Sekonder yapı: Revizyonlar arasındaki fark

(Aynı kullanıcının aradaki bir diğer değişikliği gösterilmiyor)

116. satır:

'''Nizam (Düzen ve Sistem):''' İkincil yapıların oluşumu, rastgele bir süreç olmaktan çok, matematiksel kesinliğe sahip kurallar bütünü ile yönetilen bir sistemdir. Ramachandran grafiği, bu nizamın en açık delillerinden biridir. Polipeptit omurgasının alabileceği sonsuz teorik konformasyon arasından, sterik engellenme kanunları uyarınca sadece çok dar ve belirli Φ/Ψ açı aralıklarına izin verilmesi, sistemin temelindeki kısıtlayıcı ve düzenleyici prensibi gösterir.5

α-heliks yapısının, her seferinde şaşmaz bir şekilde <math display="inline">i → i+4</math> hidrojen bağı kuralına göre ve her turda tam olarak 3.6 kalıntı içerecek şekilde tertip edilmesi, bu düzenin bir diğer tezahürüdür.20 Bu hassas geometrik ve kimyasal kurallar, bir tesadüfler zinciriyle açıklanamayacak kadar tutarlı ve tekrarlanabilirdir. Bu durum, sürecin temelinde yatan kanunların, belirli ve düzenli yapıların ortaya çıkmasını temin edecek şekilde vaz edildiğini düşündürür.

α-heliks yapısının, her seferinde şaşmaz bir şekilde <math display="inline">i -> i+4</math> hidrojen bağı kuralına göre ve her turda tam olarak 3.6 kalıntı içerecek şekilde tertip edilmesi, bu düzenin bir diğer tezahürüdür.20 Bu hassas geometrik ve kimyasal kurallar, bir tesadüfler zinciriyle açıklanamayacak kadar tutarlı ve tekrarlanabilirdir. Bu durum, sürecin temelinde yatan kanunların, belirli ve düzenli yapıların ortaya çıkmasını temin edecek şekilde vaz edildiğini düşündürür.

'''Gaye (Amaç ve Fonksiyon):''' Bu moleküler nizam, keyfi bir estetikten ibaret olmayıp, doğrudan biyolojik bir gayeye hizmet etmektedir. Her bir ikincil yapı motifinin mimarisi, üstleneceği işleve en uygun şekilde belirlenmiştir. Örneğin, α-heliksin sağlam, çubuk benzeri yapısı, onu hücre zarlarını geçen transmembran proteinleri için ideal bir yapısal eleman yapar. Yan zincirlerin heliksin dışına doğru yönelmesi, bu bölgelerin lipid membran ile veya diğer proteinlerle etkileşime girmesine olanak tanır.20 Benzer şekilde, β-tabakaların uzatılmış ve katmanlı yapısı, ipek gibi materyallere olağanüstü bir gerilme mukavemeti kazandırır.27 Bu yapının belirli bir fonksiyonu yerine getirecek şekilde tertip edilmiş olması, en açık şekilde konformasyonel hastalıklarda görülür. Prion proteininde, işlevsel olan α-heliks yapısının, işlevsiz ve toksik olan β-tabaka yapısına dönüşmesi, doğru yapının varlığının hayati bir amaç taşıdığını ve bu amacın dışına çıkıldığında sistemin çöktüğünü gösterir.1 Bu, yapı ile fonksiyon arasında ayrılmaz bir bağın kurulmuş olduğunu ve yapının, fonksiyonu gerçekleştirmek üzere bir amaca yönelik olarak düzenlendiğini gösterir.

181. satır:

== '''Sonuç''' ==

Bu rapor, protein yapısının temel direkleri olan α-heliks ve β-plakalı tabaka yapılarının bilimsel esaslarını ve bu yapıların altında yatan kavramsal derinliği analiz etmiştir. Bilimsel veriler, birincil amino asit dizisindeki tek boyutlu kimyasal bilginin, polipeptit omurgasının rijitlik ve esneklik gibi temel özelliklerinden kaynaklanan sterik kısıtlamalar altında, nasıl son derece düzenli ve öngörülebilir üç boyutlu mimarilere dönüştüğünü ortaya koymaktadır. Ramachandran grafiğinin gösterdiği gibi, sonsuz konformasyonel olasılıklar okyanusunda, canlılık için işlevsel olan yapılar, fiziksel kanunlarla belirlenmiş dar ve güvenli limanlarda meydana gelmektedir. α-heliksin <math display="inline">i → i+4</math> hidrojen bağı düzeni ve β-tabakanın iplikçikler arası etkileşimleri, bu sürecin rastgelelikten ne kadar uzak, hassas bir nizam üzerine kurulu olduğunu göstermektedir.

Bu rapor, protein yapısının temel direkleri olan α-heliks ve β-plakalı tabaka yapılarının bilimsel esaslarını ve bu yapıların altında yatan kavramsal derinliği analiz etmiştir. Bilimsel veriler, birincil amino asit dizisindeki tek boyutlu kimyasal bilginin, polipeptit omurgasının rijitlik ve esneklik gibi temel özelliklerinden kaynaklanan sterik kısıtlamalar altında, nasıl son derece düzenli ve öngörülebilir üç boyutlu mimarilere dönüştüğünü ortaya koymaktadır. Ramachandran grafiğinin gösterdiği gibi, sonsuz konformasyonel olasılıklar okyanusunda, canlılık için işlevsel olan yapılar, fiziksel kanunlarla belirlenmiş dar ve güvenli limanlarda meydana gelmektedir. α-heliksin <math display="inline">i -> i+4</math> hidrojen bağı düzeni ve β-tabakanın iplikçikler arası etkileşimleri, bu sürecin rastgelelikten ne kadar uzak, hassas bir nizam üzerine kurulu olduğunu göstermektedir.

Bu yapısal nizamın, keratinin esnekliğinden ipeğin mukavemetine, prion proteininin sağlıklı formundan patolojik formuna kadar uzanan geniş bir yelpazede, doğrudan biyolojik bir gaye ve fonksiyonla ilişkili olduğu görülmüştür. Yapıdaki en ufak bir sapmanın, sistemin çöküşüne yol açabilmesi, mevcut düzenin keyfi değil, hayati bir amaca hizmet etmek üzere hassasiyetle ayarlandığının bir delilidir. Dahası, aynı temel hammaddeden (amino asitler) yola çıkılarak, farklı planlar (diziler) doğrultusunda birbirine zıt özelliklere sahip sanatlı eserlerin (keratin ve ipek) inşa edilmesi, hammaddenin ötesinde bir bilgi, plan ve sanatın varlığına işaret etmektedir.