Dokunun Tanımı

HİSTOLOJİ: HÜCRELERİN İŞ BİRLİĞİ SANATI

Tek bir hücreden, trilyonlarca hücrenin hayret verici bir uyum ve iş birliği içinde çalıştığı karmaşık organizmaların meydana gelmesi, varlık sahasındaki en dikkat çekici olgulardan biridir. Bu muazzam yolculuk, tek bir hücrenin bölünerek çoğalması ve ardından farklılaşarak belirli görevleri üstlenen uzmanlaşmış hücre topluluklarını, yani dokuları teşkil etmesiyle ilerler. Bir organizmanın mimarisi, bu temel yapı taşları olan dokuların üzerine inşa edilir. Her bir doku, belirli bir vazifeyi yerine getirmek üzere organize olmuş bir hücreler topluluğu gibidir ve bu topluluğun uyumlu birlikteliği, organları, sistemleri ve nihayetinde canlı bir varlığı oluşturur.

Histoloji veya doku bilimi, canlı organizmaların mikroskobik anatomisini, yani hücrelerin dokuları, dokuların da organları nasıl teşkil ettiğini inceleyen bilim dalıdır.¹ Hücrelerin yapısal özelliklerini, birbirleriyle ve çevreleriyle olan ilişkilerini, bu ilişkilerin altında yatan moleküler mekanizmaları ve tüm bu mimarinin belirli bir işlevi yerine getirmek üzere nasıl bir araya getirildiğini aydınlatır. Bir organizmanın genel fizyolojisi, sağlığı ve hatta hastalık durumları, en temelde bu mikroskobik hücresel iş birliğinin kalitesine ve düzenine bağlıdır. Bu yönüyle histoloji, sadece bir yapı tanımı bilimi değil, aynı zamanda işlevin, düzenin ve sanatın en temel seviyede nasıl iç içe geçtiğini gösteren bir tefekkür penceresidir.

Bu raporun amacı, doku biliminin temel prensiplerini, dört ana doku tipinin (epitel, bağ, kas ve sinir) yapı ve işlevlerini güncel bilimsel bulgular ışığında kapsamlı bir şekilde sunmaktır. Raporun ilk bölümünde, dokuların embriyonik kökenlerinden başlayarak hücresel ve moleküler düzeydeki inşa mekanizmaları detaylandırılacak, ardından dört temel doku tipi incelenecektir. İkinci bölümde ise bu bilimsel veriler, varlığın ve işleyişin daha derin katmanlarına işaret eden; nizam, gaye, nedensellik ve hammadde-sanat ilişkisi gibi kavramsal bir çerçevede analiz edilecektir. Böylece, mikroskobik alemdeki bu harikulade iş birliğinin ardındaki düzen ve sanatın boyutları tefekküre sunulacaktır.

BİLİMSEL AÇIKLAMA VE GÜNCEL BULGULAR

Canlı bir organizmayı oluşturan dokuların her biri, belirli bir kökenden gelen, özel bir iskele üzerine yerleştirilmiş ve birbirine hassas moleküler mekanizmalarla bağlanmış hücre topluluklarıdır. Bu inşa süreci, embriyonik hayatta başlayan ve yaşam boyu devam eden dinamik ve çok katmanlı bir organizasyonun ürünüdür.

Dokuların Kökeni ve İnşa Prensipleri

Çok hücreli bir organizmadaki tüm dokuların kökeni, embriyonik gelişimin erken bir evresinde, gastrulasyon adı verilen bir süreçle farklılaşan üç temel germ yaprağına dayanır: Ektoderm (dış tabaka), Mezoderm (orta tabaka) ve Endoderm (iç tabaka).⁴ Histogenez olarak isimlendirilen bu süreç, başlangıçta birbirine benzeyen ve farklılaşmamış bu hücre katmanlarından, son derece özelleşmiş yapı ve işleve sahip yüzlerce farklı dokunun meydana gelme sürecidir.⁵ Her bir germ yaprağı, belirli doku ve organ sistemlerinin öncüsü olarak görev yapar. Bu kökensel ayrım, dokuların rastgele bir araya gelmediğini, aksine belirli bir soy hattını takip ederek, düzenli bir plan dahilinde ortaya çıktığını gösterir.

Germ Yaprağı	Türevlenen Ana Doku ve Organ Sistemleri
Ektoderm (Dış Tabaka)	Yüzey Ektodermi: Epidermis (derinin üst tabakası), saç, tırnaklar, ağız ve burun boşluğunun epiteli, göz merceği, diş minesi. Nöral Tüp: Beyin, omurilik, motor nöronlar, retina, arka hipofiz. Nöral Krista: Periferik sinir sistemi (duyusal ve otonom sinirler), adrenal medulla, melanositler (deriye renk veren hücreler), yüz kıkırdakları.5
Mezoderm (Orta Tabaka)	Kas dokusu (düz, çizgili, kalp), Kemik, Kıkırdak, Bağ dokusunun tüm çeşitleri, Dolaşım sistemi (kalp, kan ve lenf damarları), Kan hücreleri, Lenfatik sistem, Böbrekler, Üreme organları (gonadlar), Derinin dermis tabakası, Dalak, Dişlerin dentin tabakası.5
Endoderm (İç Tabaka)	Sindirim kanalının epitel astarı (mide, bağırsaklar), Sindirim kanalına açılan bezler (karaciğer, pankreas), Solunum sisteminin epitel astarı (trakea, bronşlar, akciğer alveolleri), Tiroid, Paratiroid ve Timus bezleri, Mesane ve üretranın bir kısmının epitel astarı, Östaki borusu ve timpanik boşluğun epiteli.5

Dokular, yalnızca hücrelerden ibaret yapılar değildir. Hücreler, kendileri tarafından salgılanan ve hücreler arası boşluğu dolduran karmaşık bir molekül ağı olan Ekstraselüler Matriks (ECM) içine gömülüdür.¹⁰ ECM, dokuya sadece fiziksel bir iskele ve mekanik destek sağlamakla kalmaz, aynı zamanda hücrelerin hayatta kalması, göç etmesi, çoğalması ve farklılaşması gibi temel davranışlarını düzenleyen dinamik bir sinyal ortamı olarak da işlev görür.¹⁰ ECM'nin ana bileşenleri üç grupta incelenebilir: Fibröz proteinler, temel maddeyi oluşturan proteoglikanlar ve yapıştırıcı glikoproteinler.¹¹

Fibröz proteinler arasında en bilinenleri, dokulara çekme mukavemeti kazandıran kollajen ve esneklik sağlayan elastin lifleridir. Kollajen, memeli vücudundaki toplam protein kütlesinin yaklaşık %30'unu oluşturarak en bol bulunan proteindir ve kendine özgü sağa dönümlü üçlü sarmal (triple helix) yapısı, ona olağanüstü bir mekanik stabilite kazandırır.¹³

Proteoglikanlar ve onlara bağlı olan Glikozaminoglikanlar (GAG'lar) ise su moleküllerini çekerek jel benzeri, basınca dayanıklı bir "temel madde" (ground substance) oluşturur.¹¹

Yapıştırıcı glikoproteinler olan fibronektin ve laminin gibi moleküller ise hücreleri ECM'ye ve ECM bileşenlerini birbirine bağlayarak doku bütünlüğünü sağlar.¹¹

Dokusal bütünlüğün bir diğer temel unsuru, hücrelerin birbirlerine ve ECM'ye tutunmasını sağlayan Hücre Adezyon Molekülleri (CAM'ler) adı verilen özel yüzey proteinleridir. Bu moleküller, adeta moleküler birer perçin gibi görev yaparak hücrelerin doğru pozisyonlarda kalmasını temin eder ve hücreler arası iletişimi düzenler. Embriyogenez, doku gelişimi, yara iyileşmesi ve doku bütünlüğünün korunması gibi hayati süreçlerde kritik roller üstlenirler.¹⁹ Başlıca dört ana CAM ailesi bulunur:

1. Kaderinler: Genellikle aynı tip hücreleri birbirine bağlayan (homofilik etkileşim) ve kalsiyum iyonlarına bağımlı çalışan bu moleküller, özellikle epitel dokularının bütünlüğünün sağlanmasında ve embriyonik gelişim sırasında farklı doku katmanlarının birbirinden ayrılmasında temel rol oynar.¹⁹
2. İntegrinler: Hücreleri ECM bileşenlerine (kollajen, laminin, fibronektin vb.) bağlayan temel moleküllerdir. Hücre içindeki aktin iskeletini hücre dışı matrikse bağlayarak hem mekanik bir köprü kurar hem de dış ortamdan gelen mekanik ve kimyasal sinyalleri hücre içine (dıştan içe sinyal) veya hücre içindeki durumu dış ortama (içten dışa sinyal) iletirler.¹⁹
3. Selektinler: Karbonhidrat yapılarına bağlanan bu moleküller, özellikle kan dolaşımındaki lökositlerin (akyuvarlar) damar duvarına geçici olarak tutunup yuvarlanması gibi dinamik ve geçici hücre-hücre etkileşimlerinde görevlidir.¹⁹
4. İmmünoglobulin Süper Ailesi (IgSF): NCAM (Nöral Hücre Adezyon Molekülü) gibi molekülleri içeren bu çeşitli grup, kalsiyumdan bağımsız çalışır ve özellikle sinir sisteminin gelişimi, aksonların doğru hedeflere yönlendirilmesi ve sinapsların oluşumu gibi süreçlerde önemlidir.¹⁹

Bu veriler bir bütün olarak değerlendirildiğinde, doku oluşumunun tek bir mekanizmaya indirgenemeyecek kadar karmaşık ve çok katmanlı bir kontrol sistemiyle yönetildiği görülür. Süreç, birbiriyle eş zamanlı ve tam bir uyum içinde işleyen en az üç temel alt sistemin varlığına işaret eder: (1) belirli bir soy hattından (germ yaprağı) gelen uzmanlaşmış hücrelerin üretimi, (2) bu hücrelerin içine yerleştirileceği ve onlara hem yapısal hem de bilgisel destek sunacak bir dış iskelenin (ECM) inşası ve (3) hücrelerin birbirine ve bu iskeleye doğru moleküllerle (CAM'ler) bağlanarak nihai mimarinin oluşturulması. Bir yapının inşasında sadece tuğlaların (hücreler) varlığı yeterli değildir; bu tuğlaları bir arada tutacak harç ve taşıyıcı kolonlar (ECM) ile tuğlaların birbirine düzgünce kenetlenmesini sağlayacak yüzey geometrisi (CAM'ler) de gereklidir. Bu sistemlerin her birinin birbiriyle karşılıklı bağımlılık içinde işlemesi, nihai yapının hem sağlam hem de işlevsel olmasını temin eder. Örneğin, bağ dokusundaki fibroblast hücreleri ECM'yi sentezlerken ²³, aynı zamanda bu ECM'ye tutunmak ve ondan sinyal almak için integrinlere ihtiyaç duyarlar.²⁰ Bu durum, doku oluşumunun önceden belirlenmiş bir plan dahilinde, hiyerarşik ve entegre bir şekilde ilerleyen, çok katmanlı bir inşa faaliyeti olduğunu göstermektedir.

Dört Temel Doku Tipinin Mimarisi ve İşlevi

Canlı organizmalardaki tüm dokular, yapısal ve işlevsel özelliklerine göre dört ana kategoriye ayrılır: Epitel dokusu, bağ ve destek dokusu, kas dokusu ve sinir dokusu.²⁵ Her bir doku tipi, belirli bir görevi en verimli şekilde yerine getirmek üzere özelleşmiş bir mimariye sahiptir. Bu dört tip arasındaki temel farklar, hücrelerin düzenlenme biçimi, hücreler arası madde (ECM) miktarı ve ana işlevleri üzerinden net bir şekilde görülebilir.

Özellik	Epitel Dokusu	Bağ Dokusu	Kas Dokusu	Sinir Dokusu
Ana İşlev	Örtme, koruma, salgılama, emilim, duyu	Destekleme, bağlama, doldurma, besleme, savunma	Hareket, kasılma	Bilgi iletimi, kontrol, koordinasyon
Hücresel Düzen	Sıkıca paketlenmiş, tabakalar halinde	Birbirinden ayrı, dağınık	Uzamış, lif şeklinde, organize demetler	Hücre gövdesi ve uzun uzantılar, ağ yapısı
ECM Miktarı	Çok az, sadece bazal lamina	Çok bol, dokunun ana bileşeni	Orta miktarda, hücreleri çevreler (endomisyum)	Çok az, nöron ve glia hücreleri tarafından doldurulur
Kan Damarları	Yok (avasküler)	Genellikle bol	Bol	Bol
Ana Hücre Tipi	Epitel hücresi	Fibroblast, kondrosit, osteosit, makrofaj, kan hücreleri	Kas hücresi (miyosit)	Nöron, Glia hücresi

Epitel Dokusu: Vücudun Koruyucu Örtüleri ve Hassas Filtreleri

Epitel dokusu, vücudun hem dış yüzeyini (deri) hem de iç boşluklarını ve organlarını (sindirim kanalı, solunum yolları, kan damarları) bir astar gibi döşeyen dokudur.²⁶ Temel yapısal özelliği, hücrelerin aralarında yok denecek kadar az hücreler arası madde bırakacak şekilde sıkıca bir araya gelerek tabakalar veya katmanlar oluşturmasıdır.²³ Bu sıkı bağlantılar, epitelin koruyucu bir bariyer olarak işlev görmesini sağlar. Tüm epitel dokular, altlarında bulunan bağ dokusundan, kendilerinin salgıladığı protein ve polisakkaritlerden oluşan

bazal lamina adı verilen ince bir ECM tabakası ile ayrılır.²⁸ Epitel doku kan damarı içermez (avaskülerdir), bu nedenle beslenmesi ve atıkların uzaklaştırılması, altındaki damardan zengin bağ dokusundan difüzyon yoluyla sağlanır.²³

Epitel dokusu, işlevlerine göre temel olarak ikiye ayrılır:

1. Örtü Epiteli: Ana görevi koruma, emilim ve bariyer oluşturmaktır. Bu epitel, hücre katmanlarının sayısına ve yüzeydeki hücrelerin şekline göre sınıflandırılır. Bu sınıflandırma, dokunun işleviyle doğrudan ilişkilidir ²⁶:
   • Tek Katlı Epitel: Madde alışverişinin hızlı olması gereken yerlerde bulunur. Örneğin, akciğer alveollerindeki ve kan damarlarını döşeyen (endotel) tek katlı yassı epitel, ince yapısı sayesinde gazların ve besinlerin kolayca difüzyonuna olanak tanır.²⁶ Böbrek tübüllerindeki
     

tek katlı kübik epitel ise emilim ve salgılama için daha geniş bir sitoplazma hacmi sunar.²⁶

1. • Çok Katlı Epitel: Mekanik aşınma ve strese maruz kalan yüzeylerde koruma sağlamak üzere bulunur. Derinin en dış tabakası (epidermis) ve yemek borusunu döşeyen çok katlı yassı epitel, alttaki katmanları hasardan koruyan dayanıklı bir bariyerdir.²⁶ Bazı büyük bezlerin kanallarında ise
     

çok katlı kübik veya çok katlı silindirik epitel görülebilir.²⁶

1. • Diğer Tipler: Solunum yollarında bulunan yalancı çok katlı (psödostratifiye) silyalı epitel, tek katlı olmasına rağmen çekirdeklerin farklı seviyelerde yerleşmesiyle çok katlı gibi görünür ve silyaları (tüycükler) sayesinde mukusu ve yabancı partikülleri solunum yollarından uzaklaştırır.²⁶ Mesane gibi idrar yollarını döşeyen
     

değişici (transizyonel) epitel ise organın doluluk durumuna göre şekil değiştirerek gerilmeye uyum sağlama kabiliyetine sahiptir.²⁹

1. Salgı (Bez) Epiteli: Belirli maddeleri (hormon, enzim, mukus, süt vb.) üretip salgılamak üzere özelleşmiş epitel hücrelerinden oluşur. Bu hücreler tek başlarına (örneğin bağırsaktaki mukus salgılayan goblet hücreleri) veya bir araya gelerek çok hücreli bezleri (tükürük, ter, tiroid bezleri gibi) oluşturabilirler.²⁸ Bezler, salgılarını bir kanalla yüzeye veya boşluğa bırakanlar (
   

ekzokrin bezler) ve salgılarını (hormon) doğrudan kan dolaşımına verenler (endokrin bezler) olarak ikiye ayrılır.³¹

Bağ ve Destek Dokusu: Vücudun Canlı ve Dinamik Matriksi

Bağ dokusu, diğer üç temel dokunun aksine, ana bileşeni hücreler değil, hücreler tarafından üretilen ve hücreler arası boşluğu dolduran bol miktardaki Ekstraselüler Matriks (ECM) olan dokudur.³² Vücutta en yaygın bulunan doku tipidir ve diğer doku ve organların arasını doldurarak onlara yapısal bir çerçeve sunar, birbirine bağlar, metabolik destek sağlar (besin ve oksijen taşıyarak) ve savunma hücrelerini barındırır.²³

Bağ dokusunun temel bileşenleri şunlardır:

1. Hücreler: Bağ dokusu, farklı görevler üstlenmiş çeşitli hücre tiplerini içerir:
   • Fibroblastlar: Bağ dokusunun esas ve en yaygın hücreleridir. ECM'nin liflerini (kollajen, elastin) ve temel maddesini sentezlemekle görevlidirler. Yara onarımı sırasında aktifleşerek hasarlı dokunun yeniden yapılandırılmasında kilit rol oynarlar.²³
   • Makrofajlar: Kemik iliğinde üretilen monositlerin dokuya geçmesiyle oluşan bu hücreler, fagositoz (yutma) yoluyla bakteri, ölü hücreler ve yabancı partikülleri temizleyerek vücut savunmasında görev alırlar.²³
   • Mast Hücreleri: Kanın pıhtılaşmasını önleyen heparin ve alerjik reaksiyonlarda ve iltihaplanmada damar geçirgenliğini artıran histamin gibi güçlü kimyasal maddeler içeren granüller salgılarlar.²³
   • Diğer Hücreler: Antikor üreten plazma hücreleri, enerji depolayan yağ (adipoz) hücreleri ve çeşitli bağ doku hücrelerine farklılaşabilen mezenkimal kök hücreler de bağ dokusunda bulunur.²³
2. Lifler: ECM içinde bulunan ve dokuya mekanik özelliklerini kazandıran üç ana lif tipi vardır:
   • Kollajen Lifler: Vücutta en bol bulunan proteindir. Çekme kuvvetine karşı son derece yüksek bir dayanıklılık sağlarlar. Tendonlar, ligamentler, kemik ve deride bolca bulunurlar.²³
   • Elastik Lifler: Elastin proteininden yapılmışlardır ve dokulara esneklik kazandırırlar. Gerildikten sonra tekrar eski hallerine dönebilme özellikleri sayesinde kan damarları, akciğerler ve deri gibi organların işlevselliği için kritiktirler.²³
   • Retiküler (Ağsı) Lifler: İnce kollajen liflerinden (Tip III kollajen) oluşurlar ve dallanarak hassas bir ağ yapısı meydana getirirler. Bu ağ, karaciğer, dalak, lenf düğümleri ve kemik iliği gibi organların parankimasına (işlevsel hücrelerine) destek olan yumuşak bir iskelet (stroma) oluşturur.²³

Bağ dokusu, ECM'nin bileşimine, liflerin yoğunluğuna ve düzenlenmesine göre çok çeşitli alt tiplere ayrılır. Bunlar arasında organları saran ve damarlara eşlik eden gevşek bağ dokusu, tendon ve ligamentleri oluşturan sıkı düzenli bağ dokusu, derinin dermis tabakasını oluşturan sıkı düzensiz bağ dokusu ve özelleşmiş destek dokuları olan kıkırdak ve kemik ile sıvı bir bağ dokusu olan kan bulunur.²⁴

Kas Dokusu: Hareketin Moleküler Düzeyde Tertibi

Kas dokusu, temel işlevi kasılma (kontraksiyon) olan, bu görev için özelleşmiş, uzamış hücrelerden (kas lifi veya miyosit) oluşur.³⁷ Bu kasılma kabiliyeti, hücrelerin sitoplazmasında (sarkoplazma) bulunan ve

miyofibril adı verilen protein iplikçikleri sayesinde mümkün olur. Kas hücreleri, şekillerinden dolayı genellikle kas teli veya fibra muskularis olarak da adlandırılır ve hücre zarlarına sarkolemma denir.³⁷ Vücutta morfolojik ve işlevsel özelliklerine göre üç tip kas dokusu vardır ³⁹:

1. İskelet Kası: Genellikle kemiklere tendonlar aracılığıyla bağlanan ve vücudun istemli hareketlerini sağlayan kas tipidir. Hücreleri (lifleri) çok uzun, silindirik yapıdadır ve çok sayıda çekirdek içerir. Bu çekirdekler, hücrenin periferinde, sarkolemmanın hemen altında yer alır. Mikroskop altında, miyofibrillerin düzenli diziliminden kaynaklanan belirgin bir enine çizgilenme gösterir. Hızlı ve güçlü kasılır, ancak çabuk yorulur.³⁷
2. Kalp Kası: Sadece kalbin duvarında (miyokard) bulunan ve kalbin ritmik kasılmasını sağlayan kas tipidir. Hücreleri iskelet kasına göre daha kısa, dallanmış ve genellikle tek veya iki çekirdeklidir. Çekirdekler hücrenin merkezinde yer alır. İskelet kası gibi enine çizgilenme gösterir. Kalp kası hücrelerini birbirinden ayıran en önemli özellik, hücrelerin uç uca bağlandığı yerlerde bulunan ve hem mekanik bağlantı hem de elektriksel iletişimi sağlayan interkalat disk adı verilen özel yapılardır. Kasılması istemsizdir, güçlü ve ritmiktir, yorulmaz.³⁹
3. Düz Kas: İç organların (mide, bağırsaklar, rahim, mesane) ve kan damarlarının duvarlarında bulunan kas tipidir. Hücreleri mekik şeklinde, iki ucu sivri ve tek çekirdeklidir. Çekirdek, hücrenin en geniş olan orta kısmında yer alır. Miyofibrillerin düzenli bir dizilim göstermemesi nedeniyle çizgilenme görülmez. Kasılması yavaş, uzun süreli ve istemsizdir.²⁵

Çizgili kaslardaki (iskelet ve kalp) kasılmanın temel işlevsel birimi sarkomer'dir. Bir sarkomer, iki Z çizgisi arasında kalan miyofibril bölümüdür.³⁷ Sarkomer, düzenli bir şekilde iç içe geçmiş olan kalın (

miyozin) ve ince (aktin) filamentlerden oluşur. Bu filamentlerin düzenlenmesi, ışık mikroskobunda görülen bantlaşma desenini oluşturur: A bandı (koyu, hem aktin hem miyozin içerir), I bandı (açık, sadece aktin içerir) ve I bandının ortasındaki Z çizgisi. Kasılma, "kayan iplikler" modeline göre gerçekleşir. Bu modele göre, bir sinir uyarısı geldiğinde, miyozin filamentlerinin baş kısımları ATP'den elde edilen enerjiyle aktin filamentlerine bağlanır ve onları sarkomerin merkezine doğru çeker. Bu hareket, aktin filamentlerinin miyozin filamentleri üzerinde kaymasıyla sonuçlanır. Sonuç olarak Z çizgileri birbirine yaklaşır, I bandı ve H bandı (A bandının ortasındaki sadece miyozin içeren bölge) daralır ve sarkomer bir bütün olarak kısalır. Milyonlarca sarkomerin aynı anda bu şekilde kısalması, kas lifinin ve nihayetinde tüm kasın kasılmasını sağlar.⁴⁰

Sinir Dokusu: Bilginin İşlendiği ve İletildiği Ağ

Sinir dokusu, organizmanın iç ve dış çevresinden gelen bilgileri algılayan, bu bilgileri işleyen, bütünleştiren ve vücudun diğer kısımlarına (kaslar, bezler) komutlar göndererek koordineli bir yanıt oluşmasını sağlayan, son derece özelleşmiş bir dokudur.⁴² Bu karmaşık iletişim ağı, iki temel hücre tipinden meydana gelir ⁴⁴:

1. Nöronlar (Sinir Hücreleri): Sinir sisteminin temel işlevsel birimleridir. Temel görevleri, impuls (uyartı) adı verilen elektrokimyasal sinyalleri üretmek ve iletmektir.⁴² Tipik bir nöron üç ana bölümden oluşur:
   • Hücre Gövdesi (Soma veya Perikaryon): Nöronun metabolik merkezidir. Çekirdek, mitokondri, Golgi aygıtı ve diğer temel organelleri içerir. Sinir hücrelerinin sentrozom organeli bulunmadığı için, olgunlaştıktan sonra genellikle bölünme yeteneklerini kaybettikleri kabul edilir.⁴⁴
   • Dendritler: Genellikle kısa, ağaç gibi dallanmış ve hücre gödesinden çıkan çok sayıda uzantıdır. Başlıca görevleri, diğer nöronlardan veya duyu reseptörlerinden gelen sinyalleri alıp hücre gövdesine doğru iletmektir.⁴⁴
   • Akson: Genellikle hücre gövdesinden çıkan tek ve uzun bir uzantıdır. Görevi, hücre gövdesinde üretilen impuls'u diğer hücrelere (başka bir nöron, bir kas hücresi veya bir bez hücresi) taşımaktır. Bir nörondaki impuls iletiminin yönü daima dendritten aksona doğrudur.⁴⁴
2. Nöroglia (veya Glia) Hücreleri: Sinir sisteminde nöronlardan sayıca çok daha fazla bulunan destek hücreleridir. Nöronların aksine, impuls üretme ve iletme görevleri yoktur. Bunun yerine, nöronların işlevlerini en iyi şekilde yerine getirebilmeleri için gerekli olan ortamı hazırlarlar ve çok çeşitli destekleyici görevler üstlenirler ⁴⁴:
   • Yapısal Destek: Nöronların etrafını sararak sinir dokusuna fiziksel bir çerçeve sağlarlar.
   • Beslenme ve Metabolik Destek: Nöronların beslenmesine yardımcı olur ve atık ürünlerin temizlenmesini sağlarlar.
   • Miyelin Kılıf Oluşturma: Aksonların etrafını miyelin kılıf adı verilen yağlı bir tabaka ile sararak elektriksel yalıtım sağlarlar. Bu kılıf, impuls iletim hızını kat kat artırır. Merkezi sinir sisteminde (beyin ve omurilik) bu görevi oligodendrositler, çevresel sinir sisteminde ise Schwann hücreleri yerine getirir.⁴³
   • Koruma ve Savunma: Mikroglia hücreleri, merkezi sinir sisteminin fagositoz yapan savunma hücreleridir; hasarlı nöronları ve patojenleri temizlerler. Astrositler ise kan-beyin bariyerinin oluşumuna katılarak kan dolaşımındaki zararlı maddelerin beyne geçişini kontrol ederler.⁴⁸
   • Onarım: Sinir dokusu hasar gördüğünde, glia hücreleri çoğalarak bir onarım (skar) dokusu oluşturabilirler.⁴⁸

Güncel Araştırmalardan Ufuklar: Doku Dinamikleri

Son yıllarda yapılan araştırmalar, dokuların statik yapılar olmaktan çok, sürekli olarak yeniden düzenlenen, çevreleriyle etkileşim içinde olan ve şaşırtıcı bir "organize olma" yeteneğine sahip dinamik sistemler olduğunu ortaya koymaktadır. Bu bulgular, doku oluşumu ve devamlılığı hakkındaki anlayışımızı derinleştirmektedir.

Kendi Kendine Organizasyon (Self-Organization) ve Organoid Çalışmaları: Son on yılda biyoloji alanındaki en heyecan verici gelişmelerden biri, organoid teknolojisidir. Bu çalışmalar, uygun bir üç boyutlu kültür ortamı (genellikle ECM bileşenleri içeren Matrigel gibi) ve doğru kimyasal sinyal molekülleri sağlandığında, kök hücrelerin veya küçük doku parçalarının, dışarıdan bir müdahale veya kalıp olmaksızın, kendiliğinden organize olarak minyatür ve işlevsel organ benzeri yapılar oluşturabildiğini göstermiştir.⁵⁰ Örneğin, bağırsak kök hücrelerinden bağırsak organoidleri, beyin kök hücrelerinden beyin organoidleri üretilebilmektedir. Bu süreç, "kendi kendine organizasyon" (self-organization) olarak bilinen temel bir prensibe dayanır. Bu prensibe göre, bir sistemin bileşenleri (bu durumda hücreler), sadece aralarındaki basit, lokal etkileşim kurallarını takip ederek, merkezi bir komuta veya önceden var olan bir plana ihtiyaç duymaksızın, daha üst düzeyde karmaşık ve düzenli bir yapının ortaya çıkmasını (emergence) sağlarlar.⁵² Bu bulgular, doku oluşturma bilgisinin sadece genetik kodda değil, aynı zamanda hücrelerin kendilerinde ve aralarındaki etkileşim kurallarında da "dağıtık" bir şekilde bulunduğunu düşündürmektedir.

Mekanotransdüksiyon: Hücrelerin Mekanik Çevreyi Algılaması: Hücrelerin sadece kimyasal sinyallere (hormonlar, büyüme faktörleri) değil, aynı zamanda içinde bulundukları fiziksel ortamın mekanik özelliklerine de duyarlı olduğu anlaşılmıştır. Mekanotransdüksiyon olarak adlandırılan bu süreç, hücrelerin, çevrelerindeki ECM'nin sertliği, üzerlerine uygulanan gerilme, sıkışma veya akışkan basıncı gibi mekanik kuvvetleri algılayıp bunları biyokimyasal sinyallere dönüştürme yeteneğidir.⁵⁶ Örneğin, bir kök hücrenin kemik hücresine mi yoksa yağ hücresine mi farklılaşacağı, içinde büyüdüğü matriksin sertliğinden etkilenebilir.⁶⁰ Bu süreçte integrinler gibi adezyon molekülleri, hücreyi dış matrikse bağlayan mekanik sensörler olarak görev yapar ve dışarıdaki fiziksel değişiklikleri hücre içindeki sinyal yollarına iletirler.⁵⁷ Bu durum, dokunun fiziksel yapısının ve geometrisinin, pasif bir sonuç olmaktan ziyade, hücre davranışını ve dolayısıyla dokunun kendi durumunu aktif olarak şekillendiren bir bilgi kaynağı olduğunu göstermektedir.⁶¹

Doku Mühendisliğinde Biyo-Taklit Stratejileri: Bu yeni anlayışlar, hasarlı veya hastalıklı doku ve organları onarmayı veya değiştirmeyi amaçlayan doku mühendisliği alanında yeni ufuklar açmıştır. Bu alandaki stratejiler, doğanın doku inşa prensiplerini taklit etmeye dayanır.

• Biyobozunur İskeleler (Scaffolds): Hasarlı bir bölgeye, hücrelerin tutunup çoğalabileceği ve yeni doku oluşturabileceği, doğal veya sentetik polimerlerden yapılmış üç boyutlu, gözenekli ve geçici iskeleler yerleştirilir. Bu iskeleler, yeni doku oluşurken yavaş yavaş vücut tarafından emilerek kaybolur. Güncel yaklaşımlar, bu iskelelerin sadece pasif bir taşıyıcı olmaktan çıkarılıp, büyüme faktörleri gibi sinyal moleküllerini kontrollü bir şekilde salarak hücre davranışını aktif olarak yönlendiren "akıllı" biyomalzemeler haline getirilmesine odaklanmıştır.⁶²
• Kendiliğinden Montajlanan Peptidler (Self-Assembling Peptides): Belirli amino asit dizilerine sahip peptid-amfifil moleküllerin, uygun koşullar altında (örneğin belirli bir pH'ta) kendiliğinden bir araya gelerek ECM'deki kollajen liflerini taklit eden nanolifler ve hidrojel ağları oluşturduğu gösterilmiştir.⁶³ Bu yöntem, hücrelerin büyümesi ve farklılaşması için tamamen sentetik ve hassas bir şekilde tasarlanabilen, biyoaktif iskelelerin üretilmesine olanak tanır. Bu, doku rejenerasyonu için büyük bir potansiyel taşımaktadır.

Klasik biyoloji, doku oluşumunu büyük ölçüde DNA'da yazılı statik bir "genetik programın" tek yönlü icrası olarak görme eğilimindeydi. Ancak organoid, mekanotransdüksiyon ve doku mühendisliği gibi alanlardaki güncel bulgular, bu görüşün eksik olduğunu göstermektedir. Doku oluşumunu ve devamlılığını sağlayan "bilgi", sadece DNA'da statik olarak kodlanmış değildir. Bu bilgi; genetik programlar, hücreler arası sinyal ağları, ECM'nin kimyasal ve mekanik özellikleri ve dokunun anlık fiziksel durumu arasında dağıtılmış, dinamik ve sürekli etkileşim halinde olan bir sistemdir. Bir doku, sadece genetik bir planın okunmasıyla değil, bu çok katmanlı ve geri beslemeli bilgi ağının anlık ve sürekli işleyişiyle varlığını sürdüren canlı bir yapıdır.

KAVRAMSAL ANALİZ

Bilimsel veriler, dokuların yapı ve işleyişine dair "nasıl" sorusuna cevap verirken, bu verilerin kendisi daha derin soruları gündeme getirir. İncelenen hücresel ve moleküler sistemlerdeki nizam, gaye, sanat ve nedensellik ilişkisi, indirgemeci yaklaşımların ötesinde bir tefekkürü gerektirir.

Nizam, Gaye ve Sanat Analizi

Canlı organizmalardaki dokuların oluşumu ve işleyişi, her seviyede kendini gösteren hassas bir nizam, belirli bir gayeye yöneliklik ve sanatlı bir tertip sergiler. Embriyonik gelişim sırasında, tek bir hücreden farklılaşan üç temel germ yaprağının, her birinin belirli doku ve organ sistemlerini hatasız bir şekilde oluşturma süreci, başıboşluktan ve tesadüften uzak, son derece düzenli bir işleyişe işaret eder.⁵ Her bir hücrenin hangi soy hattına ait olacağının belirlenmesi ve bu hattın son ürününe (bir nöron, bir kas hücresi veya bir epitel hücresi) doğru ilerlemesi, adeta görünmez bir sevk ve idare altında gerçekleşen nizamlı bir faaliyettir.

Moleküler düzeyde, dokuları oluşturan yapıların her birinin belirli bir gayeye hizmet edecek şekilde biçimlendirildiği görülür. Örneğin, bağ dokusuna dayanıklılığını veren kollajen proteininin, üç polipeptit zincirinin birbirine sarılmasıyla oluşan üçlü sarmal (triple helix) yapısı, ona olağanüstü bir çekme mukavemeti kazandırır.¹⁵ Bu yapı, tendon gibi sürekli gerilime maruz kalan bir dokunun işlevi için mükemmel bir uyum sergiler. Benzer şekilde, hücreleri hücre dışı matrikse bağlayan integrin moleküllerinin, hem hücre iskeletine hem de dış matrikse bağlanacak bölgelere sahip olması, onların hem mekanik bütünlüğü sağlama hem de hücre içi ve dışı arasında bir sinyal köprüsü kurma gibi ikili bir gayeye hizmet etmesini sağlar.²⁰ Bu hassas yapı-işlev uyumları, rastgeleliğin değil, belirli bir amaca yönelik bir tertibin varlığını akla getirir.

Makro düzeyde ise, dört temel doku tipinin her birinin mimarisi, işlevine en uygun şekilde tasarlanmış bir sanat eseri gibidir. Akciğer alveollerindeki tek katlı yassı epitelin, gaz alışverişini en verimli hale getirmek için olabilecek en ince şekilde düzenlenmesi; kemiğin, hem destek sağlayacak kadar sert hem de hareketi kolaylaştıracak kadar hafif olması için kompakt ve süngerimsi tabakaların içi içe geçmiş mühendislik harikası organizasyonu; ve sinir dokusunun, bilgi işleme ve iletme gibi soyut bir işlevi yerine getirmek üzere milyarlarca nöron ve trilyonlarca bağlantıdan (sinaps) oluşan şaşırtıcı karmaşıklıkta bir ağ şeklinde tertip edilmesi, bu sanatlı işçiliğin örneklerindendir.²⁶ Bu yapıların her birindeki detaylar, fonksiyonelliğin yanı sıra estetik bir boyut ve derin bir sanat sergilemektedir.

Nedenselliğin Doğru Atfedilmesi ve İndirgemeci Dilin Eleştirisi

Bilimsel literatür, karmaşık süreçleri açıklamak için sıklıkla metaforik ve indirgemeci bir dil kullanır. "Doğal seçilim daha uygun olanı seçti," "genler dokunun oluşumunu yönetti" veya "hücreler farklılaşmaya karar verdi" gibi ifadeler, süreçleri anlamak için kullanışlı birer kısayol olsa da, nedensellik zincirini eksik bırakma ve fail ile vasıtayı karıştırma riski taşır. Bu dil, süreçlerin kendilerine veya parçalarına fiil ve irade atfederek, faili meful (etkeni edilgen) veya vasıtayı fail yapma hatasına düşebilir. "Seçilim," "genler" veya "hücreler" gibi unsurlar, bir süreci başlatan, irade ve şuur sahibi failler değil, işleyen bir düzenin parçaları, vasıtaları veya o düzenin işleyişini tarif eden kavramlardır.

Benzer bir durum, "doğa kanunları" veya "biyokimyasal yasalar" için de geçerlidir. Bu kanunlar, evrende ve canlı sistemlerde gözlemlediğimiz düzenli ve tekrarlanabilir işleyişin birer tanımıdır; ancak bu işleyişi yapan veya bu kanunları koyan failler değildir. Yerçekimi kanunu, kütlelerin birbirini nasıl çektiğini matematiksel olarak tarif eder, fakat bu çekim fiilini bizzat kendisi icra etmez. Aynı şekilde, hücre bölünmesini veya farklılaşmasını yöneten sinyal yolları ve genetik ağlar, bu süreçlerin "nasıl" işlediğini gösteren mekanizmalardır. Ancak bu mekanizmaların ve onları yöneten kuralların kökeni ve kaynağı sorusu, bu tanımların ötesinde bir açıklama gerektirir. Kanunlar ve mekanizmalar, bir işin nasıl yapıldığını anlatan bir kullanım kılavuzu gibidir; ancak kılavuzun kendisi işi yapmaz.

"Genetik plan" veya "hücresel karar" gibi metaforlar da bu bağlamda analiz edilmelidir. DNA'da bir "plan" yoktur; DNA, proteinlerin sentezlenmesi için gerekli bilgiyi içeren bir veri depolama molekülüdür. Bu verinin nasıl okunacağı, ne zaman ve hangi hücrede hangi proteinin üretileceği gibi karmaşık düzenleme süreçleri, DNA'nın kendisinin ötesinde, hücrenin tamamına yayılmış dinamik bir bilgi işlem sistemi ile yönetilir. Bir hücre, kelimenin tam anlamıyla "karar vermez"; bunun yerine, iç ve dış çevreden gelen sayısız sinyalin entegrasyonu sonucunda, belirli gen ekspresyon programlarının aktive edildiği ve bunun neticesinde hücrenin belirli bir yapı ve işlev kazandığı bir süreç işler. Bu indirgemeci dil, sürecin ardındaki akıl almaz karmaşıklığı ve düzeni bir isimle etiketleyerek basitleştirir ve nihai nedensellik sorusunu perdeleme eğilimindedir.

Hammadde ve Sanat Ayrımı Analizi

Dokuların yapısını ve işlevini daha derinlemesine anlamak için, onları oluşturan "hammadde" ile bu hammaddeden inşa edilen "sanat eseri" arasındaki farkı net bir şekilde görmek gerekir. Dokuların temel hammaddesi, en nihayetinde proton, nötron ve elektronlardan oluşan cansız ve şuursuz atomlardır (karbon, hidrojen, oksijen, azot vb.). Bu atomlar birleşerek amino asitler, nükleotitler, lipitler gibi basit molekülleri; bu moleküller de proteinler ve DNA gibi makromolekülleri oluşturur. Hücre düzeyinde ise hammadde, henüz belirli bir işlev için özelleşmemiş olan kök hücrelerdir. Bu temel bileşenlerin hiçbirinin tek başına sahip olmadığı özellikler vardır: Bir karbon atomu hissetmez, bir kollajen molekülü kasılmaz, bir kök hücre tek başına bir organı koruyamaz.

Ancak bu basit ve tekil özelliklere sahip hammaddeler, belirli bir nizam ve plan dahilinde bir araya getirildiğinde, onlarda zerresi bulunmayan yepyeni ve üst düzey özelliklerin "ortaya çıktığı" (emergence) görülür. Bu, parçaların toplamından çok daha fazlası olan bir bütünün inşa edilmesidir:

• Kasılma yeteneği olmayan protein moleküllerinden, bir bütün olarak ritmik bir şekilde kasılıp kanı pompalayan kalp dokusu inşa edilir.
• Hissetmeyen, düşünmeyen ve şuur sahibi olmayan tek tek nöronlardan, acıyı, sevinci, hafızayı ve bilinci tecrübe eden sinir dokusu tertip edilir.
• Tek başlarına bir bariyer oluşturamayan epitel hücrelerinden ve cansız liflerden, vücudu sayısız mekanik, kimyasal ve mikrobik tehdide karşı koruyan, kendini onaran ve sıcaklığı düzenleyen deri dokusu (epitel ve bağ dokusunun birliği) meydana getirilir.
• Güncel araştırmaların gösterdiği gibi, doğru ortam sağlandığında, hücrelerin kendilerinde bulunan "kendi kendine organize olma" kabiliyetiyle, karmaşık organoid yapıları oluşturması, bu sanatlı neticenin bir başka boyutudur.⁵²

Bu analiz, kaçınılmaz olarak bazı temel soruları akla getirir. Hammaddede bulunmayan bu yeni ve üst düzey işlevler (kasılma, his, şuur, organizasyon), bütüne nereden ve nasıl eklenmiştir? Cansız, ilimsiz ve şuursuz atomlar, kendilerinde olmayan bir ilmi, planı ve amacı takip ederek, nasıl olur da kendilerinden sonsuz derecede daha sanatlı, işlevsel ve karmaşık olan canlı dokuları hatasız bir şekilde inşa etmiştir? Hücrelere ve moleküllere yerleştirilmiş olan bu "kendi kendine organize olma" kabiliyetinin kendisi, daha üstün bir ilme, iradeye ve kudrete işaret etmez mi? Hammadde aynı iken, ondan sayısız farklı sanat eserinin çıkarılması, sanatın ve sanatçının hammaddeden ayrı ve ondan üstün olduğunu göstermez mi?

SONUÇ

Bu rapor boyunca sunulan bilimsel veriler, dokuların, basit bileşenlerden meydana gelen ancak bileşenlerinin toplamından çok daha fazlası olan, son derece organize, amaç odaklı ve dinamik hücresel topluluklar olduğunu ortaya koymuştur. Embriyonik kökenlerden moleküler mekanizmalara, doku mimarilerinden kendi kendine organize olma yeteneklerine kadar incelenen her düzeyde, tesadüf ve başıboşlukla açıklanması imkansız, iç içe geçmiş bir nizam, sanat ve gaye gözlemlenmektedir. Atomlardan dokulara uzanan bu yolculuk, her adımda artan bir karmaşıklık, bilgi ve işlevsellik sergilemektedir.

Bilim, bu harikulade yapıların "nasıl" işlediğini, hangi moleküllerin hangi sinyal yollarını aktive ettiğini ve hücrelerin nasıl bir araya geldiğini büyük bir başarıyla ortaya koymaktadır. Ancak bu "nasıl" sorusuna verilen her cevap, "neden" sorusunu daha da belirgin hale getirmektedir. Bu işleyişi mümkün kılan kanunların, mekanizmaların ve hücrelere yerleştirilmiş olan bu şaşırtıcı kabiliyetlerin kaynağının ne olduğu sorusu, bilimin yöntem ve sınırlarını aşan, tefekkürün alanına giren bir sorudur. Sunulan deliller; dokulardaki hassas ayarlar, şaşmaz yapı-işlev uyumları ve hammaddede bulunmayan yepyeni özelliklerin ortaya çıkışı gibi olgular, nedenselliği sadece görünen maddi sebeplere ve şuursuz süreçlere indirgeyen yaklaşımların açıklama gücünün yetersizliğini göstermektedir.

Nihayetinde, mikroskobik alemde sergilenen bu muazzam hücresel iş birliği sanatı, insan aklının önüne iki temel seçenek sunar. Bu akıl almaz düzenin, kör, sağır ve amaçsız tesadüflerin ve süreçlerin bir ürünü mü olduğu; yoksa her şeyi bir ölçü ile var eden, sonsuz bir ilim, mutlak bir irade ve nihayetsiz bir kudret sahibi bir Sanatkâr'ın eseri mi olduğu sorusu, bu delillerin aydınlattığı yolun sonunda durmaktadır. Bu rapor, bilimsel verilerle bu yolu aydınlatmayı amaçlamıştır. Bu yolda varılacak nihai karar ve seçilecek yön ise her bir okuyucunun kendi aklına, muhakemesine ve vicdanına bırakılmıştır.

KAYNAKÇA

Abbas, A. K., & Lichtman, A. H. (Eds.). (2003). Cellular and molecular immunology. Saunders. ¹⁹

Alattia, J. R., Kurokawa, H., & Ames, J. B. (2002). A structural model for the Ca2+-dependent cadherin-catenins complex. Biophysical Journal, 82(1), 21-34. ¹⁹

Arce, L., Yokoyama, N. N., & Waterman, M. L. (2006). The canon of Wnt signaling: a tale of two destruction complexes. The new biologist, 28(5), 523-534. ⁶⁴

Aytekin, C., & İkincioğulları, A. (2004). Lökosit adezyon yetmezliği. Astım Allerji İmmünoloji, 2(1), 1-8. ¹⁹

Bao, L., et al. (2020). Autophagy regulates the epithelial-mesenchymal transition in cancer. Experimental and Therapeutic Medicine, 19(5), 3299-3310. ⁶⁵

Bayram, C. (2012). Biyomalzemeler. Nobel Akademik Yayıncılık. ¹¹

Bazzoni, G. (2003). The JAM family of junctional adhesion molecules. Current Opinion in Cell Biology, 15(5), 525-530. ¹⁹

Bennett, K. (2017). Making things up. Oxford University Press. ⁶⁶

Bergandi, D., & Blandin, P. (1998). Holism and reductionism in ecology: a difficult dialogue. Biology and Philosophy, 13(4), 593-608. ⁶⁷

Chavez-Dominguez, R., et al. (2020). Autophagy and the EMT in cancer. Cancers, 12(8), 2113. ⁶⁵

Clevers, H. (2006). Wnt/β-catenin signaling in development and disease. Cell, 127(3), 469-480. ⁶⁴

Crossin, K. L., & Krushel, L. A. (2000). Cellular adhesion molecules of the immunoglobulin superfamily and their functions in homeostasis and disease. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Basis of Disease, 1538(2-3), 193-203. ¹⁹

Çavdar, S. (2008). Ekstraselüler matriks ve hastalıklarla ilişkisi. Yüksek Lisans Tezi, Hacettepe Üniversitesi. ¹¹

Erdem, Y., & Alper, A. B. (1997). Adezyon molekülleri ve böbrek hastalıkları. Türk Nefroloji Diyaliz ve Transplantasyon Dergisi, 6(2), 64-69. ¹⁹

Ergüler, K., et al. (2002). Sinir hücre adezyon molekülü (NCAM) ve sinir sistemi. Türk Nöroloji Dergisi, 8(1), 1-7. ¹⁹

Fanto, M., & McNeill, H. (2004). Planar polarity from flies to vertebrates. Journal of cell science, 117(4), 527-533. ⁶⁴

Fassbender, K., et al. (1995). Soluble E-selectin in the cerebrospinal fluid of patients with bacterial meningitis. Journal of Neurology, 242(5), 323-327. ¹⁹

Fatehullah, A., Tan, S. H., & Barker, N. (2016). Organoids as an in vitro model of human development and disease. Nature Cell Biology, 18(3), 246–254. ⁵⁰

Galluzzi, L., et al. (2015). Molecular mechanisms of cell death: recommendations of the Nomenclature Committee on Cell Death 2015. Cell Death & Differentiation, 22(3), 486-541. ⁶⁵

Gearing, A. J., & Newman, W. (1993). Circulating adhesion molecules in disease. Immunology Today, 14(10), 506-512. ¹⁹

Grapin-Botton, A., Keshara, R., Kim, Y. H., & Lewis, A. (2021). Self-organization and the engineering of organoids. Cell Stem Cell, 28(11), 1848-1864. ⁵²

Güç, D. (2004). Tümör immünolojisi. Nobel Tıp Kitabevleri. ¹⁹

Gümüşderelioğlu, M., et al. (2007). Doku mühendisliği yaklaşımları. Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Dergisi, 27(1), 47-66. ¹¹

Henle, P. (1942). The status of emergence. The Journal of Philosophy, 39(18), 486-493. ⁶⁷

Ishii, N., et al. (1999). A new member of the F-box protein family, Fbxw7, is a key regulator of numerous cellular processes. Oncogene, 18(42), 5877-5883. ⁶⁸

Kasper, C., & Rasmussen, S. K. (2000). The L1-type cell adhesion molecule neuroglian is necessary for the guidance of the Bolwig nerve in Drosophila. Development, 127(13), 2815-2825. ¹⁹

Kohn, A. D., & Moon, R. T. (2005). Wnt and calcium signaling: β-catenin-independent pathways. Cell calcium, 38(3-4), 439-446. ⁶⁴

Lee, S. W. (1996). E-cadherin-catenin complex: its importance in tissue organization. Current Opinion in Cell Biology, 8(1), 146-153. ¹⁹

Lim, J., et al. (2021). Autophagy in cancer: a double-edged sword. Experimental & Molecular Medicine, 53(11), 1682-1695. ⁶⁵

Liu, Y., et al. (2021). Oncogenes and tumor suppressor genes: a comprehensive review. Journal of Cancer, 12(1), 200-214. ⁶⁸

Lozzo, R. V., & Murdoch, A. D. (1996). Proteoglycans of the basement membrane. The FASEB Journal, 10(6), 598-610. ¹¹

Mackay, C. R., & Imhof, B. A. (1993). Cell adhesion in the immune system. Immunology Today, 14(3), 99-102. ¹⁹

Mayr, E. (1982). The growth of biological thought: Diversity, evolution, and inheritance. Harvard University Press. ⁶⁷

McLaughlin, B. P. (1992). The rise and fall of British emergentism. In A. Beckermann, H. Flohr, & J. Kim (Eds.), Emergence or reduction? (pp. 49–93). De Gruyter. ⁶⁶

Mizumoto, S. (2017). Dermatan sulfate and its role in the pathobiology of diseases. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects, 1861(9), 2261-2269. ¹¹

Nagel, T. (1979). Mortal questions. Cambridge University Press. ⁶⁶

Neill, T., et al. (2015). Heparan sulfate proteoglycans as regulators of fibroblast growth factor signaling in cancer. FEBS Journal, 282(21), 4066-4085. ¹¹

O'Connor, T. (2018). Emergent properties. In E. N. Zalta (Ed.), The Stanford Encyclopedia of Philosophy (Winter 2018 ed.). ⁶⁶

Peake, I. R., et al. (1996). Vitronectin: a multifunctional protein. Blood Coagulation & Fibrinolysis, 7(6), 563-573. ¹¹

Pereira, C. (2011). Collagen-based biomaterials for tissue engineering. Woodhead Publishing. ¹¹

Ponge, J. F., et al. (1998). The forest regeneration puzzle. BioScience, 48(10), 823-831. ⁶⁷

Ramachandran, G. N., & Kartha, G. (1954). Structure of collagen. Nature, 174(4423), 269-270. ¹⁶

Rich, A., & Crick, F. H. C. (1955). The structure of collagen. Nature, 176(4489), 915-916. ¹⁶

Roos, D., & Law, S. K. A. (2001). Hematologically important mutations: leukocyte adhesion deficiency. Blood Cells, Molecules, and Diseases, 27(6), 1000-1004. ¹⁹

Rozario, T., & DeSimone, D. W. (2010). The extracellular matrix in development and morphogenesis: a dynamic view. Developmental Biology, 341(1), 126-140. ¹¹

Russell, R. C., & Guan, K. L. (2022). The multifaceted role of autophagy in cancer. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 23(1), 3-23. ⁶⁵

Semenov, M. V., Habas, R., Macdonald, B. T., & He, X. (2007). SnapShot: Wnt/Frizzled signaling. Cell, 131(7), 1378-1378.e1. ⁶⁴

Seyfeli, Y., et al. (2001). Ekstraselüler matriks. Erciyes Tıp Dergisi, 23(3), 136-141. ¹¹

Shyu, K. G., et al. (1997). Expression of intercellular adhesion molecule-1 and vascular cell adhesion molecule-1 in stunned myocardium in the pig. Journal of the American College of Cardiology, 29(7), 1660-1666. ¹⁹

Somay, A., et al. (2007). Adezyon molekülleri ve glokom. Türkiye Klinikleri J Ophthalmol, 16(1), 44-51. ¹⁹

Strawson, G. (2006). Realistic monism: Why physicalism entails panpsychism. Journal of Consciousness Studies, 13(10-11), 3-31. ⁶⁶

Şen, E. (2012). Doku mühendisliği ve rejeneratif tıp. Palme Yayıncılık. ¹¹

Takeichi, M. (1990). Cadherins: a molecular family important in selective cell-cell adhesion. Annual Review of Biochemistry, 59(1), 237-252. ¹⁹

Terekeci, H., et al. (2008). İnsan immün yetmezlik virüsü (HIV) ve adezyon molekülleri. Mikrobiyoloji Bülteni, 42(1), 143-152. ¹⁹

Trowbridge, J. M., & Gallo, R. L. (2002). Dermatan sulfate: new functions from an old glycosaminoglycan. Glycobiology, 12(9), 117R-125R. ¹¹

Urulangodi, M., & Mohanty, D. (2020). Post-translational modifications of proteins: a review. Journal of Proteomics & Bioinformatics, 13(5), 1-10. ⁶⁸

van Amerongen, R., Mikels, A., & Nusse, R. (2008). Alternative Wnt signaling is required for embryonic development and tissue homeostasis. Cold Spring Harbor perspectives in biology, 1(2), a002893. ⁶⁴

Van Meir, E. G., et al. (2010). Exciting new advances in neuro-oncology: the promise of novel therapeutic targets and treatment modalities. CA: A Cancer Journal for Clinicians, 60(3), 166-193. ⁶⁸

Veeman, M. T., Axelrod, J. D., & Moon, R. T. (2003). A second canon: functions and mechanisms of β-catenin-independent Wnt signaling. Developmental cell, 5(3), 367-377. ⁶⁴

Wong, S. Y. (2009). Cell surface engineering. Wiley. ¹¹

Yiğit, S., et al. (2016). Doku mühendisliğinde kullanılan iskeleler. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 73(3), 253-264. ¹¹

Yurchenco, P. D., & Schittny, J. C. (1990). Molecular architecture of basement membranes. The FASEB Journal, 4(6), 1577-1590. ¹¹

Zhu, D., et al. (1994). Vitronectin and integrin alpha v beta 3 are ubiquitously expressed in tumors of neuroectodermal origin. American Journal of Pathology, 144(3), 538. ¹¹

Alıntılanan çalışmalar

1. 1-HÜCRE HİSTOLOJİSİ, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avesis.acibadem.edu.tr/resume/lessonmaterieldownload/davut.sahin?key=36bc1307-cd59-42bc-9269-148e0636e57d
2. Histoloji - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Histoloji
3. Histoloji 1 | PDF - Scribd, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://es.scribd.com/document/815742106/histoloji-1
4. DOKULAR, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=107068
5. Histogenez - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Histogenez
6. Germ layer - Wikipedia, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://en.wikipedia.org/wiki/Germ_layer
7. Major Structures Arising Out Of Primary Germ Layers - Embryogenesis - MCAT Content - Jack Westin, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://jackwestin.com/resources/mcat-content/embryogenesis/major-structures-arising-out-of-primary-germ-layers
8. The derivatives of three-layered embryo (germ layers), erişim tarihi Ağustos 4, 2025, http://medicine.jlu.edu.cn/__local/1/16/BC/17C641A811656CB42CC6F388ABB_1E664C2F_272B6F.pdf?e=.pdf
9. endoderm-ektoderm sevgi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.thd.org.tr/thdData/userfiles/file/29_04_2006_sevgi_besisik_kalayoglu_11-00_11-30.pdf
10. Ekstraselüler Matriksin Yapısal ve Fonksiyonel Özellikleri | AVESİS - Gazi Üniversitesi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avesis.gazi.edu.tr/yayin/66b370a8-eaec-46b8-a6f2-0b415597784b/ekstraseluler-matriksin-yapisal-ve-fonksiyonel-ozellikleri
11. EKSTRASELÜLER MATRİS YAPISI VE GÖREVLERİ - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/464692
12. Ekstraselüler Matriks Nedir? - Dr. Ceyhun Nuri, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.drceyhunnuri.com/ekstraseluler-matriks-nedir/
13. The collagen triple-helix structure - PubMed, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9138287/
14. A Collagen Triple Helix without the Superhelical Twist | ACS Central Science, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.5c00018
15. Mechanics and Structural Stability of the Collagen Triple Helix - arXiv, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://arxiv.org/pdf/1903.07276
16. COLLAGEN STRUCTURE AND STABILITY - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2846778/
17. Extracellular Matrix Summarized Notes (Turkish) | PDF - Scribd, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.scribd.com/document/661050901/Extracellular-Matrix-Summarized-Notes-Turkish
18. Uludağ Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Dergisi » Makale » EKSTRASELÜLER MATRİS YAPISI VE GÖREVLERİ - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/pub/uumfd/issue/36268/327376
19. Hücre Adezyon Molekülleri, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/33827
20. Adezyon Molekülleri ve Tümör Metastazı - Dirim, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dirim.com/Dirim_2003-1_files/Adezyon%20Moleku%CC%88lleri%20ve%20Tu%CC%88mo%CC%88r%20Metastaz%C4%B1.pdf
21. Hücre Adezyon Molekülleri - Nobel Medicus, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://nobelmedicus.com/Content/journal/10/04-10.pdf
22. Hücre Adhezyon Molekülleri | PPTX - SlideShare, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.slideshare.net/slideshow/hcre-adhezyon-moleklleri/79459974
23. Page 8 - Fen Lisesi Biyoloji 11 | 1.Ünite - OGM Materyal, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://ogmmateryal.eba.gov.tr/panel/upload/etkilesimli/kitap/fenlisesibiyoloji/11/unite1/bolum123/files/basic-html/page8.html
24. Bağ Dokusunun Hücrelerarası Maddesi: - Ankara Üniversitesi Açık Ders Malzemeleri, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/pluginfile.php/10172/mod_resource/content/2/9-Ba%C4%9F%20dokusu%28h%C3%BCcreleraras%C4%B1%20maddesi-iplikleri-ba%C4%9F%20dokusu%20t%C3%BCrleri%29.pdf
25. HAYVANSAL DOKULAR, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/eakman/60919/8.%20HAFTA.doc
26. • Doku nedir, tipleri nelerdir? • Hücre bölünmesi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=148571
27. Epitel doku - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Epitel_doku
28. epitel doku, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=107128
29. EPİTEL DOKU, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/serife.tutuncu/72708/Epitel%20Doku.pdf
30. EPİTEL DOKUSU, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/pluginfile.php/42541/mod_resource/content/0/Ac%CC%A7%C4%B1k%20Ders-EPI%CC%87TEL%20DOKUSU%20%281%29.pdf
31. epitel doku, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://docs.neu.edu.tr/staff/nurhayat.gulmez/5-epitel%20doku_6.pdf
32. Bağ Dokusu Nedir? | SHREDDED BROTHERS, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://shreddedbrothers.com/blog-detay/bag-dokusu-nedir
33. BAĞ DOKUSU, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/tugrul.ertugrul/72708/BA%C4%9E%20DOKUSU.pdf
34. Bağ Dokusu, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://gavsispanel.gelisim.edu.tr/Document/zkacar/20221011171152134_dfc6c63c-0a86-4f84-94de-041465725371.pdf
35. Bağ Dokularının İşlevleri | Anatomi ve Fizyoloji | Video - JoVE, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.jove.com/tr/science-education/v/13973/functions-of-connective-tissues
36. Bağ doku - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Ba%C4%9F_doku
37. Kas Doku 2024 | PDF - Scribd, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.scribd.com/document/810715836/Kas-Doku-2024
38. Doç.Dr.Şerife TÜTÜNCÜ, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/serife.tutuncu/72708/Kas%20Doku.pdf
39. Kas - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Kas
40. KAS DOKUSU, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://cdn.istanbul.edu.tr/FileHandler2.ashx?f=kas-dokusu.pdf
41. İskelet Kaslarının Yapısı ve Biyomekaniği Biomechanics and Structure of Skeletal Muscles - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/25221
42. SİNİR DOKUSU, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/dis_hekimligi/7/DHF_103_D-7%20Sinir%20Dokusu.pdf
43. Sinir dokusu - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Sinir_dokusu
44. Sinir Sisteminin Yapı, Görev ve İşleyişi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://hbeml.meb.k12.tr/meb_iys_dosyalar/41/09/967514/dosyalar/2020_11/12213948_11._sYnYf_biyoloji_calYYma_notlarY.pdf
45. Sinir doku hücreleri - Mustafa Altinisik, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.mustafaaltinisik.org.uk/89-2-18.pdf
46. sinir sistemi fizyolojisi - PowerPoint Sunusu, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://acikders.ankara.edu.tr/mod/resource/view.php?id=32075
47. erişim tarihi Ocak 1, 1970, https.hbeml.meb.k12.tr/meb_iys_dosyalar/41/09/967514/dosyalar/2020_11/12213948_11._sYnYf_biyoloji_calYYma_notlarY.pdf
48. Sinir Doku, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://avys.omu.edu.tr/storage/app/public/serife.tutuncu/72708/Sinir%20Doku.pdf
49. Sinir hücresi - Vikipedi, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://tr.wikipedia.org/wiki/Sinir_h%C3%BCcresi
50. Organoids: A historical perspective of thinking in three dimensions - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5223613/
51. An Individual Patient's “Body” on Chips—How Organismoid Theory Can Translate Into Your Personal Precision Therapy Approach, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8473633/
52. Self-organization of organoids from endoderm-derived cells - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8026476/
53. Three-dimensional cell culture: from evolution to revolution - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5974439/
54. From single cells to tissue self‐organization - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6519261/
55. Self-organization: the fundament of cell biology | Philosophical Transactions of the Royal Society B - Journals, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2017.0103
56. A Hierarchical Mechanotransduction System: From Macro to Micro - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10953595/
57. Mechanotransduction and extracellular matrix homeostasis - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4513363/
58. Mechano-Transduction: From Molecules to Tissues - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4236045/
59. In Full Force. Mechanotransduction and Morphogenesis during Homeostasis and Tissue Regeneration - PMC - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7711708/
60. Steps in Mechanotransduction Pathways that Control Cell Morphology - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7476682/
61. Cellular Mechanosignaling for Sensing and Transducing Matrix Rigidity - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10527818/
62. ISSN: 2687-5608 Volume 8/1 2025 34-51 Doku ... - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/4981836
63. Kendiliğinden Montajlı Peptidler ve Kullanım Alanları ... - DergiPark, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/954790
64. Wnt Signaling from Development to Disease: Insights from Model Systems - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2742092/
65. Editorial: Cancer cell adhesion, metastasis, and the immune response - Frontiers, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2023.1347446/full
66. Emergent Properties - Stanford Encyclopedia of Philosophy, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://plato.stanford.edu/entries/properties-emergent/
67. Emergent properties from organisms to ecosystems: towards a realistic approach - PMC, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2675173/
68. Research Progress on the Regulation Mechanism of Key Signal Pathways Affecting the Prognosis of Glioma - PubMed Central, erişim tarihi Ağustos 4, 2025, https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9354928/