Drosophila embryogenesis. ''Science, 321''(5896), 1683–1686. [https://doi.org/10.1126/science.1160377 <u>https://doi.org/10.1126/science.1160377</u>] <sup>44</sup>

Türk Nöroloji Derneği. (2022). ''Kök Hücre ile İlgili Güncel Açıklama''. <sup>34</sup>

Tutun, H., &amp; Yilmaz, B. (2021). Kök Hücreler ve Veteriner Hekimlikteki Kullanım Alanları. ''Veteriner Farmakoloji ve Toksikoloji Derneği Bülteni, 12''(2), 52-61. <sup>21</sup>

Uyan, Z. S., &amp; Erdoğdu, İ. H. (2019). Beslenme ve Epigenetik. ''Beslenme ve Diyet Dergisi, 47''(3), 102-108. <sup>12</sup>

Vatansever, H. S., &amp; Süt, N. (2014). Epigenetik Düzenleme ve Kanser. ''Klinik Gelişim, 27''(1), 1-6. <sup>8</sup>

Wang, H., &amp; Liu, K. (2014). The role of histone lysine methylation in the establishment and maintenance of epigenetic memory. ''Frontiers in Genetics, 5'', 19. [https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00019 <u>https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00019</u>] <sup>10</sup>

Xue, G., Zhang, X., Li, W., Zhang, L., Zhang, Z.,... &amp; Li, Z. (2024). A logic-incorporated gene regulatory network deciphers principles in cell fate decisions. ''eLife, 13'', e88742. [https://doi.org/10.7554/eLife.88742 <u>https://doi.org/10.7554/eLife.88742</u>] <sup>35</sup>

Yalçın, A., &amp; Yalçın, E. D. (2022). Osteoporoz Epigenetiği. ''Türk Osteoporoz Dergisi, 28''(3), 133-141. <sup>14</sup>

Yamanaka, S. (2009). A fresh look at iPS cells. ''Cell, 137''(1), 13–17. [https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.03.034 <u>https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.03.034</u>] <sup>30</sup>

Yu, J., Vodyanik, M. A., Smuga-Otto, K., Antosiewicz-Bourget, J., Frane, J. L.,... &amp; Thomson, J. A. (2007). Induced pluripotent stem cell lines derived from human somatic cells. ''Science, 318''(5858), 1917–1920. [https://doi.org/10.1126/science.1151526 <u>https://doi.org/10.1126/science.1151526</u>] <sup>31</sup>

Zhang, D., &amp; Li, Z. (2024). A logic-incorporated &quot;minimal&quot; tristable regulatory network explains fundamental cell fate decisions. ''SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 23''(2), 1234-1256. [https://doi.org/10.1137/24M1663090 <u>https://doi.org/10.1137/24M1663090</u>] <sup>40</sup>

Çeşitli. (2021). Ekzozomlar. ''Kök Hücre Bülteni, 51''. <sup>13</sup>

Çeşitli. (n.d.). ''Hücre farklılaşmasının moleküler temeli''. Anadolu Üniversitesi. <sup>67</sup>

Çeşitli. (n.d.). ''Evolutionary developmental biology''. Wikipedia. <sup>46</sup>

Çeşitli. (n.d.). ''Evo-devo gene toolkit''. Wikipedia. <sup>47</sup>

Çeşitli. (n.d.). ''Transkripsiyon faktörü''. Wikipedia. <sup>68</sup>

<span id="alıntılanan-çalışmalar"></span>
==== Alıntılanan çalışmalar ====

# Rethinking differentiation: Stem cells, regeneration, and plasticity - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4074550/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4074550/</u>]
# Editorial: Mechanisms of cellular differentiation, organ development ..., erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9387653/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9387653/</u>]
# Blastosist gelişimi; hücre soylarının farklanma ... - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/674102 <u>https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/674102</u>]
# Makale » Kök Hücre Üretiminde Güncel Yaklaşımlar - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://dergipark.org.tr/tr/pub/aktd/issue/2215/29411 <u>https://dergipark.org.tr/tr/pub/aktd/issue/2215/29411</u>]
# Hamilelik Nasıl Oluşur? - Op.Dr. Banu Çiftçi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://drbanuciftci.com/sayfa/hamilelik-nasil-olusur <u>https://drbanuciftci.com/sayfa/hamilelik-nasil-olusur</u>]
# Gen İfadesi Ne Demek? Genler Nasıl Düzenlenir? - Evrim Ağacı, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://evrimagaci.org/gen-ifadesi-ne-demek-genler-nasil-duzenlenir-13998 <u>https://evrimagaci.org/gen-ifadesi-ne-demek-genler-nasil-duzenlenir-13998</u>]
# Epigenetik Nedir? Epigenetik ve Sağlık İlişkisi - Memorial, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberi/epigenetik-nedir <u>https://www.memorial.com.tr/saglik-rehberi/epigenetik-nedir</u>]
# Epigenom ve Epigenetik - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/347966 <u>https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/347966</u>]
# Myogenesis - Wikipedia, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://en.wikipedia.org/wiki/Myogenesis <u>https://en.wikipedia.org/wiki/Myogenesis</u>]
# Epigenetic inheritance of cell fates during embryonic ... - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2014.00019/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2014.00019/full</u>]
# Bakteriyel Epigenetik, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.tmc-online.org/userfiles/sunumlar/11_Kas/Aynur_Eren_Topkaya.pdf <u>https://www.tmc-online.org/userfiles/sunumlar/11_Kas/Aynur_Eren_Topkaya.pdf</u>]
# Epigenetik Mekanizmaların Besinlerin Biyoaktif Bileşenleri ile İlişkisi Relationship between Epigenetic Mechanisms and Bioac, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://beslenmevediyetdergisi.org/index.php/bdd/article/download/1274/1092/3461 <u>https://beslenmevediyetdergisi.org/index.php/bdd/article/download/1274/1092/3461</u>]
# Editör'den Aktive Olmuş Nöral Kök Hücreler için Basit bir Biyobelirteç Bulundu... Kök Hücre Biyolojisi Embriyonun İl, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [http://www.kokhucrebulteni.com/sayilar/KHB-Sayi-51.pdf <u>http://www.kokhucrebulteni.com/sayilar/KHB-Sayi-51.pdf</u>]
# Osteoporoz Epigenetiği - Turkish Journal of Osteoporosis, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://turkosteoporozdergisi.org/tr/makaleler/osteoporoz-epigenetigi/tod.galenos.2022.80148 <u>https://turkosteoporozdergisi.org/tr/makaleler/osteoporoz-epigenetigi/tod.galenos.2022.80148</u>]
# Epigenetic regulation of neurogenesis - Wikipedia, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://en.wikipedia.org/wiki/Epigenetic_regulation_of_neurogenesis <u>https://en.wikipedia.org/wiki/Epigenetic_regulation_of_neurogenesis</u>]
# Editorial: Epigenetic and molecular control of development and germ cell fate determination, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2023.1274602/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2023.1274602/full</u>]
# hücrelerde sinyal iletimi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://eczacilik.marmara.edu.tr/dosya/ecz/ders%20notlar%C4%B1/T%C4%B1bbi%20Biyoloji%20%20%282020%29-VI.pdf?_t=1602084159 <u>https://eczacilik.marmara.edu.tr/dosya/ecz/ders%20notlar%C4%B1/T%C4%B1bbi%20Biyoloji%20%20%282020%29-VI.pdf?_t=1602084159</u>]
# Hücreler Arası İletişim (Makale) - Khan Academy, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://tr.khanacademy.org/science/biology/cell-signaling/mechanisms-of-cell-signaling/a/introduction-to-cell-signaling <u>https://tr.khanacademy.org/science/biology/cell-signaling/mechanisms-of-cell-signaling/a/introduction-to-cell-signaling</u>]
# Editorial: Signaling Pathways in Embryonic Development - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2017.00076/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2017.00076/full</u>]
# Notch Sinyal Yolağı ve Karsinogenez - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/299201 <u>https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/299201</u>]
# KÖK HÜCRE ÜRETİMİ, İZOLASYONU VE TEDAVİDE ... - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1875237 <u>https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1875237</u>]
# Physical control of tissue morphogenesis across scales - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6298228/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6298228/</u>]
# Mechanotransduction in development - PubMed, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21501754/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21501754/</u>]
# Cellular Mechanotransduction: From Tension to Function - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/physiology/articles/10.3389/fphys.2018.00824/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/physiology/articles/10.3389/fphys.2018.00824/full</u>]
# Mechanotransduction in Mesenchymal Stem Cells (MSCs) Differentiation: A Review - MDPI, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.mdpi.com/1422-0067/23/9/4580 <u>https://www.mdpi.com/1422-0067/23/9/4580</u>]
# Geometric control of tissue morphogenesis - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2683193/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2683193/</u>]
# In Full Force. Mechanotransduction and Morphogenesis during Homeostasis and Tissue Regeneration - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7711708/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7711708/</u>]
# Mechanisms of mechanical signaling in development and disease - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3001405/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3001405/</u>]
# Mechanobiology in Action: Biomaterials, Devices, and the Cellular Machinery of Force Sensing - MDPI, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.mdpi.com/2218-273X/15/6/848 <u>https://www.mdpi.com/2218-273X/15/6/848</u>]
# Mezenkimal Kök Hücrelerin Kemik Rejenerasyonundaki Rolü ve Ağız Diş ve Çene Cerrahisinde Kullanımı - JournalAgent, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://jag.journalagent.com/z4/download_fulltext.asp?pdir=eudfd&plng=tur&un=EUDFD-98852 <u>https://jag.journalagent.com/z4/download_fulltext.asp?pdir=eudfd&amp;plng=tur&amp;un=EUDFD-98852</u>]
# Highly efficient differentiation of human ES cells and iPS cells into mature pancreatic insulin-producing cells - PubMed, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19255591/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19255591/</u>]
# Mechanical Control of Cell Differentiation: Insights from the Early ..., erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35385680/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35385680/</u>]
# günümüzde kök hücre ve hücresel tedavilere bakış - Türk Diyabet Cemiyeti, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://diyabetcemiyeti.org/uploads/57/duygu-uckan-cetinkaya.pdf <u>https://diyabetcemiyeti.org/uploads/57/duygu-uckan-cetinkaya.pdf</u>]
# Kök Hücre ile ilgili Güncel Açıklama - Anasayfa | Türkiye Çocuk Nörolojisi Derneği, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://cnd.org.tr/icerik/haberler-ve-duyurular-1/kok-hucre-ile-ilgili-guncel-aciklama-166 <u>https://cnd.org.tr/icerik/haberler-ve-duyurular-1/kok-hucre-ile-ilgili-guncel-aciklama-166</u>]
# A Logic-incorporated Gene Regulatory Network Deciphers Principles in Cell Fate Decisions | Request PDF - ResearchGate, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.researchgate.net/publication/379318308_A_Logic-incorporated_Gene_Regulatory_Network_Deciphers_Principles_in_Cell_Fate_Decisions <u>https://www.researchgate.net/publication/379318308_A_Logic-incorporated_Gene_Regulatory_Network_Deciphers_Principles_in_Cell_Fate_Decisions</u>]
# A logic-incorporated gene regulatory network deciphers principles in cell fate decisions, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://elifesciences.org/articles/88742 <u>https://elifesciences.org/articles/88742</u>]
# The Power of Feedback Loops in Systems Biology - Number Analytics, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/power-feedback-loops-systems-biology <u>https://www.numberanalytics.com/blog/power-feedback-loops-systems-biology</u>]
# Feedback loops and reciprocal regulation: recurring motifs in the systems biology of the cell cycle - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3836843/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3836843/</u>]
# Unlocking Systems Biology with Feedback Loops - Number Analytics, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/ultimate-guide-feedback-loops-systems-biology <u>https://www.numberanalytics.com/blog/ultimate-guide-feedback-loops-systems-biology</u>]
# A Logic-Incorporated “Minimal” Tristable Regulatory Network Explains Fundamental Cell Fate Decisions | SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://epubs.siam.org/doi/abs/10.1137/24M1663090 <u>https://epubs.siam.org/doi/abs/10.1137/24M1663090</u>]
# Apoptosis in Tissue Morphogenesis - Number Analytics, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/apoptosis-tissue-morphogenesis <u>https://www.numberanalytics.com/blog/apoptosis-tissue-morphogenesis</u>]
# Apoptosis in Morphogenesis: A Comprehensive Guide - Number Analytics, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/apoptosis-in-morphogenesis-guide <u>https://www.numberanalytics.com/blog/apoptosis-in-morphogenesis-guide</u>]
# Shaping organisms with apoptosis - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3619238/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3619238/</u>]
# The constructive function of apoptosis: More than a dead-end job - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2022.1033645/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2022.1033645/full</u>]
# Apoptotic forces in tissue morphogenesis - PubMed, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27771340/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27771340/</u>]
# Evolutionary developmental biology - Wikipedia, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://en.wikipedia.org/wiki/Evolutionary_developmental_biology <u>https://en.wikipedia.org/wiki/Evolutionary_developmental_biology</u>]
# Evo-devo gene toolkit - Wikipedia, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://en.wikipedia.org/wiki/Evo-devo_gene_toolkit <u>https://en.wikipedia.org/wiki/Evo-devo_gene_toolkit</u>]
# Conservation and co-option in developmental programmes: the importance of homology relationships - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1282587/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1282587/</u>]
# Notch Signaling in Insect Development: A Simple Pathway with Diverse Functions - MDPI, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.mdpi.com/1422-0067/24/18/14028 <u>https://www.mdpi.com/1422-0067/24/18/14028</u>]
# Conservation of the Notch signalling pathway in mammalian neurogenesis - PubMed, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9102301/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9102301/</u>]
# Notch Signaling: The Evolutionary Key - Number Analytics, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/evo-devo-notch-signaling-evolutionary-key <u>https://www.numberanalytics.com/blog/evo-devo-notch-signaling-evolutionary-key</u>]
# Evolution and Function of the Notch Signaling Pathway: An Invertebrate Perspective - MDPI, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.mdpi.com/1422-0067/25/6/3322 <u>https://www.mdpi.com/1422-0067/25/6/3322</u>]
# Developmental Plasticity and Robustness | Frontiers Research Topic, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/research-topics/7477/developmental-plasticity-and-robustness/magazine <u>https://www.frontiersin.org/research-topics/7477/developmental-plasticity-and-robustness/magazine</u>]
# Biological Robustness: Paradigms, Mechanisms, and Systems Principles - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2012.00067/full <u>https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2012.00067/full</u>]
# Mechanisms of robustness in gene regulatory networks involved in neural development - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9940843/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9940843/</u>]
# TiKiPedi Yayın Anayasası.docx
# Mechanisms of cell specification and differentiation in vertebrate cranial sensory systems, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32950922/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32950922/</u>]
# Harnessing mechanobiology for tissue engineering - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7855912/ <u>https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7855912/</u>]
# Döllenme - Op.Dr. Banu Çiftçi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://drbanuciftci.com/sayfa/dollenme <u>https://drbanuciftci.com/sayfa/dollenme</u>]
# Kanser Hücre Biyolojisi ve Karsinogenez Mekanizmaları - Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu - Patoloji Laboratuvar Teknikleri - İstanbul Gelişim Üniversitesi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://shmyo.gelisim.edu.tr/tr/akademik-bolum-patoloji-laboratuvar-teknikleri-haber-kanser-hucre-biyolojisi-ve-karsinogenez-mekanizmalari <u>https://shmyo.gelisim.edu.tr/tr/akademik-bolum-patoloji-laboratuvar-teknikleri-haber-kanser-hucre-biyolojisi-ve-karsinogenez-mekanizmalari</u>]
# Cell cycle checkpoints (article) | Khan Academy, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.khanacademy.org/science/biology/cellular-molecular-biology/stem-cells-and-cancer/a/cell-cycle-checkpoints-article <u>https://www.khanacademy.org/science/biology/cellular-molecular-biology/stem-cells-and-cancer/a/cell-cycle-checkpoints-article</u>]
# Chemical competition: Research identifies new mechanism regulating embryonic development - Princeton University, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.princeton.edu/news/2010/03/09/chemical-competition-research-identifies-new-mechanism-regulating-embryonic <u>https://www.princeton.edu/news/2010/03/09/chemical-competition-research-identifies-new-mechanism-regulating-embryonic</u>]
# Hücresel Nasıl Çalışır? İnceliklerin Ortaya Çıkarılması [2024] | Global YO, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.globalyo.com/tr/blog/unveiling-the-intricacies-how-does-cellular-work/ <u>https://www.globalyo.com/tr/blog/unveiling-the-intricacies-how-does-cellular-work/</u>]
# Branching and oscillations in the epigenetic landscape of cell-fate determination | bioRxiv, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/007831v4.full-text <u>https://www.biorxiv.org/content/10.1101/007831v4.full-text</u>]
# www.numberanalytics.com, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.numberanalytics.com/blog/ultimate-guide-feedback-loops-systems-biology#:~:text=Importance%20of%20Feedback%20Loops%20in%20Biological%20Systems,-Feedback%20loops%20are&text=They%20enable%20cells%20and%20organisms,metabolic%20pathways%2C%20and%20disease%20processes. <u>https://www.numberanalytics.com/blog/ultimate-guide-feedback-loops-systems-biology#:~:text=Importance%20of%20Feedback%20Loops%20in%20Biological%20Systems,-Feedback%20loops%20are&amp;text=They%20enable%20cells%20and%20organisms,metabolic%20pathways%2C%20and%20disease%20processes.</u>]
# A logic-incorporated gene regulatory network deciphers principles in cell fate decisions, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38652107/ <u>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38652107/</u>]
# Hücre Farklılaşmasının Moleküler Temeli İçerik - Anadolu Üniversitesi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://www.anadolu.edu.tr/akademik/enstituler/ders/88783/hucre-farklilasmasinin-molekuler-temeli/ders-icerik <u>https://www.anadolu.edu.tr/akademik/enstituler/ders/88783/hucre-farklilasmasinin-molekuler-temeli/ders-icerik</u>]
# Transkripsiyon faktörü - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, [https://tr.wikipedia.org/wiki/Transkripsiyon_fakt%C3%B6r%C3%BC <u>https://tr.wikipedia.org/wiki/Transkripsiyon_fakt%C3%B6r%C3%BC</u>]